The 8 references with contexts in paper N. Zinyakov G., Ye. Ovchinnikova V., S. Lazareva P., A. Kozlov A., I. Chvala A., Н. Зиняков Г., Е. Овчинникова В., С. Лазарева П., А. Козлов А., И. Чвала А. (2018) “Внедрение технологии 454 Life Sciences в лабораторную практику // Implementation of 454 Life Sciences technology laboratory practices” / spz:neicon:veterinary:y:2015:i:1:p:36-40

1
Генетический анализ изолята аденовируса птиц «Краснодар 2009» / О.С. Осипова, Н.Г. Зиняков, И.А. Чвала, В.В. Дрыгин // Вестник ветеринарии. — 2014. — No 3. — С. 33–37.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=4137
    Prefix
    Стоит отметить, что несмотря на то, что аденовирусы являются распространенными инфекционными агентами, на настоящий момент у аденовирусов птиц изучены и охарактеризованы лишь отдельные протеины. В данной работе был использован изолят «Краснодар 2009», выбор был обусловлен результатами предварительной работы
    Exact
    [1]
    Suffix
    . В результате анализа нуклеотидных последовательностей генов фибер-1 и фибер-2 было показано отличие выделенного изолята от известных штаммов, в том числе от референтного штамма KR95. Отличия на генетическом уровне обусловлены как точечными заменами (1,4% отличия), так и структурными мутациями (1,2%).

2
Зиняков Н.Г. Выявление аденоассоциированных вирусов с помощью NGS-технологии // Молекулярная диагностика. — 2014. — Т. 2. — С. 448–449.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=11428
    Prefix
    Обнаружение подобной «обрезки» сборки указывает на потенциальные структурные изменения у исследуемого объекта (наличие инсерции, делеции, рекомбинации) и необходимость дополнительного анализа. Кроме этого, при использовании алгоритма сборки dе novo среди собранных контигов был выявлен фрагмент, который по результатам анализа был идентифицирован как аденоассоциированный вирус
    Exact
    [2]
    Suffix
    . В результате сравнительного анализа собранного генома были выявлены характерные гены аденоассоциированных вирусов (ОРС неструктурного протеина «rep protein» и структурных белков «cap protein») [5].

3
Овчинникова Е.В. Молекулярно-биологические свойства изолятов вируса инфекционного бронхита кур, выявленных на территории России в период с 2005 по 2011 гг.: дис. ... канд. биол. наук. — Владимир, 2012. — 116 с.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=2274
    Prefix
    Рекомбинация происходит при инфицировании одной клетки разными штаммами вируса. При этом дочерний вирус может иметь фрагменты генома родительских вирусов разных генотипов, включая вакцинные штаммы
    Exact
    [3]
    Suffix
    . Для полногеномного секвенирования был выбран изолят IBV27-11 вируса ИБК, поскольку по результатам анализа нуклеотидной последовательности на участке гена S1 данного изолята была выявлена рекомбинация [3].

  2. In-text reference with the coordinate start=2480
    Prefix
    Для полногеномного секвенирования был выбран изолят IBV27-11 вируса ИБК, поскольку по результатам анализа нуклеотидной последовательности на участке гена S1 данного изолята была выявлена рекомбинация
    Exact
    [3]
    Suffix
    . В полногеномном анализе было использовано 4542 единичных прочтения, из которых была собрана последовательность размером 27577 п.н. Анализ полученной нуклеотидной последовательности с помощью программы RDP позволил выявить мозаичную структуру генома с пятью рекомбинационными событиями (рис. 1).

4
Adair B.M., Fitzgerald S.D. Group 1 adenovirus infections // Diseases of Poultry / ed. Y.M. Saif, A.M. Fadly, J.R. Glisson [et al.]. — 12th ed. — Ames, Iowa, — 2008. — P. 252–266.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=3821
    Prefix
    Наиболее известными болезнями птиц, вызываемыми аденовирусами и имеющими характерные патологоанатомические признаки, являются гепатит (IBН-inclusion body hepatitis) и синдром гидроперикардита (HHS-hepatitis-hydropericardium syndrome)
    Exact
    [4]
    Suffix
    . Стоит отметить, что несмотря на то, что аденовирусы являются распространенными инфекционными агентами, на настоящий момент у аденовирусов птиц изучены и охарактеризованы лишь отдельные протеины.

5
Bossis I., Chiorini J.A. Cloning of an Avian AdenoAssociated Virus (AAAV) and Generation of Recombinant AAAV Particles / J. Virol. — 2003. — Vol. 77. — P. 6799–6810.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=11628
    Prefix
    Кроме этого, при использовании алгоритма сборки dе novo среди собранных контигов был выявлен фрагмент, который по результатам анализа был идентифицирован как аденоассоциированный вирус [2]. В результате сравнительного анализа собранного генома были выявлены характерные гены аденоассоциированных вирусов (ОРС неструктурного протеина «rep protein» и структурных белков «cap protein»)
    Exact
    [5]
    Suffix
    . Размер ОРС «rep protein» составил 1992 п.н. Процент сходства нуклеотидной последовательности ОРС «rep protein» составил 92, 95, 94% со штаммами VR-865 (AY629582), DA-1 (AY629583), YZ-1 (GQ368252) соответственно.

6
Knopf C.W., Spies B., Kaerner H.C. The DNA replication origins of herpes simplex virus type 1 strain Angelotti // Nucleic Acids Research. — 1986. — Vol. 14, No 21. — Р. 8655– 8667.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=13905
    Prefix
    В областях инвертированных повторов находятся гены, кодирующие регуляторный белок ICP4, вирионный белок US10, а также oriS участки, которые имеют палиндромную организацию и содержат сайты инициации репликации вирусной ДНК
    Exact
    [6]
    Suffix
    . При анализе результатов секвенирования вируса ИЛТ более приемлемым оказался алгоритм картирования полученных прочтений на референтную последовательность. Проведенная работа указывает на необходимость грамотного подбора алгоритмов последующего анализа данных, полученных с помощью технологии 454 Life Sciences, при осуществлении работ, связанных с расшифровкой вирусных геномов, имеющих с

7
Metagenomic analysis of the viromes of three North American bat species: viral diversity among different bat species that share a common habitat / E.F. Donaldson, A.N. Haskew, J.E. Gates [et al.] // J. Virol. — 2010. — Vol. 84. — P. 13004–13018.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=7139
    Prefix
    Совокупность новых методов также называют секвенированием второго поколения или Next Generation Sequencing (NGS). Области применения технологий NGS охватывают работы, связанные с полногеномным секвенированием, таргетным секвенированием, анализом транскриптома и метагеномными исследованиями
    Exact
    [7, 8]
    Suffix
    . NGS-технологии позволяют проводить работу без расчета праймеров за счет случайной фрагментации исходной ДНК и секвенирования полученной библиотеки, представляют огромные преимущества для работы с вариабельными и малоизученными инфекционными агентами.

8
Sequencing viral genomes from a single isolated plaque / J. DePew, B. Zhou, J.M. McCorrison [et al.] // J. Virol. — 2013. — Vol. 10 (181). — doi: 10.1186/1743-422X-
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=7139
    Prefix
    Совокупность новых методов также называют секвенированием второго поколения или Next Generation Sequencing (NGS). Области применения технологий NGS охватывают работы, связанные с полногеномным секвенированием, таргетным секвенированием, анализом транскриптома и метагеномными исследованиями
    Exact
    [7, 8]
    Suffix
    . NGS-технологии позволяют проводить работу без расчета праймеров за счет случайной фрагментации исходной ДНК и секвенирования полученной библиотеки, представляют огромные преимущества для работы с вариабельными и малоизученными инфекционными агентами.