The 32 reference contexts in paper E. Chernevskaya A., N. Beloborodova V., Е. Черневская А., Н. Белобородова В. (2018) “Микробиота кишечника при критических состояниях (обзор) // Gut Microbiome in Critical Illness (Review)” / spz:neicon:reanimatology:y:2018:i:5:p:96-119

  1. Start
    6517
    Prefix
    Позволяющие проанализировать всю совокупность процессов, происходящих в клетке или целом живом организме — омиксные технологии (геномика, транскриптомика, метагеномное секвенирование, протеомика и метаболомика) полностью трансформировали наши представления о составе и функции «невидимого органа»
    Exact
    [1]
    Suffix
    . Широкое распространение микробиомных исследований стало возможным около 10 лет назад с появлением высокопроизводительных секвенаторов нового поколения (NGS), которые позволяют за короткие сроки массово расшифровывать совокупный геном микробиомов — метагеном.
    (check this in PDF content)

  2. Start
    8781
    Prefix
    Allowing analyzing the whole totality of processes occurring in a cell or an intact live organism, omics technologies (genomics, transcriptomics, metagenomic sequencing, proteomics, and metabolomics) have fully changed our concepts about the composition and function of the ‘invisible organ’
    Exact
    [1]
    Suffix
    . Widespread distribution of microbiomic studies has become possible about 10 years ago with emergence of high-performance new-generation sequencing (NGS), allowing transcribing in mass the collective genome of microbiomes — metagenome.
    (check this in PDF content)

  3. Start
    10320
    Prefix
    Introduction of latest technologies, in particular, nanopore sequencing, allows fast identification of bacteria in samples and finding markers of resistance to antimicrobial drugs within 5–10 minutes while a sequenator itself weighs less than 100 grams and can fit a pocket. This method is currently undergoing clinical testing
    Exact
    [2]
    Suffix
    . The human microbiome project (HMP) was initiated in 2008 by the US National Institute of Health (NIH) aiming at isolation and characterization of microorganisms in health and disease [3]. The ultimate goal of the project was finding a connection between бактерий в образцах и находить маркеры резистентности к антимикробным препаратам в течение 5–10 минут, а сам секвенатор весит менее 1
    (check this in PDF content)

  4. Start
    10510
    Prefix
    This method is currently undergoing clinical testing [2]. The human microbiome project (HMP) was initiated in 2008 by the US National Institute of Health (NIH) aiming at isolation and characterization of microorganisms in health and disease
    Exact
    [3]
    Suffix
    . The ultimate goal of the project was finding a connection between бактерий в образцах и находить маркеры резистентности к антимикробным препаратам в течение 5–10 минут, а сам секвенатор весит менее 100 грамм и может поместиться в кармане.
    (check this in PDF content)

  5. Start
    10930
    Prefix
    The ultimate goal of the project was finding a connection between бактерий в образцах и находить маркеры резистентности к антимикробным препаратам в течение 5–10 минут, а сам секвенатор весит менее 100 грамм и может поместиться в кармане. В настоящее время идет клиническая апробация данного метода
    Exact
    [2]
    Suffix
    . Проект изучения человеческого микробиома (HMP) был инициирован в 2008 Национальным институтом здравоохранения США (NIH) с целью выделения и характеристики микроорганизмов в норме и патологии [3].
    (check this in PDF content)

  6. Start
    11129
    Prefix
    В настоящее время идет клиническая апробация данного метода [2]. Проект изучения человеческого микробиома (HMP) был инициирован в 2008 Национальным институтом здравоохранения США (NIH) с целью выделения и характеристики микроорганизмов в норме и патологии
    Exact
    [3]
    Suffix
    . Конечной целью проекта являлось выявление связи человеческого микробиома со здоровьем человека или болезнью. Однако спустя 10 лет мы по-прежнему на пути к решению поставленных задач. Микробиом человека — совокупность более 1014 микроорганизмов (бактерии, вирусы, грибы), которые колонизируют кожу, ротовую полость, легкие, репродуктивную систему и желудочнокишечный тракт, что в н
    (check this in PDF content)

  7. Start
    11597
    Prefix
    Микробиом человека — совокупность более 1014 микроорганизмов (бактерии, вирусы, грибы), которые колонизируют кожу, ротовую полость, легкие, репродуктивную систему и желудочнокишечный тракт, что в несколько десятков раз превышает количество клеток макроорганизма
    Exact
    [4, 5]
    Suffix
    . Исследуя функцию и разнообразие микробиома у здоровых взрослых было обнаружены таксономические изменения в составе микробного сообщества в разных анатомических участках одного и того же человека, а также существенные изменения в одноименных локусах у разных людей [6].
    (check this in PDF content)

  8. Start
    11890
    Prefix
    Исследуя функцию и разнообразие микробиома у здоровых взрослых было обнаружены таксономические изменения в составе микробного сообщества в разных анатомических участках одного и того же человека, а также существенные изменения в одноименных локусах у разных людей
    Exact
    [6]
    Suffix
    . При этом микробиом кишечника — самый сложный, разнообразный и метаболически активный «орган», оказывающий комплексное воздействие на организм человека. Микробиом уникален для каждого человека наподобие «отпечатка пальцев», позволяющего распознавать более 80% индивидуумов в популяции независимо от среды обитания, образа жизни, питания и приема лекарственных преп
    (check this in PDF content)

  9. Start
    12303
    Prefix
    Микробиом уникален для каждого человека наподобие «отпечатка пальцев», позволяющего распознавать более 80% индивидуумов в популяции независимо от среды обитания, образа жизни, питания и приема лекарственных препаратов
    Exact
    [7]
    Suffix
    . В аналогичных патофизиологических условиях, несмотря на вариации состава между индивидуумами функции микробиома сохраняются [8]. В микробиоте человека преобладают 4 из 50 известных типов бактерий (Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes и Proteobacteria) [9], при этом присутствует много уникальных бактериальных генов [10], что приводит к высокой степени
    (check this in PDF content)

  10. Start
    12447
    Prefix
    Микробиом уникален для каждого человека наподобие «отпечатка пальцев», позволяющего распознавать более 80% индивидуумов в популяции независимо от среды обитания, образа жизни, питания и приема лекарственных препаратов [7]. В аналогичных патофизиологических условиях, несмотря на вариации состава между индивидуумами функции микробиома сохраняются
    Exact
    [8]
    Suffix
    . В микробиоте человека преобладают 4 из 50 известных типов бактерий (Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes и Proteobacteria) [9], при этом присутствует много уникальных бактериальных генов [10], что приводит к высокой степени функциональной избыточности [11].
    (check this in PDF content)

  11. Start
    12596
    Prefix
    В аналогичных патофизиологических условиях, несмотря на вариации состава между индивидуумами функции микробиома сохраняются [8]. В микробиоте человека преобладают 4 из 50 известных типов бактерий (Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes и Proteobacteria)
    Exact
    [9]
    Suffix
    , при этом присутствует много уникальных бактериальных генов [10], что приводит к высокой степени функциональной избыточности [11]. Микробиом преимущественно cостоит из бактерий, относящихся к двум типам — Bacteroidetes и Firmicutes, участвующих в регуляции метаболизма липидов и желчных кислот и поддерживающих гомеостаз энергетического обмена [12].
    (check this in PDF content)

  12. Start
    12664
    Prefix
    В микробиоте человека преобладают 4 из 50 известных типов бактерий (Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes и Proteobacteria) [9], при этом присутствует много уникальных бактериальных генов
    Exact
    [10]
    Suffix
    , что приводит к высокой степени функциональной избыточности [11]. Микробиом преимущественно cостоит из бактерий, относящихся к двум типам — Bacteroidetes и Firmicutes, участвующих в регуляции метаболизма липидов и желчных кислот и поддерживающих гомеостаз энергетического обмена [12].
    (check this in PDF content)

  13. Start
    12732
    Prefix
    В микробиоте человека преобладают 4 из 50 известных типов бактерий (Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes и Proteobacteria) [9], при этом присутствует много уникальных бактериальных генов [10], что приводит к высокой степени функциональной избыточности
    Exact
    [11]
    Suffix
    . Микробиом преимущественно cостоит из бактерий, относящихся к двум типам — Bacteroidetes и Firmicutes, участвующих в регуляции метаболизма липидов и желчных кислот и поддерживающих гомеостаз энергетического обмена [12].
    (check this in PDF content)

  14. Start
    12958
    Prefix
    Микробиом преимущественно cостоит из бактерий, относящихся к двум типам — Bacteroidetes и Firmicutes, участвующих в регуляции метаболизма липидов и желчных кислот и поддерживающих гомеостаз энергетического обмена
    Exact
    [12]
    Suffix
    . Профили утилизации поли- и олигосахаридов различны у микроорганизмов, входящих в состав данных типов, что предположительно находит отражение в метаболической структуре синтеза летучих жирных кислот.
    (check this in PDF content)

  15. Start
    13432
    Prefix
    В попытке упростить модель, описывающую микробиоту, исследователи сосредоточили свое внимание на характеристике соотношения Bacteroides/ Firmicutes (B/F). Показано, что в европейской популяции, численное соотношение B/F может изменяется с возрастом
    Exact
    [13]
    Suffix
    . Состав микробиоты кишечника российской human microbiome and human health or disease. However, 10 years later we are still on the way towards solving the postulated problems.
    (check this in PDF content)

  16. Start
    13899
    Prefix
    Human microbiome is a totality of more than 1014 microorganisms (bacteria, viruses, fungi), which colonize skin, mouth, lungs, reproductive system, and gastrointestinal tract, and which several dozen times exceeds the quantity of cells of a macroorganism
    Exact
    [4, 5]
    Suffix
    . Study of the function and diversity of microbiome in healthy adults discovered taxonomical changes in the composition of microbial community in different anatomic areas of one and the same person as well as significant changes in loci of the same name in different people [6].
    (check this in PDF content)

  17. Start
    14199
    Prefix
    Study of the function and diversity of microbiome in healthy adults discovered taxonomical changes in the composition of microbial community in different anatomic areas of one and the same person as well as significant changes in loci of the same name in different people
    Exact
    [6]
    Suffix
    . In addition to the above, intestinal microbiome is the most complex, versatile and metabolically active ‘organ’ rendering a comprehensive impact on human body. Microbiome is unique for each and every person like a ‘fingerprint’ allowing identifying more than 80% of individuals in a population regardless of habitat, lifestyle, nutrition, or use of medicinal drugs [7].
    (check this in PDF content)

  18. Start
    14582
    Prefix
    Microbiome is unique for each and every person like a ‘fingerprint’ allowing identifying more than 80% of individuals in a population regardless of habitat, lifestyle, nutrition, or use of medicinal drugs
    Exact
    [7]
    Suffix
    . In similar pathophysiological conditions, in spite of composition variations between individuals, microbiome functions are retained [8]. In human microbiota, 4 of 50 known types of bacteria are predominant (Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, and Proteobacteria) [9]; at the same time, many unique bacterial genes are present [10], resulting in a high functional r
    (check this in PDF content)

  19. Start
    14723
    Prefix
    Microbiome is unique for each and every person like a ‘fingerprint’ allowing identifying more than 80% of individuals in a population regardless of habitat, lifestyle, nutrition, or use of medicinal drugs [7]. In similar pathophysiological conditions, in spite of composition variations between individuals, microbiome functions are retained
    Exact
    [8]
    Suffix
    . In human microbiota, 4 of 50 known types of bacteria are predominant (Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, and Proteobacteria) [9]; at the same time, many unique bacterial genes are present [10], resulting in a high functional redundancy [11].
    (check this in PDF content)

  20. Start
    14879
    Prefix
    In similar pathophysiological conditions, in spite of composition variations between individuals, microbiome functions are retained [8]. In human microbiota, 4 of 50 known types of bacteria are predominant (Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, and Proteobacteria)
    Exact
    [9]
    Suffix
    ; at the same time, many unique bacterial genes are present [10], resulting in a high functional redundancy [11]. Microbiome consists mostly of bacteria belonging to two types — Bacteroidetes and Firmicutes, which are involved in the regulation of lipid and bile acid metabolism and maintaining energy exchange homeostasis [12].
    (check this in PDF content)

  21. Start
    14942
    Prefix
    In human microbiota, 4 of 50 known types of bacteria are predominant (Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, and Proteobacteria) [9]; at the same time, many unique bacterial genes are present
    Exact
    [10]
    Suffix
    , resulting in a high functional redundancy [11]. Microbiome consists mostly of bacteria belonging to two types — Bacteroidetes and Firmicutes, which are involved in the regulation of lipid and bile acid metabolism and maintaining energy exchange homeostasis [12].
    (check this in PDF content)

  22. Start
    14990
    Prefix
    In human microbiota, 4 of 50 known types of bacteria are predominant (Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, and Proteobacteria) [9]; at the same time, many unique bacterial genes are present [10], resulting in a high functional redundancy
    Exact
    [11]
    Suffix
    . Microbiome consists mostly of bacteria belonging to two types — Bacteroidetes and Firmicutes, which are involved in the regulation of lipid and bile acid metabolism and maintaining energy exchange homeostasis [12].
    (check this in PDF content)

  23. Start
    15206
    Prefix
    Microbiome consists mostly of bacteria belonging to two types — Bacteroidetes and Firmicutes, which are involved in the regulation of lipid and bile acid metabolism and maintaining energy exchange homeostasis
    Exact
    [12]
    Suffix
    . The profiles of utilization of poly- and oligosaccharides differ in microorganisms belonging to those types, which is presumably reflected in the metabolic structure of volatile fatty acid synthesis.
    (check this in PDF content)

  24. Start
    15682
    Prefix
    Attempting to simplify the model describing microbiota, researchers focused their attention to characterization of Bacteroides/Firmicutes (B/F) correlation. It has been shown that in the European population, the numeric correlation B/F may change with age
    Exact
    [13]
    Suffix
    . The composition of gut microbiome of Russian population differs from European and Asian, a predominant quantity of Firmicutes bacterial has been noted [14]. It is difficult to divide these groups clearly into human ‘beneficial’ and ‘harmful’ microorganisms, but, traditionally, representatives of normal human microbiota including bacteria species Bifidobacterium, Bacteroides,
    (check this in PDF content)

  25. Start
    15840
    Prefix
    It has been shown that in the European population, the numeric correlation B/F may change with age [13]. The composition of gut microbiome of Russian population differs from European and Asian, a predominant quantity of Firmicutes bacterial has been noted
    Exact
    [14]
    Suffix
    . It is difficult to divide these groups clearly into human ‘beneficial’ and ‘harmful’ microorganisms, but, traditionally, representatives of normal human microbiota including bacteria species Bifidobacterium, Bacteroides, Ruminococcus, Lactobacillus are considered ‘beneficial’ while Bacillus spp.
    (check this in PDF content)

  26. Start
    16864
    Prefix
    microbiota in normal physiological conditions is maintained by symbiotic interrelations of hundreds of species of bacteria with macroorganism cells, which plays an essential role in supporting human ecosystem. Since the first hours of baby’s life, bacteria interact with epitheпопуляции отличается от европейской и азиатской, отмечено превалирующее количество бактерий типа Firmicutes
    Exact
    [14]
    Suffix
    . Трудно четко разделить эти группы на «полезные» и «вредные» для человека микроорганизмы, но традиционно принято считать «полезными» представителей нормальной микробиоты человека, включающие бактерии рода Bifidobacterium, Bacteroides, Ruminococcus, Lactobacillus и «вредные»/условно-патогенные микроорганизмы — Bacillus spp.
    (check this in PDF content)

  27. Start
    17745
    Prefix
    и разнообразие) микробиоты в нормальных физиологических условиях поддерживается симбиотическими взаимоотношениями сотен видов бактерий с клетками макроорганизма, что играет ключевую роль в обеспечении экосистемы человека. С первых часов жизни ребенка бактерии взаимодействуют с эпителиальными и иммунными структурами кишечника, активируя иммунную систему макроорганизма
    Exact
    [15, 16]
    Suffix
    . Ряд доклинических работ показывает защитную функцию микробиома в отношении условноlial and immune structures of bowels activating the macroorganism’s immune system [15, 16]. A number of preclinical studies show the protective function of microbiome in respect of opportunistic pathogenic bacteria during the whole life.
    (check this in PDF content)

  28. Start
    17922
    Prefix
    С первых часов жизни ребенка бактерии взаимодействуют с эпителиальными и иммунными структурами кишечника, активируя иммунную систему макроорганизма [15, 16]. Ряд доклинических работ показывает защитную функцию микробиома в отношении условноlial and immune structures of bowels activating the macroorganism’s immune system
    Exact
    [15, 16]
    Suffix
    . A number of preclinical studies show the protective function of microbiome in respect of opportunistic pathogenic bacteria during the whole life. In a study on 500 healthy volunteers, differences in metabolic microbiome-cytokine-associated pathways led to differentiated triggering of immune response to specific types of microorganisms, such as Staphylococcus aureus, Escherichia coli
    (check this in PDF content)

  29. Start
    18373
    Prefix
    In a study on 500 healthy volunteers, differences in metabolic microbiome-cytokine-associated pathways led to differentiated triggering of immune response to specific types of microorganisms, such as Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Bacteroides fragilis, and Candida albicans
    Exact
    [17]
    Suffix
    . Supposedly, it is the proinflammatory immunity that might be the necessary component of establishing and maintaining homeostasis between the human body and its microbiota [18]. Commensals (microorganisms that live in close interrelation with the body without causing harm thereto) are usually beneficial to the host.
    (check this in PDF content)

  30. Start
    19896
    Prefix
    Так, в исследовании у 500 здоровых добровольцев различия в метаболических микробиомцитокин — ассоциированных путях приводили к дифференцированному запуску иммунного ответа на определенные виды микроорганизмов, такие как Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Bacteroides fragilis и Candida albicans
    Exact
    [17]
    Suffix
    . Предположительно, именно провоспалительный иммунитет может быть необходимым компонентом установления и поддержания состояния гомеостаза между организмом человека и его микробиотой [18]. Комменсальные микроорганизмы (живущие в тесной взаимосвязи с организмом, не причиняя им при этом вреда), как правило, приносят пользу хозяину.
    (check this in PDF content)

  31. Start
    66341
    Prefix
    cardiac function during chronic cardiac insufficiency affects intestinal microcirculation leading to compromised barrier function of intestinal mucosa and increased bacterial translocation. Such well-known risk factors of developing hypertension and IHD as obesity and metabolic syndrome were related to relative prevalence of Firmicutes over Bacteroidetes in gut microbiome
    Exact
    [8]
    Suffix
    . Gut microbiome signals — microbial metabolites, structural components of microorganisms (for example, endotoxin, teichoic acid, microbial DNA), factors induced and secreted by epithelial cells or dendritic cells of bowels — seem to perform important physiological and pathophysiological functions influencing, inter alia, cardiac function [85].
    (check this in PDF content)

  32. Start
    74723
    Prefix
    Такие известные факторы риска развития гипертонии и ИБС, как ожирение и метаболический синдром, были связаны с относительным преобладанием Firmicutes над Bacteroidetes в составе кишечной микробиоты
    Exact
    [8]
    Suffix
    . Сигналы кишечного микробиома — микробные метаболиты, структурные компоненты микроорганизмов (например эндотоксин, тейхоевые кислоты, микробные ДНК), факторы, индуцированные и секретируемые эпителиальными клетками или дендритными клетками кишечника, по-видимому, имеют важные физиологические и патофизиологические функции, влияя, в том числе, и на сердечную деятельность [85
    (check this in PDF content)