The 17 references with contexts in paper Ali Mazloum, N. Zinyakov G., A. Igolkin S., N. Vlasova N., Али Мазлум, Н. Зиняков Г., А. Иголкин С., Н. Власова Н. (2018) “КЛОНИРОВАНИЕ ГЕНОВ, КОДИРУЮЩИХ ТРАНСМЕМБРАННЫЕ БЕЛКИ И БЕЛКИ, ОТВЕТСТВЕННЫЕ ЗА ВИРУЛЕНТНОСТЬ ВИРУСА АФРИКАНСКОЙ ЧУМЫ СВИНЕЙ // CLONING OF GENES ENCODING TRANSMEMBRANE PROTEINS AND PROTEINS RESPONSIBLE FOR AFRICAN SWINE FEVER VIRUS VIRULENCE” / spz:neicon:veterinary:y:2018:i:2:p:3-7

1
Инструкция по применению комплекта реагентов для экстракции ДНК из клинического материала «АмплиПрайм ДНК-сорб-В». – URL: http://www.interlabservice.ru/upload/ iblock/ff0/Инструкция%20ДНК-сорб-В_30.10.2012.pdf.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=7908
    Prefix
    Вируссодержащую суспензию второго пассажа использовали для выделения ДНК. Выделение вирусной ДНК осуществляли с помощью набора «ДНК-сорб-В» (ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Россия) в соответствии с инструкцией производителя
    Exact
    [1]
    Suffix
    . Учет результатов полимеразной цепной реакции (ПЦР) проводили методом электрофоретического разделения в 1,0%-м агарозном геле с детектированием в УФ-свете после окраски бромистым этидием.

2
Конструирование библиотеки генов, кодирующих иммунологически значимые белки вируса АЧС изолята Кrasnodar 06/12 / А. А. Варенцова, И. В. Шевченко, Н. Г. Зиняков [и др.] // Актуальные проблемы гуманитарных и естественных наук. – 2014. – No 5–1. – С. 28–35.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=4004
    Prefix
    В 2014 г. впервые в Российской Федерации была создана клонотека генов CP204L, KP177R, O61R, EP402R, CP530R, E183L и фрагментов генов B646L, CP2475L вируса АЧС изолята Krasnodar 06/12, клонированных в составе векторной молекулы pJET 1.2. Доля клонированных генов вируса АЧС составляла 4,81% генома изолята Krasnodar 03/12
    Exact
    [2]
    Suffix
    . В состав данной библиотеки не входили гены X69R, A179L, E248R, I215L и DP96R, кодирующие белки рX69R, рA179L, pE248R, убиквитинконъ югирующий фермент (E2) и UK соответственно. Эти гены играют важную роль в поддержании вирулентности возбудителя АЧС и влияют на степень выраженности клинических признаков.

  2. In-text reference with the coordinate start=15026
    Prefix
    Схема рекомбинантной плазмиды pJET1.2, несущей ген E248R (слева) и ген I215L (справа) вируса АЧС Голубая стрелка – встройка клонированного гена; зеленая стрелка – полилинкер плазмиды pJET1.2; розовая стрелка – ген β-лактамазы. В центре – название и размер рекомбинантной плазмиды. и др.
    Exact
    [2]
    Suffix
    . Доля клонированных генов вируса АЧС составила 3,01% генома изолята Krasnodar 07/17, следовательно, общий объем клонотеки достиг 7,82%. Выбор генов вируса АЧС, представленных в работе, проводился из двух групп: гены (X69R и E248R), кодирующие трансмембранные белки, и гены (A179L, DP96R и I215L), кодирующие белки, влияющие на вирулентность вируса и степень выраженности клиническ

3
A nonessential African swine fever virus gene UK is a significant virulence determinant in domestic swine / L. Zsak, E. Caler, Z. Lu [et al.] // J. Virol. – 1998. – Vol. 72, No. 2. – P. 1028–1035.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=5828
    Prefix
    Известно, что этот ген ответственен за вирулентность вируса АЧС и степень выраженности клинических признаков. В результате проведенных экспериментов все животные выжили после заражения генетически модифицированным вирусом, лишенным гена DP96R
    Exact
    [3]
    Suffix
    . Убиквитин-конъюгирующий фермент (E2), кодируемый геном I215L, гомологичен семейству белков, связывающих убиквитин в инфицированной клетке [15]. Процесс начинается со связывания убиквитина с белками для дальнейшей модификации, в этом процессе действуют три фермента: E1, E2 и E3.

4
African swine fever virus gene A179L, a viral homologue of bcl-2, protects cells from programmed cell death / A. Brun, C. Rivas, M. Esteban [et al.] // Virology. – 1996. – Vol. 225, No. 1. – P. 227–230.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=5028
    Prefix
    Белок рA179L/5HL, или p21 (вирусный го молог Bcl2 (vBcl2)), кодируется геном A179L, расположенным в центральной консервативной области генома вируса АЧС, имеет молекулярную массу 19 кДа и блокирует процесс апоптоза в инфицированной клетке [6, 10]. Функция этого белка установлена при экспрессии в гетерологичных системах, таких как вирус осповакцины или бакуловирус
    Exact
    [4]
    Suffix
    . Данный белок синтезируется как на ранней, так и на поздней стадии инфекции, таким образом подтверждая свою решающую роль в выживании клеток на различных этапах жизненного цикла вируса АЧС.

5
African swine fever virus structural protein p54 is essential for the recruitment of envelope precursors to assembly sites / J. M. Rodríguez, R. García-Escudero, M. L. Salas, G. Andrés // J. Virol. – 2004. – Vol. 78, No. 8. – P. 4299–4313. DOI: 10.1128/ JVI.78.8.4299–4313.2004.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=4641
    Prefix
    Установлено, что для образования полноценных инфекционных вирионов вируса АЧС необходим белок pE248R, кодируемый геном E248R, расположенным в левой концевой вариабельной области генома вируса. Он обладает характеристиками, аналогичными белку p54, и локализуется на внутренней липопротеидной оболочке вирусной частицы
    Exact
    [5]
    Suffix
    . Белок рA179L/5HL, или p21 (вирусный го молог Bcl2 (vBcl2)), кодируется геном A179L, расположенным в центральной консервативной области генома вируса АЧС, имеет молекулярную массу 19 кДа и блокирует процесс апоптоза в инфицированной клетке [6, 10].

6
An African swine fever virus gene with similarity to the proto-oncogene bcl-2 and the Epstein-Barr virus gene BHRF1 / J. G. Neilan, Z. Lu, C. L. Afonso [et al.] // J. Virol. – 1993. – Vol. 67, No. 7. – P. 4391–4394.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=4892
    Prefix
    Белок рA179L/5HL, или p21 (вирусный го молог Bcl2 (vBcl2)), кодируется геном A179L, расположенным в центральной консервативной области генома вируса АЧС, имеет молекулярную массу 19 кДа и блокирует процесс апоптоза в инфицированной клетке
    Exact
    [6, 10]
    Suffix
    . Функция этого белка установлена при экспрессии в гетерологичных системах, таких как вирус осповакцины или бакуловирус [4]. Данный белок синтезируется как на ранней, так и на поздней стадии инфекции, таким образом подтверждая свою решающую роль в выживании клеток на различных этапах жизненного цикла вируса АЧС.

7
E2 enzymes: More than just middlemen / M. D. Stewart, T. Ritterhoff, R. E. Klevit, P. S. Brzovic // Cell Res. – 2016. – Vol. 26, No. 4. – P. 423–440. DOI: 10.1038/cr.2016.35.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=6370
    Prefix
    Фермент E2 взаимодействует с ферментом E1 и одним или несколькими E3, чтобы регулировать их активность, также он может взаимодействовать непосредственно с белками и играть роль в определении путей их модификации, опосредованных убиквитином
    Exact
    [7]
    Suffix
    . Состоящий из 69 аминокислот белок рX69R кодируется неохарактеризованным в настоящий момент геном X69R. Однако анализ с помощью программы Vaxign для прогнозирования уровня антигенности белков показал, что X69R кодирует трансмембранный структурный белок, обладающий способностью эффективно индуцировать выработку антител.

8
He Y., Xiang Z., Mobley H. L. T. Vaxign: The first web-based vaccine design program for reverse vaccinology and applications for vaccine development // J. Biomed. Biotechnol. – Vol. 2010. – URL: http:// dx.doi.org/10.1155/2010/297505.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=6877
    Prefix
    Однако анализ с помощью программы Vaxign для прогнозирования уровня антигенности белков показал, что X69R кодирует трансмембранный структурный белок, обладающий способностью эффективно индуцировать выработку антител. Оценка уровня антигенности белков, проведенная для вируса АЧС, отнесла его лишь на 22-ю позицию в качестве кандидата на использование при разработке вакцины
    Exact
    [8, 16, 17]
    Suffix
    . Вследствие чего клонотека, включающая копии данных генов, может быть использована при разработке рекомбинантных и ДНК-вакцин против АЧС или генетически модифицированного вируса. Данный факт обусловил выбор направления работ по пополнению репрезентативной библиотеки клонов генов вируса АЧС.

9
Identification of the principal serological immunodeterminants of African swine fever virus by screening a virus cDNA library with antibody / S. D. Kollnberger, B. Gutierrez-Castañeda, M. Foster-Cuevas [et al.] // J. Gen. Virol. – 2002. – Vol. 83. – P. 1331–1342.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=3656
    Prefix
    НОВОСТИ NEWS рования вирулентным вирусом АЧС) и идентифицировали 14 серологических иммунодетерминант, включая неструктурные белки pB602L, pC44L, pCP312R, pE183L, pK145R и pK205R, структурные белки pA104R, p10/ pK78R, p30/pCP204L, p54/pE183L, p72/pB646L, а также вирусные ферменты: рибонуклеотидредуктазу (Fp334L, pF778R), ДНК-лигазу (pNP419L) и тимидинкиназу (pK169R)
    Exact
    [9]
    Suffix
    . В 2014 г. впервые в Российской Федерации была создана клонотека генов CP204L, KP177R, O61R, EP402R, CP530R, E183L и фрагментов генов B646L, CP2475L вируса АЧС изолята Krasnodar 06/12, клонированных в составе векторной молекулы pJET 1.2.

10
Inhibition of apoptosis by the African swine fever virus bcl-2 homologue: role of the BH1 domain / Y. Revilla, A. Cebrián, E. Baixerás [et al.] // Virology. – 1997. – Vol. 228, No. 2. – P. 400–404.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=4892
    Prefix
    Белок рA179L/5HL, или p21 (вирусный го молог Bcl2 (vBcl2)), кодируется геном A179L, расположенным в центральной консервативной области генома вируса АЧС, имеет молекулярную массу 19 кДа и блокирует процесс апоптоза в инфицированной клетке
    Exact
    [6, 10]
    Suffix
    . Функция этого белка установлена при экспрессии в гетерологичных системах, таких как вирус осповакцины или бакуловирус [4]. Данный белок синтезируется как на ранней, так и на поздней стадии инфекции, таким образом подтверждая свою решающую роль в выживании клеток на различных этапах жизненного цикла вируса АЧС.

11
Menon R., Farina C. Shared molecular and functional frameworks among five complex human disorders: a comparative study on interactomes linked to susceptibility genes // PLoS One. – 2011. – Vol. 6 (4):e18660. – URL: https://doi.org/10.1371/ journal.pone.0018660.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=2756
    Prefix
    Клонотека (библиотека) генов представлена набором рекомбинантных плазмид (или их содержащих клонов бактериальных клеток), несущих различные гены определенного хозяина. Первая клонотека генов была создана в 1977 г. F. Sanger и соавт.
    Exact
    [11, 12]
    Suffix
    . S. D. Kollnberger и соавт. в 2002 г. провели скрининг библиотеки экспрессирующих генов вируса африканской чумы свиней (АЧС) с помощью поликлональной антисыворотки (от свиней, выживших после инфициВ ходе последней ежегодной Генеральной сессии в Париже Всемирная ассамблея делегатов МЭБ утвердила статус ФГБУ «Федеральный центр здоровья животных» как новой «Референтной лаборатории МЭБ по высокоп

12
Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA / F. Sanger, G. M. Air, B. G. Barrell [et al.] // Nature. – 1977. – Vol. 265, No. 5596. – P. 687–695.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=2756
    Prefix
    Клонотека (библиотека) генов представлена набором рекомбинантных плазмид (или их содержащих клонов бактериальных клеток), несущих различные гены определенного хозяина. Первая клонотека генов была создана в 1977 г. F. Sanger и соавт.
    Exact
    [11, 12]
    Suffix
    . S. D. Kollnberger и соавт. в 2002 г. провели скрининг библиотеки экспрессирующих генов вируса африканской чумы свиней (АЧС) с помощью поликлональной антисыворотки (от свиней, выживших после инфициВ ходе последней ежегодной Генеральной сессии в Париже Всемирная ассамблея делегатов МЭБ утвердила статус ФГБУ «Федеральный центр здоровья животных» как новой «Референтной лаборатории МЭБ по высокоп

13
Product Information Thermo Scientific CloneJET PCR Cloning Kit. – URL: https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/ manuals/MAN0012966_CloneJET_PCR_Cloning_40rxn_UG.pdf.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=8590
    Prefix
    Для проведения секвенирования выделяли ПЦРпродукт из агарозного геля с помощью набора реагентов для элюции ДНК из агарозных гелей (Qiagen) согласно инструкции [14]. Клонирование ПЦР-продуктов проводили согласно руководству CloneJET PCR Cloning Kit (Thermo Fisher) в векторе pJET1.2/blunt с использованием клеток Е. coli штамма JM109
    Exact
    [13]
    Suffix
    . Полученные ампликоны секвенировали с использованием набора BigDye Terminator Cycle Sequencing Kit на капиллярном ДНК-секвенаторе ABI Prism 3100 (Applied Biosystems, США). Для анализа нуклеотидных последовательностей генома штаммов и изолятов вируса АЧС использовали Рис. 1.

14
QIAquick Gel Extraction Kit Protocol. – URL: http://www. indiana.edu/~lchenlab/protocol_files/agarose_gel_extraction.pdf.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=8418
    Prefix
    Для определения длины фрагментов использовали 1 к маркер (Thermo Fisher) с линейкой фрагментов от 250 до 10 000 п.о. Для проведения секвенирования выделяли ПЦРпродукт из агарозного геля с помощью набора реагентов для элюции ДНК из агарозных гелей (Qiagen) согласно инструкции
    Exact
    [14]
    Suffix
    . Клонирование ПЦР-продуктов проводили согласно руководству CloneJET PCR Cloning Kit (Thermo Fisher) в векторе pJET1.2/blunt с использованием клеток Е. coli штамма JM109 [13]. Полученные ампликоны секвенировали с использованием набора BigDye Terminator Cycle Sequencing Kit на капиллярном ДНК-секвенаторе ABI Prism 3100 (Applied Biosystems, США).

15
Rodriguez J. M., Salas M. L., Viñuela E. Genes homologous to ubiquitin-conjugating proteins and eukaryotic transcription factor SII in African swine fever virus // Virology. – 1992. – Vol. 186, No. 1. – P. 40–52.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=5972
    Prefix
    В результате проведенных экспериментов все животные выжили после заражения генетически модифицированным вирусом, лишенным гена DP96R [3]. Убиквитин-конъюгирующий фермент (E2), кодируемый геном I215L, гомологичен семейству белков, связывающих убиквитин в инфицированной клетке
    Exact
    [15]
    Suffix
    . Процесс начинается со связывания убиквитина с белками для дальнейшей модификации, в этом процессе действуют три фермента: E1, E2 и E3. Фермент E2 взаимодействует с ферментом E1 и одним или несколькими E3, чтобы регулировать их активность, также он может взаимодействовать непосредственно с белками и играть роль в определении путей их модификации, опосредованных убиквитином [7].

16
Safety and immunogenicity of mammalian cell-derived and Modified Vaccinia Ankara vectored African swine fever subunit antigens in swine / J. Lopera-Madrid, J. E. Osorio, Y. He [et al.] // Vet. Immunol. Immunopathol. – 2017. – Vol. 185. – P. 20–33. DOI: 10.1016/j.vetimm.2017.01.004.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=6877
    Prefix
    Однако анализ с помощью программы Vaxign для прогнозирования уровня антигенности белков показал, что X69R кодирует трансмембранный структурный белок, обладающий способностью эффективно индуцировать выработку антител. Оценка уровня антигенности белков, проведенная для вируса АЧС, отнесла его лишь на 22-ю позицию в качестве кандидата на использование при разработке вакцины
    Exact
    [8, 16, 17]
    Suffix
    . Вследствие чего клонотека, включающая копии данных генов, может быть использована при разработке рекомбинантных и ДНК-вакцин против АЧС или генетически модифицированного вируса. Данный факт обусловил выбор направления работ по пополнению репрезентативной библиотеки клонов генов вируса АЧС.

17
Xiang Z., He Y. Genome-wide prediction of vaccine targets for human herpes simplex viruses using Vaxign reverse vaccinology // BMC Bioinformatics. – 2013. – Vol. 14 (Suppl 4):S2. – URL: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/14/S4/S2. Поступила 24.03.18
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=6877
    Prefix
    Однако анализ с помощью программы Vaxign для прогнозирования уровня антигенности белков показал, что X69R кодирует трансмембранный структурный белок, обладающий способностью эффективно индуцировать выработку антител. Оценка уровня антигенности белков, проведенная для вируса АЧС, отнесла его лишь на 22-ю позицию в качестве кандидата на использование при разработке вакцины
    Exact
    [8, 16, 17]
    Suffix
    . Вследствие чего клонотека, включающая копии данных генов, может быть использована при разработке рекомбинантных и ДНК-вакцин против АЧС или генетически модифицированного вируса. Данный факт обусловил выбор направления работ по пополнению репрезентативной библиотеки клонов генов вируса АЧС.