The 10 references with contexts in paper A. Varentsova A., A. Yelsukova A., N. Zinyakov G., A. Igolkin S., N. Vlasova N., А. Варенцова А., А. Елсукова А., Н. Зиняков Г., А. Иголкин С., Н. Власова Н. (2018) “ГЕНОМНЫЕ АБЕРРАЦИИ В ДНК ВИРУСА АФРИКАНСКОЙ ЧУМЫ СВИНЕЙ, ЦИРКУЛИРУЮЩЕГО НА ТЕРРИТОРИИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ // GENOMIC ABERRATIONS IN DNA OF AFRICAN SWINE FEVER VIRUS CIRCULATING IN THE TERRITORY OF THE RUSSIAN FEDERATION” / spz:neicon:veterinary:y:2015:i:4:p:57-60

1
Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей интергенного региона 173R/I329L кавказских, российских и европейских изолятов вируса АЧС / И.В. Шевченко, Н.Г. Зиняков, А.С. Иголкин [и др.] // Ветеринария и кормление. — 2015. — No 2. — С. 26–28.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=13304
    Prefix
    вируса (B602L) и регуляцию репликации (A224L), в то время как для изолята Одинцово 02/14 выявлены изменения в гене NP419L и CP204L, кодирующем ответственный за проникновение вируса белок р30 (таблица). Кроме установленных изменений в генах, с помощью пиросеквенирования выявлено наличие двух тандемных повторов в правой и левой вариабельных областях генома российских изолятов
    Exact
    [1]
    Suffix
    . Так, в ходе полногеномного секвенирования в геноме изолята Одинцово 02/14 обнаружен прямой тандемный повтор размером 10 нуклеотидов (GGAATATATA), расположенный в правой концевой области генома в интергенном регионе между генами I73R и I329L.

  2. In-text reference with the coordinate start=13947
    Prefix
    Всего было проверено 27 изолятов, но только 16 из них содержали встройку, к ним относятся изоляты Московской, Псковской, Калужской, Тульской, Белгородской и Воронежской областей. Изоляты без встройки были выделены на территории Тверской и Владимирской областей
    Exact
    [1]
    Suffix
    . Дальнейшие исследования изолятов Ростов 2009, Волгоград 2010 показали, что в их геномах отсутствует данный тандемный повтор, в то же время он выявлен в геноме вируса АЧС изолята Смоленск 08/13, что согласуется с данными Gallardo С. и соавт. о первом появлении встройки в интергенном регионе I73R и I329L в изолятах, выделенных в 2012 г. [8].

2
African swine fever eradication: the Spanish model / M. Arias, J.M. Sanchez-Vizcaino, A. Morilla [et al.] // Trends in Emerging Viral Infections of Swine / ed. A. Morilla, K. Jin, J. Zimmerman. — 1st ed. — Ames, Iowa, USA, 2002. — P. 133–139.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=8586
    Prefix
    Владимир, e-mail: vlasova_nn@arriah.ru UDC 619:616.98:578.842.1:577.2 УДК 619:616.98:578.842.1:577.2 ВВЕДЕНИЕ На данный момент актуальность изучения основ патогенности вируса африканской чумы свиней (АЧС) трудно переоценить, поскольку, начиная с 2007 г., эта болезнь нанесла и продолжает наносить значительный экономический ущерб свиноводству Российской Федерации и ряда европейских стран
    Exact
    [2]
    Suffix
    . Вирус АЧС относится к наиболее сложноорганизованным вирусам млекопитающих, геном которого несет в себе информацию более чем о 160 белках. Кроме 50 структурных белков, в ДНК вируса АЧС закодированы ферменты, ответственные за репликацию генома, сборку вириона, а также регуляторные белки, влияющие на работу всего ферментативного аппарата клетки-хозяина [4].

3
African swine fever virus multigene family 360 genes affect virus replication and generalization of infection in Ornithodoros porcinus ticks / T.G. Burrage, Z. Lu, J.G. Neilan [et al.] // J. Virol. — 2004. — Vol. 78. — P. 2445–2453.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=12805
    Prefix
    Сопоставление локусов функциональной карты вируса АЧС показало, что в геноме изолята Кашино 04/13 и Одинцово 02/14 произошли изменения в генах мультигенных семейств MGF110, MGF 360, MGF 505, а также в гене QP383R. Как было показано Burrage T.G. и соавт., гены MGF 505 и 530 вируса АЧС были вовлечены в репликацию вируса в клещах рода Ornithodoros и макрофагах свиней
    Exact
    [3]
    Suffix
    . Кроме этого, у изолята Кашино 04/13 изменения произошли в генах, ответственных за морфогенез вируса (B602L) и регуляцию репликации (A224L), в то время как для изолята Одинцово 02/14 выявлены изменения в гене NP419L и CP204L, кодирующем ответственный за проникновение вируса белок р30 (таблица).

4
African swine fever virus proteins involved in evading host defence systems / L.K. Dixon, C.C. Abrams, G. Bowick [et al.] // Vet. Immunol. Immunopathol. — 2004. — Vol. 100. — P. 117–134.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=8964
    Prefix
    Кроме 50 структурных белков, в ДНК вируса АЧС закодированы ферменты, ответственные за репликацию генома, сборку вириона, а также регуляторные белки, влияющие на работу всего ферментативного аппарата клетки-хозяина
    Exact
    [4]
    Suffix
    . На настоящий момент определены основные группы генов вируса АЧС, ответственные за его вирулентность, тем не менее вопрос о создании эффективной защиты против АЧС остается открытым до сих пор [5].

5
African swine fever virus replication and genomics / L.K. Dixon, D.A.G. Chapman, C.L. Netherton, C. Upton // Virus Res. — 2013. — Vol. 173, No 1. — Р. 3–14.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=9161
    Prefix
    белков, в ДНК вируса АЧС закодированы ферменты, ответственные за репликацию генома, сборку вириона, а также регуляторные белки, влияющие на работу всего ферментативного аппарата клетки-хозяина [4]. На настоящий момент определены основные группы генов вируса АЧС, ответственные за его вирулентность, тем не менее вопрос о создании эффективной защиты против АЧС остается открытым до сих пор
    Exact
    [5]
    Suffix
    . Одним из препятствий к созданию средств специфической профилактики АЧС является высокая скорость изменчивости вируса. Основным направлением контроля изменчивости вируса является анализ структуры генома методом полногеномного секвенирования [9].

6
A sequencing method based on real-time pyrophosphate / M. Ronaghi, M. Uhlén, P. Nyrén // Science. — 1998. — Vol. 281, No 5375. — Р. 36–365.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=9639
    Prefix
    Ранее использование этого метода зарубежными и отечественными учеными в изучении возбудителя АЧС позволило не только выявить изменения в геноме вируса, но и провести сравнительный анализ функций измененных генов
    Exact
    [6, 7]
    Suffix
    . Филогенетический анализ используется для дифференциации и анализа пространственно-временного распространения изученных изолятов вируса АЧС [8]. Полногеномное секвенирование является основополагающим этапом для определения локусов изменчивости геномов, который позволяет определить наиболее вариабельные регионы.

7
Comparison of the genome sequences of nonpathogenic and pathogenic African swine fever virus isolates / D.A.G. Chapman, V. Tcherepanov, C. Upton, L.K. Dixon // J. Gen. Virol. —2008. — Vol. 89. — P. 397–408.
Total in-text references: 3
  1. In-text reference with the coordinate start=339
    Prefix
    Аминотрансферазы переносят аминогруппы от аминокислот к кетокислотам. АсАТ и АлАТ не обладают органной специфичностью, однако определение их активности используют для диагностики болезней печени и сердца
    Exact
    [7]
    Suffix
    . При гепатитах резко повышается активность АлАТ, поражение миокарда сопровождается преимущественно возрастанием активности АсАТ. Отмечено резкое повышение активности АсАТ и АлАТ при травматическом перикардите у коров.

  2. In-text reference with the coordinate start=2787
    Prefix
    Однако при ряде заболеваний могут возникать противоположные сдвиги, поэтому необходимо одновременно определять цветовой показатель. Повышение уровня ГГ отмечают при сгущении крови (диарея, обильное потоотделение), непроходимости кишечника, сильной мышечной нагрузке
    Exact
    [7]
    Suffix
    . ЗАКЛЮЧЕНИЕ Результаты приведенного обзора позволяют заключить, что каждый биохимический компонент (параметр) сыворотки (плазмы) крови имеет огромное значение для обеспечения необходимого уровня обмена веществ в организме животных, функционирования отдельных органов и их систем.

  3. In-text reference with the coordinate start=9639
    Prefix
    Ранее использование этого метода зарубежными и отечественными учеными в изучении возбудителя АЧС позволило не только выявить изменения в геноме вируса, но и провести сравнительный анализ функций измененных генов
    Exact
    [6, 7]
    Suffix
    . Филогенетический анализ используется для дифференциации и анализа пространственно-временного распространения изученных изолятов вируса АЧС [8]. Полногеномное секвенирование является основополагающим этапом для определения локусов изменчивости геномов, который позволяет определить наиболее вариабельные регионы.

8
Genetic variation among African swine fever genotype II viruses, Eastern and Central Europe / C. Gallardo [et al.] // Emerg. Infect. Dis. — 2014. — Vol. 20, No 9. — Р. 1544–1547.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=9787
    Prefix
    Ранее использование этого метода зарубежными и отечественными учеными в изучении возбудителя АЧС позволило не только выявить изменения в геноме вируса, но и провести сравнительный анализ функций измененных генов [6, 7]. Филогенетический анализ используется для дифференциации и анализа пространственно-временного распространения изученных изолятов вируса АЧС
    Exact
    [8]
    Suffix
    . Полногеномное секвенирование является основополагающим этапом для определения локусов изменчивости геномов, который позволяет определить наиболее вариабельные регионы. Однако его трудоемкость и дороговизна снижают его применимость для многочисленных исследований при анализе геномов.

  2. In-text reference with the coordinate start=14318
    Prefix
    Дальнейшие исследования изолятов Ростов 2009, Волгоград 2010 показали, что в их геномах отсутствует данный тандемный повтор, в то же время он выявлен в геноме вируса АЧС изолята Смоленск 08/13, что согласуется с данными Gallardo С. и соавт. о первом появлении встройки в интергенном регионе I73R и I329L в изолятах, выделенных в 2012 г.
    Exact
    [8]
    Suffix
    . При аналогичных исследованиях отдельных областей геномов вируса АЧС изолятов Шихобалово 10/13 и Карамзино 02/13 после их сравнительного анализа с геномом изолята Грузия 2007/1 в левой вариабельной области было установлено наличие другого тандемного повтора.

9
Metzker M.L. Sequencing technologies — the next generation // Nat. Rev. Genet. — 2010. — Vol. 11. — Р. 31– 46.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=9412
    Prefix
    Одним из препятствий к созданию средств специфической профилактики АЧС является высокая скорость изменчивости вируса. Основным направлением контроля изменчивости вируса является анализ структуры генома методом полногеномного секвенирования
    Exact
    [9]
    Suffix
    . Ранее использование этого метода зарубежными и отечественными учеными в изучении возбудителя АЧС позволило не только выявить изменения в геноме вируса, но и провести сравнительный анализ функций измененных генов [6, 7].

10
Related strains of African swine fever virus with different virulence: genome comparison and analysis / R. Portugal, J. Coelho, D. Hoper [et al.] // J. Gen. Virol. — 2015. — Vol. 96. — Р. 408–419. Вакцины:
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=14893
    Prefix
    Этот 17-нуклеотидный (AGTAGTTCAGTTAAGAT) тандемный повтор обнаружен в интергенном регионе между генами 9R и 10R мультигенного семейства MGF 505 (рисунок). Как известно, интергенные регионы влияют на функционирование генов, причем количество тандемных повторов является одним из регуляторов их активности
    Exact
    [10]
    Suffix
    . Таблица Сравнительный анализ геномов вируса АЧС изолятов Кашино 04/13, Одинцово 02/14 и Грузия 2007/1 NoNoГеныФункцияИзменения в геноме Кашино 04/13Изменения в геноме Одинцово 02/14 1L83Lunknown–+ 2ASFV_G_ACD_00070unknown++ 3MGF_110-1L110 Multigene++ 4ASFV_G_ACD_00120unknown++ 5MGF_110-14L110 Multigene+– 6ASFV_G_ACD_00240unknown+– 7MGF_110-13L110 Multigene+– 8ASFV_G_ACD_00290unknown–+ 9ASFV_G_A