The 7 references with contexts in paper A. Kozlov A., N. Zinyakov G., S. Kolosov N., N. Mudrak S., I. Chvala A., А. Козлов А., Н. Зиняков Г., С. Колосов Н., Н. Мудрак С., И. Чвала А. (2018) “Анализ последовательности полного генома штамма «О» вируса инфекционного ларинготрахеита птиц // Analysis of whole genome sequence of strain "0" of avian infectious laryngotracheitis virus” / spz:neicon:veterinary:y:2016:i:1:p:55-58

1
Очистка и концентрирование вируса инфекционного ларинготрахеита птиц / А.А. Козлов, Д.Б. Андрейчук, А.Н. Андриясова, Н.С. Мудрак // Инновационное развитие науки в обеспечении биологической безопасности: сб. материалов 2-й Междунар. науч. конф. молодых ученых. — Гвардейский, Казахстан, 2014. — С. 125–128.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=8974
    Prefix
    Полученный материал диспергировали и подвергали однократной заморозке и оттаиванию. Очистку и концентрирование вируссодержащего материала проводили с помощью ультрацентрифугирования в градиенте плотности сахарозы
    Exact
    [1]
    Suffix
    . Для выделения ДНК из очищенного материала применяли набор DNeasy Mini Kit (Qiagen, Германия) в соответствии с инструкцией производителя. Определение первичной структуры генома проводили методом пирофосфатного секвенирования «454 Life Sciences» на автоматическом секвенаторе GS Junior (Roche, Германия) согласно протоколам изготовителя.

2
Пат. 2207372 Российская Федерация, МПК7 С12N 7/00. Штамм «О» вируса инфекционного ларинготрахеита птиц для изготовления диагностических и вакцинных препаратов / А.В. Бочарников, В.Ю. Кулаков, А.В. Борисов [и др.]; ФГУ «ВНИИЗЖ». – No 2002105552/13; заявл. 28.02.2002; опубл. 27.06.2003.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=5250
    Prefix
    Бахчина и коллег, где для интраназального заражения использовали изолят ВПГП A/grebe/Tyva/433/10/ H5N1, который относится к той же группе эпизоотических вирусов ГП азиатского происхождения, что и исследуемый возбудитель
    Exact
    [2]
    Suffix
    . ЗАКЛЮЧЕНИЕ В результате проведенных экспериментов было установлено, что изолят A/duck/Altai/469/14 H5N1 вызывает острое генерализованное заболевание у кур с характерными для ГП клиническими признаками и патоморфологическими поражениями органов с локализацией вируса в тканях респираторной, пищеварительной, нервной и сердечно-сосудистой систем.

  2. In-text reference with the coordinate start=12772
    Prefix
    Группа 1 предположительно включает две подгруппы: • подгруппа 1.1 — штаммы Сover (выделен приблизительно в 1958 г.) [6], Hudson (1962 г.) [6], Fowl laryngotracheitis (1991 г.) [5], Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.)
    Exact
    [2]
    Suffix
    ; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4]. Группа 2: штаммы SA2 (1966 г.) [6] и А20 (1983 г.) [6].

3
Attenuated vaccines can recombine to form virulent field viruses / S.W. Lee, P.F. Markham, M.J. Coppo [et al.] // Science. — 2012. — Vol. 337, No 6091. — P. 188.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=12746
    Prefix
    Группа 1 предположительно включает две подгруппы: • подгруппа 1.1 — штаммы Сover (выделен приблизительно в 1958 г.) [6], Hudson (1962 г.) [6], Fowl laryngotracheitis (1991 г.) [5], Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.)
    Exact
    [3]
    Suffix
    и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4]. Группа 2: штаммы SA2 (1966 г.) [6] и А20 (1983 г.) [6].

  2. In-text reference with the coordinate start=13275
    Prefix
    Кроме того, одной из причин появления штаммов, образующих отдельные филогенетические ветви, является рекомбинация между штаммами разных филогенетических групп. Так, например, штаммы CSW-1 и V1-99 [6, 7], ACC78 и СL9
    Exact
    [6, 3]
    Suffix
    , и 1874C5 являются рекомбинантами [6] (рис. 2). Приведённое деление на филогенетические группы несколько отличается от представленного ранее K.R. Menendez и соавт. [6]. В их работе штаммы, входящие в первую филогенетическую группу (рис. 2), разделены на две группы (клады).

4
Complete genome sequence of the first Chinese virulent infectious laryngotracheitis virus / C. Kong, Y. Zhao, X. Cui [et al.] // PLoS ONE. — 2013. — Vol. 8, No 7. — URL: http:// journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0070154.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=12939
    Prefix
    в 1958 г.) [6], Hudson (1962 г.) [6], Fowl laryngotracheitis (1991 г.) [5], Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.)
    Exact
    [4]
    Suffix
    . Группа 2: штаммы SA2 (1966 г.) [6] и А20 (1983 г.) [6]. Группа 3: штаммы CSW-1 (1970 г.) [7] и V1-99 (1999 г.) [7]. Кроме того, одной из причин появления штаммов, образующих отдельные филогенетические ветви, является рекомбинация между штаммами разных филогенетических групп.

  2. In-text reference with the coordinate start=15243
    Prefix
    Картирование нуклеотидной последовательности полного генома штамма «О» вируса ИЛТ (относительно последовательности референтного штамма Serva HQ630064) с обозначением генов, их расположения в геноме и указанием направления считывания с них аминокислотной последовательности, а также отмечены сайты инициации репликации вирусной ДНК (oriS и oriL
    Exact
    [4]
    Suffix
    ) CHARACTERIZATION OF AVIAN ADENOVIRUS FAdV4/6/2009 ISOLATE ХАРАКТЕРИСТИКА ИЗОЛЯТА АДЕНОВИРУСА ПТИЦ FAdV4/6/2009 SUMMARY Avian adenovirus was isolated from livers of 154-day-old hens on one farm located in the Krasnodar Krai in 2009.

5
Genomic sequence analysis of the United States infectious laryngotracheitis vaccine strains chicken embryo origin (CEO) and tissue culture origin (TCO) / M. García, V. Volkening, S.M. Riblet [et al.] // Virology. — 2013. — Vol. 440. — P. 64–74.
Total in-text references: 5
  1. In-text reference with the coordinate start=12632
    Prefix
    Группа 1 предположительно включает две подгруппы: • подгруппа 1.1 — штаммы Сover (выделен приблизительно в 1958 г.) [6], Hudson (1962 г.) [6], Fowl laryngotracheitis (1991 г.)
    Exact
    [5]
    Suffix
    , Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4].

  2. In-text reference with the coordinate start=12725
    Prefix
    Группа 1 предположительно включает две подгруппы: • подгруппа 1.1 — штаммы Сover (выделен приблизительно в 1958 г.) [6], Hudson (1962 г.) [6], Fowl laryngotracheitis (1991 г.) [5], Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.)
    Exact
    [5]
    Suffix
    , ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4].

  3. In-text reference with the coordinate start=12818
    Prefix
    Группа 1 предположительно включает две подгруппы: • подгруппа 1.1 — штаммы Сover (выделен приблизительно в 1958 г.) [6], Hudson (1962 г.) [6], Fowl laryngotracheitis (1991 г.) [5], Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.)
    Exact
    [5]
    Suffix
    , IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4]. Группа 2: штаммы SA2 (1966 г.) [6] и А20 (1983 г.) [6]. Группа 3: штаммы CSW-1 (1970 г.) [7] и V1-99 (1999 г.) [7].

  4. In-text reference with the coordinate start=12838
    Prefix
    1 предположительно включает две подгруппы: • подгруппа 1.1 — штаммы Сover (выделен приблизительно в 1958 г.) [6], Hudson (1962 г.) [6], Fowl laryngotracheitis (1991 г.) [5], Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.)
    Exact
    [5]
    Suffix
    , 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4]. Группа 2: штаммы SA2 (1966 г.) [6] и А20 (1983 г.) [6]. Группа 3: штаммы CSW-1 (1970 г.) [7] и V1-99 (1999 г.) [7].

  5. In-text reference with the coordinate start=12859
    Prefix
    две подгруппы: • подгруппа 1.1 — штаммы Сover (выделен приблизительно в 1958 г.) [6], Hudson (1962 г.) [6], Fowl laryngotracheitis (1991 г.) [5], Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.)
    Exact
    [5]
    Suffix
    и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4]. Группа 2: штаммы SA2 (1966 г.) [6] и А20 (1983 г.) [6]. Группа 3: штаммы CSW-1 (1970 г.) [7] и V1-99 (1999 г.) [7]. Кроме того, одной из причин появления штаммов, образующих отдельные филогенетические ветви, является рекомбинация между штаммами разных филогенетических групп.

6
Molecular epidemiology of infectious laryngotracheitis: a review / K.R. Menendez, M. García, S. Spatz, N.L. Tablante // Avian Pathology. — 2014. — Vol. 43, No 2. — P. 108–117.
Total in-text references: 10
  1. In-text reference with the coordinate start=7903
    Prefix
    ДАБ и гематоксилин, ок. ×10, об. ×40 аб ВВЕДЕНИЕ Инфекционный ларинготрахеит (ИЛТ) — экономически значимое респираторное заболевание сельскохозяйственной птицы, наносящее ущерб птицеводству во всём мире. Возбудителем является ДНК-содержащий вирус Gallid herpesvirus 1 (GaHV-1) семейства Herpesviridae, подсемейства Alphaherpesvirinae
    Exact
    [6]
    Suffix
    . На данный момент в GenBank опубликованы последовательности полных геномов десяти производственных штаммов вируса ИЛТ и десяти вирулентных штаммов, выделенных на территории США, Австралии и Китая.

  2. In-text reference with the coordinate start=12566
    Prefix
    Высокое значение Bootstrap критерия (показатель достоверности топологии узла ветвления) в ключевых точках ветвления (рис. 2) подтверждает правомерность данного деления. Группа 1 предположительно включает две подгруппы: • подгруппа 1.1 — штаммы Сover (выделен приблизительно в 1958 г.)
    Exact
    [6]
    Suffix
    , Hudson (1962 г.) [6], Fowl laryngotracheitis (1991 г.) [5], Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4].

  3. In-text reference with the coordinate start=12592
    Prefix
    Высокое значение Bootstrap критерия (показатель достоверности топологии узла ветвления) в ключевых точках ветвления (рис. 2) подтверждает правомерность данного деления. Группа 1 предположительно включает две подгруппы: • подгруппа 1.1 — штаммы Сover (выделен приблизительно в 1958 г.) [6], Hudson (1962 г.)
    Exact
    [6]
    Suffix
    , Fowl laryngotracheitis (1991 г.) [5], Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4].

  4. In-text reference with the coordinate start=12697
    Prefix
    Группа 1 предположительно включает две подгруппы: • подгруппа 1.1 — штаммы Сover (выделен приблизительно в 1958 г.) [6], Hudson (1962 г.) [6], Fowl laryngotracheitis (1991 г.) [5], Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно)
    Exact
    [6]
    Suffix
    , 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4].

  5. In-text reference with the coordinate start=12974
    Prefix
    1962 г.) [6], Fowl laryngotracheitis (1991 г.) [5], Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4]. Группа 2: штаммы SA2 (1966 г.)
    Exact
    [6]
    Suffix
    и А20 (1983 г.) [6]. Группа 3: штаммы CSW-1 (1970 г.) [7] и V1-99 (1999 г.) [7]. Кроме того, одной из причин появления штаммов, образующих отдельные филогенетические ветви, является рекомбинация между штаммами разных филогенетических групп.

  6. In-text reference with the coordinate start=12994
    Prefix
    laryngotracheitis (1991 г.) [5], Serva (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4]. Группа 2: штаммы SA2 (1966 г.) [6] и А20 (1983 г.)
    Exact
    [6]
    Suffix
    . Группа 3: штаммы CSW-1 (1970 г.) [7] и V1-99 (1999 г.) [7]. Кроме того, одной из причин появления штаммов, образующих отдельные филогенетические ветви, является рекомбинация между штаммами разных филогенетических групп.

  7. In-text reference with the coordinate start=13255
    Prefix
    Кроме того, одной из причин появления штаммов, образующих отдельные филогенетические ветви, является рекомбинация между штаммами разных филогенетических групп. Так, например, штаммы CSW-1 и V1-99
    Exact
    [6, 7]
    Suffix
    , ACC78 и СL9 [6, 3], и 1874C5 являются рекомбинантами [6] (рис. 2). Приведённое деление на филогенетические группы несколько отличается от представленного ранее K.R. Menendez и соавт. [6].

  8. In-text reference with the coordinate start=13275
    Prefix
    Кроме того, одной из причин появления штаммов, образующих отдельные филогенетические ветви, является рекомбинация между штаммами разных филогенетических групп. Так, например, штаммы CSW-1 и V1-99 [6, 7], ACC78 и СL9
    Exact
    [6, 3]
    Suffix
    , и 1874C5 являются рекомбинантами [6] (рис. 2). Приведённое деление на филогенетические группы несколько отличается от представленного ранее K.R. Menendez и соавт. [6]. В их работе штаммы, входящие в первую филогенетическую группу (рис. 2), разделены на две группы (клады).

  9. In-text reference with the coordinate start=13317
    Prefix
    Кроме того, одной из причин появления штаммов, образующих отдельные филогенетические ветви, является рекомбинация между штаммами разных филогенетических групп. Так, например, штаммы CSW-1 и V1-99 [6, 7], ACC78 и СL9 [6, 3], и 1874C5 являются рекомбинантами
    Exact
    [6]
    Suffix
    (рис. 2). Приведённое деление на филогенетические группы несколько отличается от представленного ранее K.R. Menendez и соавт. [6]. В их работе штаммы, входящие в первую филогенетическую группу (рис. 2), разделены на две группы (клады).

  10. In-text reference with the coordinate start=13454
    Prefix
    Так, например, штаммы CSW-1 и V1-99 [6, 7], ACC78 и СL9 [6, 3], и 1874C5 являются рекомбинантами [6] (рис. 2). Приведённое деление на филогенетические группы несколько отличается от представленного ранее K.R. Menendez и соавт.
    Exact
    [6]
    Suffix
    . В их работе штаммы, входящие в первую филогенетическую группу (рис. 2), разделены на две группы (клады). Учитывая то, что они более близки по отношению друг к другу, чем к другим филогенетическим группам, в данной работе выделили их в общую группу, но в отдельные подгруппы.

7
Phylogenetic and molecular epidemiological studies reveal evidence of multiple past recombination events between infectious laryngotracheitis viruses / S.W. Lee, J.M. Devlin, J.F. Markham [et al.] // PLoS ONE. — 2013. — Vol. 8, No 2. — URL: http://journals.plos.org/plosone/ article?id=10.1371/journal.pone.0055121. Таблица 2 Различия между нуклеотидными последовательностями геномов вакцинных штаммов вируса ИЛТ (в процентах %) NoНазвание1234567891011 1EU/CEO vac. strain ServaX0.480.470.100.030.030.020.090.020.100.02 2Aus/CEO vac. strain SA20.48X0.020.460.490.490.48 0.450.480.560.49 3Aus/TCO vac. strain A200.470.02 X0.450.490.49 0.48 0.450.48 0.55 0.49 4USA/strain TCO vac. LT-Ivax0.100.460.45 X0.10 0.10 0.09 0.000.09 0.17 0.10 5USA/CEO vac. LaryngoVac (strain Cover)0.03
Total in-text references: 3
  1. In-text reference with the coordinate start=13031
    Prefix
    (точное время выделения этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4]. Группа 2: штаммы SA2 (1966 г.) [6] и А20 (1983 г.) [6]. Группа 3: штаммы CSW-1 (1970 г.)
    Exact
    [7]
    Suffix
    и V1-99 (1999 г.) [7]. Кроме того, одной из причин появления штаммов, образующих отдельные филогенетические ветви, является рекомбинация между штаммами разных филогенетических групп. Так, например, штаммы CSW-1 и V1-99 [6, 7], ACC78 и СL9 [6, 3], и 1874C5 являются рекомбинантами [6] (рис. 2).

  2. In-text reference with the coordinate start=13053
    Prefix
    этого штамма неизвестно) [6], 63140С08BR (2006 г.) [5], ACC78 (2008 г.) [3] и штамм «О» (199 г.) [2]; • подгруппа 1.2 — LT-Ivax LP (1991 г.) [5], IVAX (1991 г.) [5], 81658 (2010 г.) [5] и штамм «USDA»; а также в группу 1 включён штамм из Китая — LJS09 (2009 г.) [4]. Группа 2: штаммы SA2 (1966 г.) [6] и А20 (1983 г.) [6]. Группа 3: штаммы CSW-1 (1970 г.) [7] и V1-99 (1999 г.)
    Exact
    [7]
    Suffix
    . Кроме того, одной из причин появления штаммов, образующих отдельные филогенетические ветви, является рекомбинация между штаммами разных филогенетических групп. Так, например, штаммы CSW-1 и V1-99 [6, 7], ACC78 и СL9 [6, 3], и 1874C5 являются рекомбинантами [6] (рис. 2).

  3. In-text reference with the coordinate start=13255
    Prefix
    Кроме того, одной из причин появления штаммов, образующих отдельные филогенетические ветви, является рекомбинация между штаммами разных филогенетических групп. Так, например, штаммы CSW-1 и V1-99
    Exact
    [6, 7]
    Suffix
    , ACC78 и СL9 [6, 3], и 1874C5 являются рекомбинантами [6] (рис. 2). Приведённое деление на филогенетические группы несколько отличается от представленного ранее K.R. Menendez и соавт. [6].