The 20 references with contexts in paper A. Scherbakov V., А. Щербаков В. (2018) “Молекулярная эпизоотология ящура в России (филогенетический анализ российских изолятов вируса ящура) // FMD molecular epizootology in Russia (phylogenetic analysis *^ß of Russian FMDV isolates)” / spz:neicon:veterinary:y:2015:i:3:p:30-36

1
Молекулярная эпизоотология ящура в России и странах СНГ / А.В. Щербаков, В.Г. Андреев, В.В. Дрыгин, А.А. Гусев // Аграрная Россия. — 2002 — No 2. — С. 8–11.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=2735
    Prefix
    В России ящур не эндемичен, однако существует постоянная угроза заноса этой болезни из соседних азиатских стран. Вспышки ящура, вызванные заносом инфекции извне, регистрировались в современной России в 1995, 2000, 2004–2006 и 2010–2014 гг.
    Exact
    [1, 2, 4, 5, 19, 20]
    Suffix
    . Для определения происхождения вирусов, ответственных за вспышки ящура, используется технология, предполагающая секвенирование и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей гена VP1.

2
Филогенетический анализ российских изолятов вируса ящура / А.В. Щербаков, А.М. Тимина, А.С. Яковлева, В.В. Дрыгин, В.М. Захаров // Тр. Федерального центра охраны здоровья животных. — Владимир, 2006. — Т. 4. — С. 20–25. Рис. 3. Положение российских изолятов на филогенетическом древе ВЯ типа А. Дендрограмма основана на сравнении полных нуклеотидных последовательностей гена VP1
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=2735
    Prefix
    В России ящур не эндемичен, однако существует постоянная угроза заноса этой болезни из соседних азиатских стран. Вспышки ящура, вызванные заносом инфекции извне, регистрировались в современной России в 1995, 2000, 2004–2006 и 2010–2014 гг.
    Exact
    [1, 2, 4, 5, 19, 20]
    Suffix
    . Для определения происхождения вирусов, ответственных за вспышки ящура, используется технология, предполагающая секвенирование и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей гена VP1.

3
Щербаков А.В., Перевозчикова Н.А., Дрыгин В.В. Методические указания по индикации генома и штаммовой дифференциации вируса ящура методом полимеразной цепной реакции и секвенированием гена VP1 // Методические указания по диагностике заболеваний сельскохозяйственных животных методом полимеразной цепной реакции. — Владимир, 1998. — С. 31–41.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=4310
    Prefix
    Амплификацию гена VP1 проводили методом ОТ-ПЦР в соответствии с «Методическими указаниями по индикации генома и штаммовой дифференциации вируса ящура методом полимеразной цепной реакции и секвенированием гена VP1»
    Exact
    [3]
    Suffix
    . Секвенирование. В 1995–2006 гг. секвенирование ПЦР-продуктов проводили с использованием набора fmol DNA Cycle Sequencing System (Promega, США) в соответствии с рекомендациями фирмы-производителя.

4
Щербаков А.В., Тимина А.М. Филогенетический анализ изолятов вируса ящура, вызвавших вспышки болезни в России и Монголии в 2010 г. // Тр. Федерального центра охраны здоровья животных. — Владимир, 2011. — Т. 9. — С. 5–11.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=2735
    Prefix
    В России ящур не эндемичен, однако существует постоянная угроза заноса этой болезни из соседних азиатских стран. Вспышки ящура, вызванные заносом инфекции извне, регистрировались в современной России в 1995, 2000, 2004–2006 и 2010–2014 гг.
    Exact
    [1, 2, 4, 5, 19, 20]
    Suffix
    . Для определения происхождения вирусов, ответственных за вспышки ящура, используется технология, предполагающая секвенирование и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей гена VP1.

5
Щербаков А.В., Тимина А.М., Зиняков Н.Г. Филогенетический анализ изолятов вируса ящура, вызвавших вспышки болезни в России в 2013 году // Ветеринария. — 2014. — No 7. — С. 22–25.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=2735
    Prefix
    В России ящур не эндемичен, однако существует постоянная угроза заноса этой болезни из соседних азиатских стран. Вспышки ящура, вызванные заносом инфекции извне, регистрировались в современной России в 1995, 2000, 2004–2006 и 2010–2014 гг.
    Exact
    [1, 2, 4, 5, 19, 20]
    Suffix
    . Для определения происхождения вирусов, ответственных за вспышки ящура, используется технология, предполагающая секвенирование и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей гена VP1.

6
Эпизоотическая ситуация по ящуру типа Азия -1 в России в 2005 году и анализ эффективности мер борьбы / К.Н. Груздев, Т.З. Байбиков, В.Н. Герасимов [и др.] // Тр. Федерального центра охраны здоровья животных. — Владимир, 2006. — Т. 4. — С. 3–19.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=9547
    Prefix
    Учитывая географию вспышки, можно предполагать, что и в этом случае ящур на территорию РФ был занесен из Китая. В 2005 г. вспышки ящура были зарегистрированы в Амурской области (1 очаг), Хабаровском крае (4 очага) и Приморском крае (9 очагов) РФ
    Exact
    [6]
    Suffix
    . Все они были вызваны экзотическим для России серотипом Азия-1 ВЯ. Филогенетический анализ показал, что все российские изоляты генетически очень близки вирусу, вызвавшему в 2005–2006 гг. масштабную эпизоотию ящура этого типа в Китае (рис. 2) [16].

7
Application of RT-PCR and nucleotide sequencing in foot-and-mouth disease diagnosis / A. Sherbakov, N. Lomakina, V. Drygin, A. Gusev // The Veterinary Quarterly. — 1998. — Vol. 20, No 2. — P. 32–34.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=4009
    Prefix
    Патматериал поступил в ФГБУ «ВНИИЗЖ» в 1995–2014 гг. из различных регионов РФ. Выделение РНК. РНК выделяли из 10%-й суспензии эпителия методом аффинной сорбции на стекловолокнистых фильтрах, как описано ранее
    Exact
    [7]
    Suffix
    . Обратная транскрипция и полимеразная цепная реакция (ОТ-ПЦР). Амплификацию гена VP1 проводили методом ОТ-ПЦР в соответствии с «Методическими указаниями по индикации генома и штаммовой дифференциации вируса ящура методом полимеразной цепной реакции и секвенированием гена VP1» [3].

8
Beard C.W., Mason P. W. Genetic determinants of altered virulence of Taiwanese foot-and-mouth disease virus // J. Virol. — 2000 — Vol. 74, No 2. — P. 987–991.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=5796
    Prefix
    Этот топотип эндемичен в КНР и имеет уникальную биологическую особенность: в отличие от всех других топотипов ВЯ он поражает только свиней и не способен вызывать клиническое заболевание у крупного и мелкого рогатого скота
    Exact
    [8]
    Suffix
    . Полученная в результате филогенетического анализа информация о китайском происхождении подмосковного изолята позволила оперативно установить источник инфекции: им оказалась свинина, которую импортировал из КНР подмосковный мясокомбинат, расположенный в непосредственной близости от хозяйства «Петровское».

  2. In-text reference with the coordinate start=24184
    Prefix
    Этот топотип имеет уникальную особенность. Он способен поражать только свиней и, в отличие от всех других топотипов вируса ящура, не вызывает клинического заболевания у рогатого скота
    Exact
    [8]
    Suffix
    . В связи с этим способность к панзоотическому распространению китайского топотипа ВЯ невысока, и он не представлял большой опасности для стран — северных соседей КНР. Второй фактор, определявший благополучие стран Дальнего Востока по ящуру в ХХ веке, связан с уровнем социально-экономического развития Китая.

9
Beck E., Strohmaier K. Subtyping of european footand-mouth disease virus strains by nucleotide sequence determination // J.Virol. — 1987. — Vol. 61. — P. 1621– 1629.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=3067
    Prefix
    Для определения происхождения вирусов, ответственных за вспышки ящура, используется технология, предполагающая секвенирование и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей гена VP1. Впервые данный подход в исследованиях ящура применили в 1987 г. E. Beck и K. Strohmaier
    Exact
    [9]
    Suffix
    . В РФ филогенетический анализ применяется в эпизоотологических исследованиях ящура с начала 90-х гг. прошлого века [14]. Филогенетические исследования позволяют не только устанавливать происхождение ВЯ, вызвавшего вспышку болезни, но и отслеживать пути распространения эпизоотий, а также изучать процесс эволюции и смены штаммов/генетических линий в регионах, где вир

  2. In-text reference with the coordinate start=26321
    Prefix
    Вакцины, изготовленные по этой технологии, могут содержать не полностью инактивированный вирус и таким образом вызывать поствакцинальный ящур. Так, E. Beck и K. Strohmaier показали, что большинство эпизоотий и отдельных вспышек ящура в Западной Европе в период 1964–1984 гг. имели поствакцинальное происхождение
    Exact
    [9]
    Suffix
    . На поствакцинальный характер эпизоотии ящура типа Азия-1 в Китае в 2005 г. указывают и особенности ее распространения. Многочисленные вспышки ящура начали регистрироваться практически одновременно (в апреле–мае 2005 г.) в различных провинциях КНР [19], что невозможно при естественном распространении болезни, однако вполне объясняется проведением повсеместной вакцина

10
Comparative sequence analysis of representative foot-and-mouth disease virus genomes from Southeast Asia / N.F. Abdul-Hamid, M. Fırat-Saraç, A.D. Radford [et al.] // Virus Genes. — 2011. — Vol. 43, No 1. — P. 41–45.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=10694
    Prefix
    Макарово Шилкинского района. Филогенетический анализ изолятов, ответственных за эти вспышки, показал, что они относятся к генетической линии Mya-98 (Мьянма-98) топотипа SEA (ЮгоВосточная Азия) серотипа О
    Exact
    [10]
    Suffix
    , но к разным сублиниям (рис. 1). Изолят из с. Абагайтуй (на рис. 1 он обозначен как O/Zabaikalskiy/1/RUS/2010) имел очень близкое генетическое родство с вирусом, вызвавшим в 2009 г. многочисленные вспышки ящура во Вьетнаме, а в 2010 г. — в Китае, Южной Корее и Японии.

11
Emergence of a pandemic strain of foot-andmouth disease virus serotype O / N.J. Knowles, A.R. Samuel, P.R. Davies [et al.] // European Commission for the control of FMD. Session of the Research Group of the Standing Technical Committee Borovets, Bulgaria, 5–8 September, 2000. — Р. 20–31.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=6775
    Prefix
    К 2000 г. паназиатский штамм вызвал вспышки ящура практически во всех азиатских странах, в том числе в Монголии, Южной Корее и Японии, где болезнь регистрировалась до этого в 1973, 1934 и 1908 гг. соответственно
    Exact
    [11]
    Suffix
    . В связи с тем, что панзоотия, обусловленная этим вирусом, охватила весь Азиатский континент, штамм и получил название «ПанАзия». В 2001 г. паназиатский штамм был занесен в Западную Европу и вызвал опустошительную эпизоотию в Великобритании.

12
Genetic basis of antigenic variation in foot-andmouth disease serotype A viruses from the Middle East / S. Upadhyaya, G. Ayelet, G. Paul [et al.] // Vaccine. — 2014. — Vol. 32, No 5. — P. 631–638.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=16188
    Prefix
    За эти годы вирус значительно дивергировал, и в пределах генетической линии возникло множество сублиний. Большинство сублиний после появления быстро исчезает, однако некоторые сохраняются и доминируют в течение какого-то времени
    Exact
    [12]
    Suffix
    . Начиная с 2011 г., в Турции доминирует сублиния SIS-10 ВЯ A/Iran-05 [15]. Именно к этой сублинии принадлежали и все российские изоляты, ответственные за вспышки ящура на Северном Кавказе в 2013 г. [20].

13
Knowles N.J., Samuel A.R. Molecular epidemiology of foot-and-mouth disease virus // Virus Res. — 2003. — Vol. 91, No 1. — P. 65–80.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=2378
    Prefix
    Восточная Азия и Китай, 2 — Южная Азия, 3 — Ближний и Средний Восток, 4 — Западная и Центральная Африка, 5 — Восточная Африка, 6 — Южная Африка и 7 — Южная Америка [18]. В каждом пуле циркулируют штаммы ВЯ, отличающиеся по генетическим и антигенным свойствам. Эти устойчивые генетические группы получили название топотипов (географических типов)
    Exact
    [13, 17]
    Suffix
    . В пределах каждого топотипа различают многочисленные генетические линии ВЯ. В России ящур не эндемичен, однако существует постоянная угроза заноса этой болезни из соседних азиатских стран.

14
Preliminary molecular analysis of FMD virus isolates collected on territories of Russia and the CIS in 1993– 1994 / V.V. Drygin, A.V. Scherbakov, N.A. Perevozchikova, A.A. Gusev // Europ. Commiss. FMD. Vienna. Austria, 19– 22 September 1994. — Rome, 1994. — P. 8.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=3200
    Prefix
    Впервые данный подход в исследованиях ящура применили в 1987 г. E. Beck и K. Strohmaier [9]. В РФ филогенетический анализ применяется в эпизоотологических исследованиях ящура с начала 90-х гг. прошлого века
    Exact
    [14]
    Suffix
    . Филогенетические исследования позволяют не только устанавливать происхождение ВЯ, вызвавшего вспышку болезни, но и отслеживать пути распространения эпизоотий, а также изучать процесс эволюции и смены штаммов/генетических линий в регионах, где вирус ящура эндемичен.

15
Recent spread of a new strain (A-Iran-05) of footand-mouth disease virus type A in the Middle East / N.J. Knowles, M.H. Nazem Shirazi, J. Wadsworth [et al.] // Transbound Emerg Dis. — 2009. — Vol. 56, No 5. — P. 157–
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=15922
    Prefix
    Эта генетическая линия впервые была выявлена в Иране в 2003 г., в течение 2005–2006 гг. она распространилась по всей территории Ближнего Востока и доминирует в этом регионе до настоящего времени
    Exact
    [15, 20]
    Suffix
    . За эти годы вирус значительно дивергировал, и в пределах генетической линии возникло множество сублиний. Большинство сублиний после появления быстро исчезает, однако некоторые сохраняются и доминируют в течение какого-то времени [12].

  2. In-text reference with the coordinate start=16270
    Prefix
    Большинство сублиний после появления быстро исчезает, однако некоторые сохраняются и доминируют в течение какого-то времени [12]. Начиная с 2011 г., в Турции доминирует сублиния SIS-10 ВЯ A/Iran-05
    Exact
    [15]
    Suffix
    . Именно к этой сублинии принадлежали и все российские изоляты, ответственные за вспышки ящура на Северном Кавказе в 2013 г. [20]. Занос ящура на территорию Северного Кавказа непосредственно из Турции маловероятен.

16
16. Recent spread of FMD virus serotype Asia 1 / J.F. Valarcher, N.J. Knowles, N.P. Ferris [et al.] // Vet. Record. — 2005. — July 2. — Р. 30.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=9818
    Prefix
    Все они были вызваны экзотическим для России серотипом Азия-1 ВЯ. Филогенетический анализ показал, что все российские изоляты генетически очень близки вирусу, вызвавшему в 2005–2006 гг. масштабную эпизоотию ящура этого типа в Китае (рис. 2)
    Exact
    [16]
    Suffix
    . Это доказывает, что вспышки ящура типа Азия-1 в РФ в 2005 г. были вызваны заносом болезни с территории КНР. В 2006 г. в России были зарегистрированы еще две вспышки ящура типа Азия-1: по одному очагу в Читинской и Амурской областях.

17
Samuel A.R., Knowles N.J. / Foot-and-mouth disease type O viruses exhibit genetically and geographically distinct evolutionary lineages (topotypes) // J. Gen. Virol. — 2001. — Vol. 82, No 3. — P. 609–621.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=2378
    Prefix
    Восточная Азия и Китай, 2 — Южная Азия, 3 — Ближний и Средний Восток, 4 — Западная и Центральная Африка, 5 — Восточная Африка, 6 — Южная Африка и 7 — Южная Америка [18]. В каждом пуле циркулируют штаммы ВЯ, отличающиеся по генетическим и антигенным свойствам. Эти устойчивые генетические группы получили название топотипов (географических типов)
    Exact
    [13, 17]
    Suffix
    . В пределах каждого топотипа различают многочисленные генетические линии ВЯ. В России ящур не эндемичен, однако существует постоянная угроза заноса этой болезни из соседних азиатских стран.

18
http://www.foot-and-mouth.org.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=2183
    Prefix
    В настоящее время в мире существует семь экосистем (пулов) ВЯ: 1 — Юго-Восточная Азия и Китай, 2 — Южная Азия, 3 — Ближний и Средний Восток, 4 — Западная и Центральная Африка, 5 — Восточная Африка, 6 — Южная Африка и 7 — Южная Америка
    Exact
    [18]
    Suffix
    . В каждом пуле циркулируют штаммы ВЯ, отличающиеся по генетическим и антигенным свойствам. Эти устойчивые генетические группы получили название топотипов (географических типов) [13, 17].

19
http://www.oie.int/wahis_2/public/wahid.php/ Diseaseinformation.
Total in-text references: 3
  1. In-text reference with the coordinate start=2735
    Prefix
    В России ящур не эндемичен, однако существует постоянная угроза заноса этой болезни из соседних азиатских стран. Вспышки ящура, вызванные заносом инфекции извне, регистрировались в современной России в 1995, 2000, 2004–2006 и 2010–2014 гг.
    Exact
    [1, 2, 4, 5, 19, 20]
    Suffix
    . Для определения происхождения вирусов, ответственных за вспышки ящура, используется технология, предполагающая секвенирование и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей гена VP1.

  2. In-text reference with the coordinate start=17674
    Prefix
    Дендрограмма основана на сравнении полных нуклеотидных последовательностей гена VP1 линия эндемична в странах Юго-Восточной Азии: Вьетнаме, Таиланде, Малайзии и др. Из сообщений Всемирной организации здравоохранения животных (МЭБ)
    Exact
    [19]
    Suffix
    и Всемирной референтной лаборатории по ящуру (WRL-FMD, Пирбрайт, Великобритания) [20] известно, что в 2013 г. этот вирус вышел за пределы своего естественного ареала и был занесен в Китай.

  3. In-text reference with the coordinate start=26589
    Prefix
    На поствакцинальный характер эпизоотии ящура типа Азия-1 в Китае в 2005 г. указывают и особенности ее распространения. Многочисленные вспышки ящура начали регистрироваться практически одновременно (в апреле–мае 2005 г.) в различных провинциях КНР
    Exact
    [19]
    Suffix
    , что невозможно при естественном распространении болезни, однако вполне объясняется проведением повсеместной вакцинации. Китаю потребовалось несколько лет, чтобы ликвидировать катастрофические последствия этой вакцинации: ящур типа Азия-1 удалось ликвидировать лишь в 2009 г.

20
http://www.wrlfmd.org/fmd_genotyping. БОЛЕЗНИ СВИНЕЙ SWINE DISEASE ВВЕДЕНИЕ Африканская чума свиней (АЧС) — вирусная бо-
Total in-text references: 7
  1. In-text reference with the coordinate start=2735
    Prefix
    В России ящур не эндемичен, однако существует постоянная угроза заноса этой болезни из соседних азиатских стран. Вспышки ящура, вызванные заносом инфекции извне, регистрировались в современной России в 1995, 2000, 2004–2006 и 2010–2014 гг.
    Exact
    [1, 2, 4, 5, 19, 20]
    Suffix
    . Для определения происхождения вирусов, ответственных за вспышки ящура, используется технология, предполагающая секвенирование и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей гена VP1.

  2. In-text reference with the coordinate start=14786
    Prefix
    Из сообщений Всемирной референтной лаборатории по ящуру (WRL-FMD, Пирбрайт, Великобритания) известно, что в 2010 г. штамм O-PanAsia вызвал многочисленные вспышки ящура во Вьетнаме, Камбодже и Лаосе
    Exact
    [20]
    Suffix
    . Вероятно, именно из Юго-Восточной Азии этот вирус попал в 2011 г. в Китай, откуда затем был занесен в Восточный Казахстан (в августе 2011 г. и мае 2012 г.) и в Приморский край РФ. Очень сложная ситуация по ящуру наблюдалась в РФ в 2013 г.

  3. In-text reference with the coordinate start=15922
    Prefix
    Эта генетическая линия впервые была выявлена в Иране в 2003 г., в течение 2005–2006 гг. она распространилась по всей территории Ближнего Востока и доминирует в этом регионе до настоящего времени
    Exact
    [15, 20]
    Suffix
    . За эти годы вирус значительно дивергировал, и в пределах генетической линии возникло множество сублиний. Большинство сублиний после появления быстро исчезает, однако некоторые сохраняются и доминируют в течение какого-то времени [12].

  4. In-text reference with the coordinate start=16400
    Prefix
    Начиная с 2011 г., в Турции доминирует сублиния SIS-10 ВЯ A/Iran-05 [15]. Именно к этой сублинии принадлежали и все российские изоляты, ответственные за вспышки ящура на Северном Кавказе в 2013 г.
    Exact
    [20]
    Suffix
    . Занос ящура на территорию Северного Кавказа непосредственно из Турции маловероятен. Несмотря на то, что страны Закавказья официально не сообщают о вспышках ящура на своей территории, возможно, что ВЯ A/Iran-05SIS10 получил распространение в Закавказье, откуда, вероятно, и был занесен на территорию России.

  5. In-text reference with the coordinate start=17770
    Prefix
    Дендрограмма основана на сравнении полных нуклеотидных последовательностей гена VP1 линия эндемична в странах Юго-Восточной Азии: Вьетнаме, Таиланде, Малайзии и др. Из сообщений Всемирной организации здравоохранения животных (МЭБ) [19] и Всемирной референтной лаборатории по ящуру (WRL-FMD, Пирбрайт, Великобритания)
    Exact
    [20]
    Suffix
    известно, что в 2013 г. этот вирус вышел за пределы своего естественного ареала и был занесен в Китай. Сравнение, проведенное с использованием банка нуклеотидных последовательностей WRL-FMD, показало, что российские изоляты из Забайкалья и Амурской области имеют максимальное генетическое родство (до 99,65%) именно с китайскими изолятами 2013 г. [20].

  6. In-text reference with the coordinate start=18162
    Prefix
    Сравнение, проведенное с использованием банка нуклеотидных последовательностей WRL-FMD, показало, что российские изоляты из Забайкалья и Амурской области имеют максимальное генетическое родство (до 99,65%) именно с китайскими изолятами 2013 г.
    Exact
    [20]
    Suffix
    . Это доказывает, что занос ящура в Забайкальский край и Амурскую область РФ произошел с территории Китая. Помимо России вспышки ящура, обусловленные ВЯ A/ Sea-97, были зарегистрированы в 2013 г. в Восточном Казахстане и Монголии.

  7. In-text reference with the coordinate start=20956
    Prefix
    Филогенетические исследования, проведенные во Всемирной референтной лаборатории по ящуру (Пирбрайт, Великобритания), показали, что китайские изоляты на 98–99% идентичны вирусу, выделенному в Индии еще в 1980–1981 гг.
    Exact
    [20]
    Suffix
    . Этот факт очень необычен. ВЯ обладает очень высокой скоростью мутационной изменчивости, и вероятность его сохранения в естественных условиях в течение 25 лет практически в неизменном состоянии исключена.