The 83 reference contexts in paper O. Voronina L., M. Kunda S., N. Ryzhova N., E. Aksenova I., A. Semenov N., A. Lazareva V., S. Semykin Yu., E. Amelina L., O. Simonova I., S. Krasovskiy A., V. Lunin G., A. Baranov A., A. Chuchalin G., A. Gintsburg L., О. Воронина Л., М. Кунда С., Н. Рыжова Н., Е. Аксенова И., А. Семенов Н., А. Лазарева В., С. Семыкин Ю., Е. Амелина Л., О. Симонова И., С. Красовский А., В. Лунин Г., А. Баранов А., А. Чучалин Г., А. Гинцбург Л. (2015) “Разнообразие и опасность Achromobacter spp., поражающих дыхательные пути больных муковисцидозом // Diversity and hazard of respiratory infection of Achromobacter spp. in cystic fibrosis patients” / spz:neicon:pulmonology:y:2015:i:4:p:389-402

  1. Start
    7526
    Prefix
    Появляющиеся па\n тогенные микроорганизмы подразделяют на 3 катего\n рии: 1) новые для человека; 2) известные ранее, но только недавно идентифицированные, как патоген\n ные; 3) давно известные микроорганизмы, но изме\n нившие свойства, например приобретшие множест\n венную лекарственную устойчивость (МЛУ)
    Exact
    [1]
    Suffix
    . По мнению E.Mahenthiralingam et al., около 25 % больных муковисцидозом (МВ) инфицированы микроорганизмами этой группы [2]. Род Achromobacter(Kingdom: bacteria; Phylum: Pro\n teobacteria; Class: β\nProteobacteria; Order: Burkholde\n riales; Family: Alcaligenaceae; Genus: Achromobacter) относится к появляющимся микроорганизмам, прежде всего по причине сложности его таксо
    (check this in PDF content)

  2. Start
    7659
    Prefix
    \n рии: 1) новые для человека; 2) известные ранее, но только недавно идентифицированные, как патоген\n ные; 3) давно известные микроорганизмы, но изме\n нившие свойства, например приобретшие множест\n венную лекарственную устойчивость (МЛУ) [1]. По мнению E.Mahenthiralingam et al., около 25 % больных муковисцидозом (МВ) инфицированы микроорганизмами этой группы
    Exact
    [2]
    Suffix
    . Род Achromobacter(Kingdom: bacteria; Phylum: Pro\n teobacteria; Class: β\nProteobacteria; Order: Burkholde\n riales; Family: Alcaligenaceae; Genus: Achromobacter) относится к появляющимся микроорганизмам, прежде всего по причине сложности его таксономи\n ческой судьбы.
    (check this in PDF content)

  3. Start
    8104
    Prefix
    \n teobacteria; Class: β\nProteobacteria; Order: Burkholde\n riales; Family: Alcaligenaceae; Genus: Achromobacter) относится к появляющимся микроорганизмам, прежде всего по причине сложности его таксономи\n ческой судьбы. Самый известный вид рода Achromobacter – A. xylosoxidans– был открыт в 1971 г. К нему были отнесены изоляты, выделенные из отделяемо\n го из уха пациента с отитом
    Exact
    [3]
    Suffix
    . Однако в 1978 г. род Achromobacterбыл аннулирован, поскольку типовой вид Achromobacter liquefaciens, ранее представлявший этот род, был утрачен. Новый самостоятельный род Achromobacterбыл утвержден в 1981 г., и A. xylosoxidansбыл признан типовым видом для этого рода (E.
    (check this in PDF content)

  4. Start
    8424
    Prefix
    Однако в 1978 г. род Achromobacterбыл аннулирован, поскольку типовой вид Achromobacter liquefaciens, ранее представлявший этот род, был утрачен. Новый самостоятельный род Achromobacterбыл утвержден в 1981 г., и A. xylosoxidansбыл признан типовым видом для этого рода (E.Yabuuchi, I.Yano, 1981)
    Exact
    [4]
    Suffix
    . К этому времени A. xylosoxidansбыл известен как условно\nпатоген\n ный микроорганизм, устойчивый к β\nлактамам, аминогликозидам и хлоргексидинсодержащим де\n зинфектантам. Накопились данные о выделении A. xylosoxidans из крови, спинальной, перитонеаль\n ной и плевральной жидкостей, гноя, мочи, мазков из глаза, уха, зева, нестерильной дистиллированной воды и растворо
    (check this in PDF content)

  5. Start
    8835
    Prefix
    Накопились данные о выделении A. xylosoxidans из крови, спинальной, перитонеаль\n ной и плевральной жидкостей, гноя, мочи, мазков из глаза, уха, зева, нестерильной дистиллированной воды и растворов хлоргексидина
    Exact
    [4]
    Suffix
    . Однако в 1984 г. K.Kerstersи J.De Ley A. xylosoxidansбыл перемещен из самостоятельного рода в род Alcaligenes[5]. Другой известный в настоящее время вид рода Achromobacter– A. ruhlandii – был описан в 1934 г.
    (check this in PDF content)

  6. Start
    8947
    Prefix
    Накопились данные о выделении A. xylosoxidans из крови, спинальной, перитонеаль\n ной и плевральной жидкостей, гноя, мочи, мазков из глаза, уха, зева, нестерильной дистиллированной воды и растворов хлоргексидина [4]. Однако в 1984 г. K.Kerstersи J.De Ley A. xylosoxidansбыл перемещен из самостоятельного рода в род Alcaligenes
    Exact
    [5]
    Suffix
    . Другой известный в настоящее время вид рода Achromobacter– A. ruhlandii – был описан в 1934 г. A.Ruhlandи назван Knallgasbakterien; в 1955 г. пере\n именован L.Packerи W.Vishniacв Hydrogenomonas ruhlandii, в 1969 г.
    (check this in PDF content)

  7. Start
    9225
    Prefix
    Другой известный в настоящее время вид рода Achromobacter– A. ruhlandii – был описан в 1934 г. A.Ruhlandи назван Knallgasbakterien; в 1955 г. пере\n именован L.Packerи W.Vishniacв Hydrogenomonas ruhlandii, в 1969 г. D.H.Davis et al. – в Pseudomonas ruhlandii
    Exact
    [6]
    Suffix
    , а в 1977 г. M.Aragnoи H.G.Schlegelпереме\n щен в род Alcaligenes[7]. В сложностях таксономии помогли разобраться молекулярно\nгенетические методы. В 1998 г. на ос\n новании анализа последовательности гена16S rDNA и GC состава ДНК (различие между родами Achromobacterи Alcaligenesсоставило 10 %), A. xylosoxidans, A. ruhlandii, A. piechaudiiбыли перемещены в род Achromob
    (check this in PDF content)

  8. Start
    9298
    Prefix
    A.Ruhlandи назван Knallgasbakterien; в 1955 г. пере\n именован L.Packerи W.Vishniacв Hydrogenomonas ruhlandii, в 1969 г. D.H.Davis et al. – в Pseudomonas ruhlandii[6], а в 1977 г. M.Aragnoи H.G.Schlegelпереме\n щен в род Alcaligenes
    Exact
    [7]
    Suffix
    . В сложностях таксономии помогли разобраться молекулярно\nгенетические методы. В 1998 г. на ос\n новании анализа последовательности гена16S rDNA и GC состава ДНК (различие между родами Achromobacterи Alcaligenesсоставило 10 %), A. xylosoxidans, A. ruhlandii, A. piechaudiiбыли перемещены в род Achromobacter(Е.
    (check this in PDF content)

  9. Start
    9653
    Prefix
    В 1998 г. на ос\n новании анализа последовательности гена16S rDNA и GC состава ДНК (различие между родами Achromobacterи Alcaligenesсоставило 10 %), A. xylosoxidans, A. ruhlandii, A. piechaudiiбыли перемещены в род Achromobacter(Е.Yabuuchi et al., 1998)
    Exact
    [8]
    Suffix
    . Вид A. marplatensisбыл введен М.Gomila et al. в 2011 г. [9], A. dolens – Р. Vandamme et al. в 2013 г. [10], A. pulmonis – Р. Vandamme et al. в 2013 г. [11]. В настоящее время род Achromobacterнасчитыва\n ет 16 видов [12].
    (check this in PDF content)

  10. Start
    9716
    Prefix
    В 1998 г. на ос\n новании анализа последовательности гена16S rDNA и GC состава ДНК (различие между родами Achromobacterи Alcaligenesсоставило 10 %), A. xylosoxidans, A. ruhlandii, A. piechaudiiбыли перемещены в род Achromobacter(Е.Yabuuchi et al., 1998) [8]. Вид A. marplatensisбыл введен М.Gomila et al. в 2011 г.
    Exact
    [9]
    Suffix
    , A. dolens – Р. Vandamme et al. в 2013 г. [10], A. pulmonis – Р. Vandamme et al. в 2013 г. [11]. В настоящее время род Achromobacterнасчитыва\n ет 16 видов [12]. Типовые штаммы для 11 из них вы\n делены из клинических образцов.
    (check this in PDF content)

  11. Start
    9762
    Prefix
    В 1998 г. на ос\n новании анализа последовательности гена16S rDNA и GC состава ДНК (различие между родами Achromobacterи Alcaligenesсоставило 10 %), A. xylosoxidans, A. ruhlandii, A. piechaudiiбыли перемещены в род Achromobacter(Е.Yabuuchi et al., 1998) [8]. Вид A. marplatensisбыл введен М.Gomila et al. в 2011 г. [9], A. dolens – Р. Vandamme et al. в 2013 г.
    Exact
    [10]
    Suffix
    , A. pulmonis – Р. Vandamme et al. в 2013 г. [11]. В настоящее время род Achromobacterнасчитыва\n ет 16 видов [12]. Типовые штаммы для 11 из них вы\n делены из клинических образцов. Вторая причина отнесения Achromobacterк группе появляющихся микроорганизмов – сложность иден\n тификации с помощью фенотипических методов.
    (check this in PDF content)

  12. Start
    9810
    Prefix
    последовательности гена16S rDNA и GC состава ДНК (различие между родами Achromobacterи Alcaligenesсоставило 10 %), A. xylosoxidans, A. ruhlandii, A. piechaudiiбыли перемещены в род Achromobacter(Е.Yabuuchi et al., 1998) [8]. Вид A. marplatensisбыл введен М.Gomila et al. в 2011 г. [9], A. dolens – Р. Vandamme et al. в 2013 г. [10], A. pulmonis – Р. Vandamme et al. в 2013 г.
    Exact
    [11]
    Suffix
    . В настоящее время род Achromobacterнасчитыва\n ет 16 видов [12]. Типовые штаммы для 11 из них вы\n делены из клинических образцов. Вторая причина отнесения Achromobacterк группе появляющихся микроорганизмов – сложность иден\n тификации с помощью фенотипических методов.
    (check this in PDF content)

  13. Start
    9873
    Prefix
    Вид A. marplatensisбыл введен М.Gomila et al. в 2011 г. [9], A. dolens – Р. Vandamme et al. в 2013 г. [10], A. pulmonis – Р. Vandamme et al. в 2013 г. [11]. В настоящее время род Achromobacterнасчитыва\n ет 16 видов
    Exact
    [12]
    Suffix
    . Типовые штаммы для 11 из них вы\n делены из клинических образцов. Вторая причина отнесения Achromobacterк группе появляющихся микроорганизмов – сложность иден\n тификации с помощью фенотипических методов.
    (check this in PDF content)

  14. Start
    10312
    Prefix
    Особенно сложно идентифицировать ранние (48 ч) культуры; для них возможна ложная идентификация как Bordetella, Pseudomonas, Burkholderia. Увеличение времени культивирования до 72 ч снижает риск мисс\n идентификации
    Exact
    [13]
    Suffix
    . Применение методов молеку\n лярной генетики и масс\nспектрометрии способствует увеличению точности и сокращению времени иден\n тификации микроорганизмов рода Achromobacter. В целом микроорганизмы рода Achromobacter полностью отвечают определению "появляющихся".
    (check this in PDF content)

  15. Start
    10702
    Prefix
    В целом микроорганизмы рода Achromobacter полностью отвечают определению "появляющихся". В отношении больных МВ первое упоминание это\n го микроорганизма относится к 1985 г. (J.Klinger et al.)
    Exact
    [14]
    Suffix
    . Исследование изолятов, выделенных в 1981–1982 гг. от пациентов госпиталей Кливленда (США), показало, что 1,4 % пациентов с МВ в воз\n расте от нескольких дней до 43 лет были инфици\n рованы A. xylosoxidans.
    (check this in PDF content)

  16. Start
    11375
    Prefix
    Так, уже с 1995 г. в США A. xylosoxidans упоминается в отчетах Национального регистра больных МВ. Процент больных МВ, инфи\n цированных этим микроорганизмом, по данным от\n четов, возрос с 1,9 % в 1996 до 5,5 % в 2013 г.
    Exact
    [15]
    Suffix
    . В 1990\nх гг. применение молекулярно\nгенетических методов, а именно анализа фрагментов рестрикции ДНК с помощью пульс\nэлектрофореза, позволило сравнить штаммы пациентов. Если в 1995 г. в дет\n ской клинике Техаса у пациентов как с МВ, так и с иным заболеванием, подвергавшихся интуба\n ции, штаммы A. xylosoxidansбыли индивидуальны\n ми [16], то в 2001 г. в 5 и
    (check this in PDF content)

  17. Start
    11747
    Prefix
    В 1990\nх гг. применение молекулярно\nгенетических методов, а именно анализа фрагментов рестрикции ДНК с помощью пульс\nэлектрофореза, позволило сравнить штаммы пациентов. Если в 1995 г. в дет\n ской клинике Техаса у пациентов как с МВ, так и с иным заболеванием, подвергавшихся интуба\n ции, штаммы A. xylosoxidansбыли индивидуальны\n ми
    Exact
    [16]
    Suffix
    , то в 2001 г. в 5 из 7 центров для больных МВ были выявлены пары пациентов с одинаковыми, по данным пульс\nэлектрофореза, штаммами A. xylosoxidans[17]. При решении вопроса дифференциации штаммов A. xylosoxidans стало очевидным, что и дру\n гие виды рода участвуют в инфицировании пациен\n тов.
    (check this in PDF content)

  18. Start
    11897
    Prefix
    Если в 1995 г. в дет\n ской клинике Техаса у пациентов как с МВ, так и с иным заболеванием, подвергавшихся интуба\n ции, штаммы A. xylosoxidansбыли индивидуальны\n ми [16], то в 2001 г. в 5 из 7 центров для больных МВ были выявлены пары пациентов с одинаковыми, по данным пульс\nэлектрофореза, штаммами A. xylosoxidans
    Exact
    [17]
    Suffix
    . При решении вопроса дифференциации штаммов A. xylosoxidans стало очевидным, что и дру\n гие виды рода участвуют в инфицировании пациен\n тов. Появилась потребность в подходе, различаю\n щем столь близкородственные виды.
    (check this in PDF content)

  19. Start
    12941
    Prefix
    Передовая статья сотрудниками Гентского (Бельгия) и Мичиганского (США) университетов была опубликована схема мультилокусного секвенирования (Multi Locus Sequence Typing, MLST) для Achromobacter spp.
    Exact
    [18]
    Suffix
    . Видовая идентификация представителей рода Achromobacterпреимущественно основывалась на после\n довательности фрагмента 765 п. н. генаnrdA. Приме\n нение MLST при анализе штаммов 341 пациента с МВ в США позволило установить состав предста\n вителей рода Achromobacter, инфицирующих дыха\n тельные пути больных МВ в этой стране.
    (check this in PDF content)

  20. Start
    13474
    Prefix
    Приме\n нение MLST при анализе штаммов 341 пациента с МВ в США позволило установить состав предста\n вителей рода Achromobacter, инфицирующих дыха\n тельные пути больных МВ в этой стране. A. xylosoxidans составил 42,0 %, A. ruhlandii – 23,5 %, новая геногруппа – 14,0–17,0 %, 11 остальных видов и ге\n ногрупп – 17,5 %. Вид A. marplatensisидентифициро\n ван не был
    Exact
    [19]
    Suffix
    . Применение схемы MLST способ\n ствовало выявлению штаммов новых генотипов (sequence type, ST), часть из которых зарегистриро\n ваны как новые виды [10, 11]. В настоящее время в базе данных Achromobacter MLST [20] представлены 15 видов, за исключением самого последнего по времени регистрации – A. sediminum[21].
    (check this in PDF content)

  21. Start
    13637
    Prefix
    Вид A. marplatensisидентифициро\n ван не был [19]. Применение схемы MLST способ\n ствовало выявлению штаммов новых генотипов (sequence type, ST), часть из которых зарегистриро\n ваны как новые виды
    Exact
    [10, 11]
    Suffix
    . В настоящее время в базе данных Achromobacter MLST [20] представлены 15 видов, за исключением самого последнего по времени регистрации – A. sediminum[21]. Помимо известных видов в базе данных есть кандидаты в новые виды, названные пока "other" и / или по номеру геномной группы (genogroup): 1, 3, 8, 9, 12, 13, 16–20; Из изолятов базы 94,1 % выделе\n ны от больных МВ (76,5 %
    (check this in PDF content)

  22. Start
    13703
    Prefix
    Применение схемы MLST способ\n ствовало выявлению штаммов новых генотипов (sequence type, ST), часть из которых зарегистриро\n ваны как новые виды [10, 11]. В настоящее время в базе данных Achromobacter MLST
    Exact
    [20]
    Suffix
    представлены 15 видов, за исключением самого последнего по времени регистрации – A. sediminum[21]. Помимо известных видов в базе данных есть кандидаты в новые виды, названные пока "other" и / или по номеру геномной группы (genogroup): 1, 3, 8, 9, 12, 13, 16–20; Из изолятов базы 94,1 % выделе\n ны от больных МВ (76,5 %) и от пациентов с дру\n гими (не\nМВ) заболеваниями (17,
    (check this in PDF content)

  23. Start
    13806
    Prefix
    Применение схемы MLST способ\n ствовало выявлению штаммов новых генотипов (sequence type, ST), часть из которых зарегистриро\n ваны как новые виды [10, 11]. В настоящее время в базе данных Achromobacter MLST [20] представлены 15 видов, за исключением самого последнего по времени регистрации – A. sediminum
    Exact
    [21]
    Suffix
    . Помимо известных видов в базе данных есть кандидаты в новые виды, названные пока "other" и / или по номеру геномной группы (genogroup): 1, 3, 8, 9, 12, 13, 16–20; Из изолятов базы 94,1 % выделе\n ны от больных МВ (76,5 %) и от пациентов с дру\n гими (не\nМВ) заболеваниями (17,6 %).
    (check this in PDF content)

  24. Start
    15271
    Prefix
    Если в США внимание к A. xylosoxidans у боль\n ных МВ было связано с тем, что, по наблюдениям врачей в 1990\nх гг., колонизация дыхательных путей пациентов A. xylosoxidans сопровождалась обостре\n нием легочной симптоматики
    Exact
    [16]
    Suffix
    , то в Великобри\n тании врачи не отмечали существенного ухудшения функции легких при хронической колонизации A. xylosoxidans[22]. Возможно, поэтому данные об Achromobacterотсутствуют в ежегодном отчете Евро\n пейского регистра больных МВ и в отчетах Нацио\n нальных регистров Великобритании, Бельгии, Гер\n мании.
    (check this in PDF content)

  25. Start
    15402
    Prefix
    Если в США внимание к A. xylosoxidans у боль\n ных МВ было связано с тем, что, по наблюдениям врачей в 1990\nх гг., колонизация дыхательных путей пациентов A. xylosoxidans сопровождалась обостре\n нием легочной симптоматики [16], то в Великобри\n тании врачи не отмечали существенного ухудшения функции легких при хронической колонизации A. xylosoxidans
    Exact
    [22]
    Suffix
    . Возможно, поэтому данные об Achromobacterотсутствуют в ежегодном отчете Евро\n пейского регистра больных МВ и в отчетах Нацио\n нальных регистров Великобритании, Бельгии, Гер\n мании. Однако во Франции A. xylosoxidansвходит в список регистрируемых микроорганизмов.
    (check this in PDF content)

  26. Start
    15813
    Prefix
    Однако во Франции A. xylosoxidansвходит в список регистрируемых микроорганизмов. В еже\n годном отчете Национального регистра в 2013 г. от\n мечен рост инфицирования A. xylosoxidansдо 5,7 % (с 2,7 % в 2001 г.)
    Exact
    [23]
    Suffix
    . В то же время, по данным публикаций, во Франции отмечен рост инфици\n рования A. xylosoxidansдыхательных путей боль\n ных МВ с 6,7 % в 1994–1995 гг. [24] до 13,7 % в 2010 г. [25].
    (check this in PDF content)

  27. Start
    15987
    Prefix
    В еже\n годном отчете Национального регистра в 2013 г. от\n мечен рост инфицирования A. xylosoxidansдо 5,7 % (с 2,7 % в 2001 г.) [23]. В то же время, по данным публикаций, во Франции отмечен рост инфици\n рования A. xylosoxidansдыхательных путей боль\n ных МВ с 6,7 % в 1994–1995 гг.
    Exact
    [24]
    Suffix
    до 13,7 % в 2010 г. [25]. О росте инфицирования Achromobacter spp. свидетельствуют данные и других стран. На\n пример, в Италии в 2004–2007 гг. выявлено 8,8 % инфицированных [26], в выборке 2008–2010 гг. – 16,0 % [27], 2004–2008 гг. – 17,6 % [28].
    (check this in PDF content)

  28. Start
    16015
    Prefix
    В еже\n годном отчете Национального регистра в 2013 г. от\n мечен рост инфицирования A. xylosoxidansдо 5,7 % (с 2,7 % в 2001 г.) [23]. В то же время, по данным публикаций, во Франции отмечен рост инфици\n рования A. xylosoxidansдыхательных путей боль\n ных МВ с 6,7 % в 1994–1995 гг. [24] до 13,7 % в 2010 г.
    Exact
    [25]
    Suffix
    . О росте инфицирования Achromobacter spp. свидетельствуют данные и других стран. На\n пример, в Италии в 2004–2007 гг. выявлено 8,8 % инфицированных [26], в выборке 2008–2010 гг. – 16,0 % [27], 2004–2008 гг. – 17,6 % [28].
    (check this in PDF content)

  29. Start
    16187
    Prefix
    В то же время, по данным публикаций, во Франции отмечен рост инфици\n рования A. xylosoxidansдыхательных путей боль\n ных МВ с 6,7 % в 1994–1995 гг. [24] до 13,7 % в 2010 г. [25]. О росте инфицирования Achromobacter spp. свидетельствуют данные и других стран. На\n пример, в Италии в 2004–2007 гг. выявлено 8,8 % инфицированных
    Exact
    [26]
    Suffix
    , в выборке 2008–2010 гг. – 16,0 % [27], 2004–2008 гг. – 17,6 % [28]. В Дании отмечен рост с 5,2 % в 2000 до 11,4 % в 2011 [29]. В Германии уже в 2000 г. доля инфицированных составила 7,5 % [30], тогда как в Испании их доля оказалась ниже всех остальных стран Европы и в выборке 2002–2012 гг. составила 5,6 % [31], в то же время в Греции в 2004
    (check this in PDF content)

  30. Start
    16232
    Prefix
    О росте инфицирования Achromobacter spp. свидетельствуют данные и других стран. На\n пример, в Италии в 2004–2007 гг. выявлено 8,8 % инфицированных [26], в выборке 2008–2010 гг. – 16,0 %
    Exact
    [27]
    Suffix
    , 2004–2008 гг. – 17,6 % [28]. В Дании отмечен рост с 5,2 % в 2000 до 11,4 % в 2011 [29]. В Германии уже в 2000 г. доля инфицированных составила 7,5 % [30], тогда как в Испании их доля оказалась ниже всех остальных стран Европы и в выборке 2002–2012 гг. составила 5,6 % [31], в то же время в Греции в 2004 г. доля была самой вы\n сокой – 12,7 %
    (check this in PDF content)

  31. Start
    16267
    Prefix
    О росте инфицирования Achromobacter spp. свидетельствуют данные и других стран. На\n пример, в Италии в 2004–2007 гг. выявлено 8,8 % инфицированных [26], в выборке 2008–2010 гг. – 16,0 % [27], 2004–2008 гг. – 17,6 %
    Exact
    [28]
    Suffix
    . В Дании отмечен рост с 5,2 % в 2000 до 11,4 % в 2011 [29]. В Германии уже в 2000 г. доля инфицированных составила 7,5 % [30], тогда как в Испании их доля оказалась ниже всех остальных стран Европы и в выборке 2002–2012 гг. составила 5,6 % [31], в то же время в Греции в 2004 г. доля была самой вы\n сокой – 12,7 % [32].
    (check this in PDF content)

  32. Start
    16338
    Prefix
    На\n пример, в Италии в 2004–2007 гг. выявлено 8,8 % инфицированных [26], в выборке 2008–2010 гг. – 16,0 % [27], 2004–2008 гг. – 17,6 % [28]. В Дании отмечен рост с 5,2 % в 2000 до 11,4 % в 2011
    Exact
    [29]
    Suffix
    . В Германии уже в 2000 г. доля инфицированных составила 7,5 % [30], тогда как в Испании их доля оказалась ниже всех остальных стран Европы и в выборке 2002–2012 гг. составила 5,6 % [31], в то же время в Греции в 2004 г. доля была самой вы\n сокой – 12,7 % [32].
    (check this in PDF content)

  33. Start
    16411
    Prefix
    На\n пример, в Италии в 2004–2007 гг. выявлено 8,8 % инфицированных [26], в выборке 2008–2010 гг. – 16,0 % [27], 2004–2008 гг. – 17,6 % [28]. В Дании отмечен рост с 5,2 % в 2000 до 11,4 % в 2011 [29]. В Германии уже в 2000 г. доля инфицированных составила 7,5 %
    Exact
    [30]
    Suffix
    , тогда как в Испании их доля оказалась ниже всех остальных стран Европы и в выборке 2002–2012 гг. составила 5,6 % [31], в то же время в Греции в 2004 г. доля была самой вы\n сокой – 12,7 % [32].
    (check this in PDF content)

  34. Start
    16544
    Prefix
    В Германии уже в 2000 г. доля инфицированных составила 7,5 % [30], тогда как в Испании их доля оказалась ниже всех остальных стран Европы и в выборке 2002–2012 гг. составила 5,6 %
    Exact
    [31]
    Suffix
    , в то же время в Греции в 2004 г. доля была самой вы\n сокой – 12,7 % [32]. Однако в 2007 г. показатель инфицирования в Бельгии превысил все остальные страны Европы – 17,9 % [33]. Проведенный в последние годы в странах Юж\n ной Америки ретроспективный анализ образцов от пациентов с МВ также выявил инфицирование Achromobacter spp.
    (check this in PDF content)

  35. Start
    16631
    Prefix
    В Германии уже в 2000 г. доля инфицированных составила 7,5 % [30], тогда как в Испании их доля оказалась ниже всех остальных стран Европы и в выборке 2002–2012 гг. составила 5,6 % [31], в то же время в Греции в 2004 г. доля была самой вы\n сокой – 12,7 %
    Exact
    [32]
    Suffix
    . Однако в 2007 г. показатель инфицирования в Бельгии превысил все остальные страны Европы – 17,9 % [33]. Проведенный в последние годы в странах Юж\n ной Америки ретроспективный анализ образцов от пациентов с МВ также выявил инфицирование Achromobacter spp.
    (check this in PDF content)

  36. Start
    16737
    Prefix
    Германии уже в 2000 г. доля инфицированных составила 7,5 % [30], тогда как в Испании их доля оказалась ниже всех остальных стран Европы и в выборке 2002–2012 гг. составила 5,6 % [31], в то же время в Греции в 2004 г. доля была самой вы\n сокой – 12,7 % [32]. Однако в 2007 г. показатель инфицирования в Бельгии превысил все остальные страны Европы – 17,9 %
    Exact
    [33]
    Suffix
    . Проведенный в последние годы в странах Юж\n ной Америки ретроспективный анализ образцов от пациентов с МВ также выявил инфицирование Achromobacter spp.В Аргентине доля Achromobacter spp. среди неферментирующих грамотрицательных бак\n терий, за исключением Acinetobacter baumanii и Pseudomonas aeruginosa,составляла 6,6 % [34], т. е. среди всех микроорганизмов, инфицирую
    (check this in PDF content)

  37. Start
    17082
    Prefix
    Проведенный в последние годы в странах Юж\n ной Америки ретроспективный анализ образцов от пациентов с МВ также выявил инфицирование Achromobacter spp.В Аргентине доля Achromobacter spp. среди неферментирующих грамотрицательных бак\n терий, за исключением Acinetobacter baumanii и Pseudomonas aeruginosa,составляла 6,6 %
    Exact
    [34]
    Suffix
    , т. е. среди всех микроорганизмов, инфицирующих дыхатель\n ные пути больных МВ, доля Achromobacter spp. ниже, чем в других странах. Самый высокий показатель по инфицированию A. xylosoxidansотмечен в Бра\n зилии – 21,0 %, причем основной вклад вносят па\n циенты детского возраста, среди них инфицирован\n ных – 23,9 %, а среди взрослых (18 лет и старше) – 16,3 % [3
    (check this in PDF content)

  38. Start
    17476
    Prefix
    Самый высокий показатель по инфицированию A. xylosoxidansотмечен в Бра\n зилии – 21,0 %, причем основной вклад вносят па\n циенты детского возраста, среди них инфицирован\n ных – 23,9 %, а среди взрослых (18 лет и старше) – 16,3 %
    Exact
    [35]
    Suffix
    . Видовая идентификация Achromobacter spp. пока упоминается в небольшом числе исследований. Во Франции в Центре МВ университетской клиники в Монпелье среди 3 выявленных видов: A. xylosoxidans, A. dolens, A. insuavis, первый составил 77 % [36].
    (check this in PDF content)

  39. Start
    17736
    Prefix
    Видовая идентификация Achromobacter spp. пока упоминается в небольшом числе исследований. Во Франции в Центре МВ университетской клиники в Монпелье среди 3 выявленных видов: A. xylosoxidans, A. dolens, A. insuavis, первый составил 77 %
    Exact
    [36]
    Suffix
    . В Аргентине 82 % изолятов были идентифициро\n ваны как A. xylosoxidans, 18 % – A. ruhlandii(ST43 и ST148) [37]. В Дании A. xylosoxidans составил 38 % всех изолятов,A. insolitusи A. ruhlandiiбыли пред\n ставлены единичными штаммами [29].
    (check this in PDF content)

  40. Start
    17860
    Prefix
    Во Франции в Центре МВ университетской клиники в Монпелье среди 3 выявленных видов: A. xylosoxidans, A. dolens, A. insuavis, первый составил 77 % [36]. В Аргентине 82 % изолятов были идентифициро\n ваны как A. xylosoxidans, 18 % – A. ruhlandii(ST43 и ST148)
    Exact
    [37]
    Suffix
    . В Дании A. xylosoxidans составил 38 % всех изолятов,A. insolitusи A. ruhlandiiбыли пред\n ставлены единичными штаммами [29]. В Испании у изолятов Achromobacter spp.также преобладал A. xylosoxidans(71,4 %), но были выявлены также представители геномных групп 2a, 2b, 7, 14, 17 [31].
    (check this in PDF content)

  41. Start
    17997
    Prefix
    В Аргентине 82 % изолятов были идентифициро\n ваны как A. xylosoxidans, 18 % – A. ruhlandii(ST43 и ST148) [37]. В Дании A. xylosoxidans составил 38 % всех изолятов,A. insolitusи A. ruhlandiiбыли пред\n ставлены единичными штаммами
    Exact
    [29]
    Suffix
    . В Испании у изолятов Achromobacter spp.также преобладал A. xylosoxidans(71,4 %), но были выявлены также представители геномных групп 2a, 2b, 7, 14, 17 [31]. Контроль за Achromobacter spp. позволил зафикси\n ровать внутрибольничные вспышки инфекции, вы\n званной этим микроорганизмом: в Греции в 2004 г. [32], в Италии в 2008–2010 [27], в Бельгии в 2007 (у 9 из 13 пациентов геноти
    (check this in PDF content)

  42. Start
    18165
    Prefix
    В Дании A. xylosoxidans составил 38 % всех изолятов,A. insolitusи A. ruhlandiiбыли пред\n ставлены единичными штаммами [29]. В Испании у изолятов Achromobacter spp.также преобладал A. xylosoxidans(71,4 %), но были выявлены также представители геномных групп 2a, 2b, 7, 14, 17
    Exact
    [31]
    Suffix
    . Контроль за Achromobacter spp. позволил зафикси\n ровать внутрибольничные вспышки инфекции, вы\n званной этим микроорганизмом: в Греции в 2004 г. [32], в Италии в 2008–2010 [27], в Бельгии в 2007 (у 9 из 13 пациентов генотип штаммаA. xylosoxidans был одина\n ковым) [33], в Дании в 2005–2009 гг. [38].
    (check this in PDF content)

  43. Start
    18318
    Prefix
    В Испании у изолятов Achromobacter spp.также преобладал A. xylosoxidans(71,4 %), но были выявлены также представители геномных групп 2a, 2b, 7, 14, 17 [31]. Контроль за Achromobacter spp. позволил зафикси\n ровать внутрибольничные вспышки инфекции, вы\n званной этим микроорганизмом: в Греции в 2004 г.
    Exact
    [32]
    Suffix
    , в Италии в 2008–2010 [27], в Бельгии в 2007 (у 9 из 13 пациентов генотип штаммаA. xylosoxidans был одина\n ковым) [33], в Дании в 2005–2009 гг. [38]. Вспышка в Дании заслуживает особого внима\n ния, поскольку ее расследование показало, что ин\n фицированы были пациенты 2 центров МВ: в Ко\n пенгагене и Орхусе.
    (check this in PDF content)

  44. Start
    18344
    Prefix
    В Испании у изолятов Achromobacter spp.также преобладал A. xylosoxidans(71,4 %), но были выявлены также представители геномных групп 2a, 2b, 7, 14, 17 [31]. Контроль за Achromobacter spp. позволил зафикси\n ровать внутрибольничные вспышки инфекции, вы\n званной этим микроорганизмом: в Греции в 2004 г. [32], в Италии в 2008–2010
    Exact
    [27]
    Suffix
    , в Бельгии в 2007 (у 9 из 13 пациентов генотип штаммаA. xylosoxidans был одина\n ковым) [33], в Дании в 2005–2009 гг. [38]. Вспышка в Дании заслуживает особого внима\n ния, поскольку ее расследование показало, что ин\n фицированы были пациенты 2 центров МВ: в Ко\n пенгагене и Орхусе.
    (check this in PDF content)

  45. Start
    18435
    Prefix
    Контроль за Achromobacter spp. позволил зафикси\n ровать внутрибольничные вспышки инфекции, вы\n званной этим микроорганизмом: в Греции в 2004 г. [32], в Италии в 2008–2010 [27], в Бельгии в 2007 (у 9 из 13 пациентов генотип штаммаA. xylosoxidans был одина\n ковым)
    Exact
    [33]
    Suffix
    , в Дании в 2005–2009 гг. [38]. Вспышка в Дании заслуживает особого внима\n ния, поскольку ее расследование показало, что ин\n фицированы были пациенты 2 центров МВ: в Ко\n пенгагене и Орхусе.
    (check this in PDF content)

  46. Start
    18465
    Prefix
    Контроль за Achromobacter spp. позволил зафикси\n ровать внутрибольничные вспышки инфекции, вы\n званной этим микроорганизмом: в Греции в 2004 г. [32], в Италии в 2008–2010 [27], в Бельгии в 2007 (у 9 из 13 пациентов генотип штаммаA. xylosoxidans был одина\n ковым) [33], в Дании в 2005–2009 гг.
    Exact
    [38]
    Suffix
    . Вспышка в Дании заслуживает особого внима\n ния, поскольку ее расследование показало, что ин\n фицированы были пациенты 2 центров МВ: в Ко\n пенгагене и Орхусе. Выделенный штамм получил название "датского эпидемического" (Danish epide\n mic strain, DES) и зарегистрирован какA. ruhlandii A83/DSM25711.
    (check this in PDF content)

  47. Start
    19174
    Prefix
    Политика изоляции инфицирован\n ных пациентов дала свои результаты в клиниках, но из\nза социальных контактов между инфицирован\n ными и неинфицированными больными МВ рас\n пространение DES продолжалось и в 2011 г.
    Exact
    [39]
    Suffix
    . Таким образом, можно говорить о трансмиссив\n ности определенных штаммов Achromobacter spp., о чем, прежде всего, свидетельствовали данные об идентичности штаммов, выделенных от сиблин\n гов [13, 35].
    (check this in PDF content)

  48. Start
    19384
    Prefix
    Таким образом, можно говорить о трансмиссив\n ности определенных штаммов Achromobacter spp., о чем, прежде всего, свидетельствовали данные об идентичности штаммов, выделенных от сиблин\n гов
    Exact
    [13, 35]
    Suffix
    . Следующим доказательством трансмис\n сивности является выделение штаммов одинаковых генотипов от больных МВ и не\nМВ. Например, в Ис\n пании, в клинике Мадрида, штаммы A. xylosoxidans (ST27) и геномной группы 7 (ST152) были выделены в обеих группах пациентов [31].
    (check this in PDF content)

  49. Start
    19658
    Prefix
    Следующим доказательством трансмис\n сивности является выделение штаммов одинаковых генотипов от больных МВ и не\nМВ. Например, в Ис\n пании, в клинике Мадрида, штаммы A. xylosoxidans (ST27) и геномной группы 7 (ST152) были выделены в обеих группах пациентов
    Exact
    [31]
    Suffix
    . Следует отметить, что в последние годы особое опасение вызывает увеличение случаев инфициро\n вания Achromobacter spp.также пациентов с синдро\n мом Картагенера [27] и бронхоэктазами [40].
    (check this in PDF content)

  50. Start
    19835
    Prefix
    Например, в Ис\n пании, в клинике Мадрида, штаммы A. xylosoxidans (ST27) и геномной группы 7 (ST152) были выделены в обеих группах пациентов [31]. Следует отметить, что в последние годы особое опасение вызывает увеличение случаев инфициро\n вания Achromobacter spp.также пациентов с синдро\n мом Картагенера
    Exact
    [27]
    Suffix
    и бронхоэктазами [40]. Отдельного внимания заслуживает ситуация с ин\n фицированием Achromobacter spp. трансплантирован\n ных легких. Исследования в Университете Северной Каролины (США), включавшие 186 пациентов, про\n оперированных с 1999 по 2013 гг., показали, что в случае инфицирования собственных легких паци\n ента штаммами Achromobacter spp., устойчивыми ко всему ряду антиб
    (check this in PDF content)

  51. Start
    19857
    Prefix
    Например, в Ис\n пании, в клинике Мадрида, штаммы A. xylosoxidans (ST27) и геномной группы 7 (ST152) были выделены в обеих группах пациентов [31]. Следует отметить, что в последние годы особое опасение вызывает увеличение случаев инфициро\n вания Achromobacter spp.также пациентов с синдро\n мом Картагенера [27] и бронхоэктазами
    Exact
    [40]
    Suffix
    . Отдельного внимания заслуживает ситуация с ин\n фицированием Achromobacter spp. трансплантирован\n ных легких. Исследования в Университете Северной Каролины (США), включавшие 186 пациентов, про\n оперированных с 1999 по 2013 гг., показали, что в случае инфицирования собственных легких паци\n ента штаммами Achromobacter spp., устойчивыми ко всему ряду антибиотиков (т. н. панр
    (check this in PDF content)

  52. Start
    20528
    Prefix
    легких паци\n ента штаммами Achromobacter spp., устойчивыми ко всему ряду антибиотиков (т. н. панрезистентными), в 100 % случаев наблюдался рецидив инфекции и в новых легких. Если штаммы пациентов характе\n ризовались МЛУ, рецидив отмечали в 33 % случаев. Эти показатели существенно выше, чем для Stenotrophomonas maltophilia(20 % – панрезистентные; 46 % – с МЛУ)
    Exact
    [41]
    Suffix
    . Устойчивость Achromobacter spp. к антимикроб\n ным препаратам обращала на себя внимание с мо\n мента выделения первого штамма [3]. Исследования ферментов – β\nлактамаз, выделенных из штаммов Achromobacter, начались в 1980\nе гг. [42], однако ге\n ны, кодирующие эти белки, были проанализирова\n ны только в 2008 г. [43] дляA. xylosoxidans, в 2011 г. – для A. ruhlandii [3
    (check this in PDF content)

  53. Start
    20667
    Prefix
    Эти показатели существенно выше, чем для Stenotrophomonas maltophilia(20 % – панрезистентные; 46 % – с МЛУ) [41]. Устойчивость Achromobacter spp. к антимикроб\n ным препаратам обращала на себя внимание с мо\n мента выделения первого штамма
    Exact
    [3]
    Suffix
    . Исследования ферментов – β\nлактамаз, выделенных из штаммов Achromobacter, начались в 1980\nе гг. [42], однако ге\n ны, кодирующие эти белки, были проанализирова\n ны только в 2008 г. [43] дляA. xylosoxidans, в 2011 г. – для A. ruhlandii [37], в 2014 г. – для A. dolens и A. insuavis[34].
    (check this in PDF content)

  54. Start
    20778
    Prefix
    Устойчивость Achromobacter spp. к антимикроб\n ным препаратам обращала на себя внимание с мо\n мента выделения первого штамма [3]. Исследования ферментов – β\nлактамаз, выделенных из штаммов Achromobacter, начались в 1980\nе гг.
    Exact
    [42]
    Suffix
    , однако ге\n ны, кодирующие эти белки, были проанализирова\n ны только в 2008 г. [43] дляA. xylosoxidans, в 2011 г. – для A. ruhlandii [37], в 2014 г. – для A. dolens и A. insuavis[34]. Особый интерес вызвали оксациллиназы – β\nлактамазы класса D.
    (check this in PDF content)

  55. Start
    20869
    Prefix
    Исследования ферментов – β\nлактамаз, выделенных из штаммов Achromobacter, начались в 1980\nе гг. [42], однако ге\n ны, кодирующие эти белки, были проанализирова\n ны только в 2008 г.
    Exact
    [43]
    Suffix
    дляA. xylosoxidans, в 2011 г. – для A. ruhlandii [37], в 2014 г. – для A. dolens и A. insuavis[34]. Особый интерес вызвали оксациллиназы – β\nлактамазы класса D. Гены blaOXA, кодирующие оксациллиназы, различаются у γ\n и β\nProteobacteria, а также позволяют отличать род Achromobacterот рода Burkholderiaи некоторые виды внутри рода Achromobacter.
    (check this in PDF content)

  56. Start
    20922
    Prefix
    Исследования ферментов – β\nлактамаз, выделенных из штаммов Achromobacter, начались в 1980\nе гг. [42], однако ге\n ны, кодирующие эти белки, были проанализирова\n ны только в 2008 г. [43] дляA. xylosoxidans, в 2011 г. – для A. ruhlandii
    Exact
    [37]
    Suffix
    , в 2014 г. – для A. dolens и A. insuavis[34]. Особый интерес вызвали оксациллиназы – β\nлактамазы класса D. Гены blaOXA, кодирующие оксациллиназы, различаются у γ\n и β\nProteobacteria, а также позволяют отличать род Achromobacterот рода Burkholderiaи некоторые виды внутри рода Achromobacter.
    (check this in PDF content)

  57. Start
    20968
    Prefix
    Исследования ферментов – β\nлактамаз, выделенных из штаммов Achromobacter, начались в 1980\nе гг. [42], однако ге\n ны, кодирующие эти белки, были проанализирова\n ны только в 2008 г. [43] дляA. xylosoxidans, в 2011 г. – для A. ruhlandii [37], в 2014 г. – для A. dolens и A. insuavis
    Exact
    [34]
    Suffix
    . Особый интерес вызвали оксациллиназы – β\nлактамазы класса D. Гены blaOXA, кодирующие оксациллиназы, различаются у γ\n и β\nProteobacteria, а также позволяют отличать род Achromobacterот рода Burkholderiaи некоторые виды внутри рода Achromobacter.
    (check this in PDF content)

  58. Start
    21561
    Prefix
    Например, аминокислотная последо\n вательность оксациллиназы OXA\n114 A. xylosoxidans имеет 37 % сходства с OXA\n9 Klebsiella pneumoniae и OXA\n18 Pseudomonas aeruginosa; 50 % сходства с OXA Burkholderia cenocepaciaи Delftia acidovorans (семейство Comamonadaceae также в порядке Bur\n kholderiales)
    Exact
    [43]
    Suffix
    ; 85 % сходства с OXA\n258 A. ruhlandii [37]. Сходство между OXA\n243aA. insuavisи OXA\n 364A. dolens составляет 90 % [34]. Таким образом, геныblaOXAне только служат маркерами устойчи\n вости к антимикробным препаратам, но и позволя\n ют дифференцировать Burkholderiaи Achromobacter.
    (check this in PDF content)

  59. Start
    21606
    Prefix
    Например, аминокислотная последо\n вательность оксациллиназы OXA\n114 A. xylosoxidans имеет 37 % сходства с OXA\n9 Klebsiella pneumoniae и OXA\n18 Pseudomonas aeruginosa; 50 % сходства с OXA Burkholderia cenocepaciaи Delftia acidovorans (семейство Comamonadaceae также в порядке Bur\n kholderiales) [43]; 85 % сходства с OXA\n258 A. ruhlandii
    Exact
    [37]
    Suffix
    . Сходство между OXA\n243aA. insuavisи OXA\n 364A. dolens составляет 90 % [34]. Таким образом, геныblaOXAне только служат маркерами устойчи\n вости к антимикробным препаратам, но и позволя\n ют дифференцировать Burkholderiaи Achromobacter.
    (check this in PDF content)

  60. Start
    21688
    Prefix
    OXA\n114 A. xylosoxidans имеет 37 % сходства с OXA\n9 Klebsiella pneumoniae и OXA\n18 Pseudomonas aeruginosa; 50 % сходства с OXA Burkholderia cenocepaciaи Delftia acidovorans (семейство Comamonadaceae также в порядке Bur\n kholderiales) [43]; 85 % сходства с OXA\n258 A. ruhlandii [37]. Сходство между OXA\n243aA. insuavisи OXA\n 364A. dolens составляет 90 %
    Exact
    [34]
    Suffix
    . Таким образом, геныblaOXAне только служат маркерами устойчи\n вости к антимикробным препаратам, но и позволя\n ют дифференцировать Burkholderiaи Achromobacter. В России выявление Achromobacter spp. с помо\n щью молекулярно\nгенетических методов началось в конце 2012 г., когда уже был накоплен опыт ана\n лиза Burkholderia cepacia complex(Bcc) с помощью MLST [44]
    (check this in PDF content)

  61. Start
    22080
    Prefix
    В России выявление Achromobacter spp. с помо\n щью молекулярно\nгенетических методов началось в конце 2012 г., когда уже был накоплен опыт ана\n лиза Burkholderia cepacia complex(Bcc) с помощью MLST
    Exact
    [44]
    Suffix
    . МишениrecAи gltBстали ключевыми в дифференциальной диагностике Achromobacter spp. и Bcc [45]. Анализ последовательностей фрагмента gltB Achromobacter spp., амплифицируемого с прайме\n рами схемы MLST для Bcc, показал, что эта мишень позволяет различать генотипы Achromobacter spp., ко\n торых в середине 2014 г. было выявлено уже 15 [46].
    (check this in PDF content)

  62. Start
    22176
    Prefix
    В России выявление Achromobacter spp. с помо\n щью молекулярно\nгенетических методов началось в конце 2012 г., когда уже был накоплен опыт ана\n лиза Burkholderia cepacia complex(Bcc) с помощью MLST [44]. МишениrecAи gltBстали ключевыми в дифференциальной диагностике Achromobacter spp. и Bcc
    Exact
    [45]
    Suffix
    . Анализ последовательностей фрагмента gltB Achromobacter spp., амплифицируемого с прайме\n рами схемы MLST для Bcc, показал, что эта мишень позволяет различать генотипы Achromobacter spp., ко\n торых в середине 2014 г. было выявлено уже 15 [46].
    (check this in PDF content)

  63. Start
    22429
    Prefix
    Анализ последовательностей фрагмента gltB Achromobacter spp., амплифицируемого с прайме\n рами схемы MLST для Bcc, показал, что эта мишень позволяет различать генотипы Achromobacter spp., ко\n торых в середине 2014 г. было выявлено уже 15
    Exact
    [46]
    Suffix
    . Накопление данных о генотипах Achromobacter spp. позволило заключить, что 2 генотипа чаще всего встречаются у больных МВ. Однако полученные на\n ми данные необходимо было включить в междуна\n родный контекст, согласно новой схеме MLST для Achromobacter spp.
    (check this in PDF content)

  64. Start
    26035
    Prefix
    Чувствительность к антибиотикам у выделен\n ных микроорганизмов определяли на анализаторе VITEK 2 Compact (bioMerieux, Франция) и диско\n диффузионным методом на среде Мюллера–Хинто\n на. Минимальную подавляющую концентрацию ме\n ропенема и имипенема определяли с помощью Е\nтестов (BioMerieux). Результаты интерпретировали согласно стандартам МУК 4.2 1890\n04
    Exact
    [47]
    Suffix
    , а также по критериям EUCAST 2014 (The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) [48]. Выделение ДНК.Лизис клеток культур микроорга\n низмов проводили, как описано ранее [44].
    (check this in PDF content)

  65. Start
    26139
    Prefix
    Минимальную подавляющую концентрацию ме\n ропенема и имипенема определяли с помощью Е\nтестов (BioMerieux). Результаты интерпретировали согласно стандартам МУК 4.2 1890\n04 [47], а также по критериям EUCAST 2014 (The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing)
    Exact
    [48]
    Suffix
    . Выделение ДНК.Лизис клеток культур микроорга\n низмов проводили, как описано ранее [44]. ДНК из образцов мокроты и аспирата больных МВ выделяли согласно инструкции к набору реактивов The Max\n well 16 Tissue DNA Purification Kit на приборе Maxwell MDX Instrument (Promega, США).
    (check this in PDF content)

  66. Start
    26235
    Prefix
    Результаты интерпретировали согласно стандартам МУК 4.2 1890\n04 [47], а также по критериям EUCAST 2014 (The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) [48]. Выделение ДНК.Лизис клеток культур микроорга\n низмов проводили, как описано ранее
    Exact
    [44]
    Suffix
    . ДНК из образцов мокроты и аспирата больных МВ выделяли согласно инструкции к набору реактивов The Max\n well 16 Tissue DNA Purification Kit на приборе Maxwell MDX Instrument (Promega, США).
    (check this in PDF content)

  67. Start
    26589
    Prefix
    ДНК из образцов мокроты и аспирата больных МВ выделяли согласно инструкции к набору реактивов The Max\n well 16 Tissue DNA Purification Kit на приборе Maxwell MDX Instrument (Promega, США). Идентификацию микроорганизмовв биологическом образце проводили на основе амплификации и сек\n венирования фрагментов генов 16S rDNA
    Exact
    [46]
    Suffix
    ,tuf (фактора элонгации) [49]. Для идентификации пред\n ставителей порядка Burkholderiales использовали ге\n ны gltB, gyrB, проводя амплификацию и секвениро\n вание ДНК с праймерами, предложенными для MLST Bcc [50] по методике с нашими модификаци\n ями [44].
    (check this in PDF content)

  68. Start
    26617
    Prefix
    ДНК из образцов мокроты и аспирата больных МВ выделяли согласно инструкции к набору реактивов The Max\n well 16 Tissue DNA Purification Kit на приборе Maxwell MDX Instrument (Promega, США). Идентификацию микроорганизмовв биологическом образце проводили на основе амплификации и сек\n венирования фрагментов генов 16S rDNA[46],tuf (фактора элонгации)
    Exact
    [49]
    Suffix
    . Для идентификации пред\n ставителей порядка Burkholderiales использовали ге\n ны gltB, gyrB, проводя амплификацию и секвениро\n вание ДНК с праймерами, предложенными для MLST Bcc [50] по методике с нашими модификаци\n ями [44].
    (check this in PDF content)

  69. Start
    26808
    Prefix
    Идентификацию микроорганизмовв биологическом образце проводили на основе амплификации и сек\n венирования фрагментов генов 16S rDNA[46],tuf (фактора элонгации) [49]. Для идентификации пред\n ставителей порядка Burkholderiales использовали ге\n ны gltB, gyrB, проводя амплификацию и секвениро\n вание ДНК с праймерами, предложенными для MLST Bcc
    Exact
    [50]
    Suffix
    по методике с нашими модификаци\n ями [44]. Последовательности гена gltBиспользова\n ли в определении генотипов Achromobacter spp. [46], которые нумеровали в порядке выявления, с обяза\n тельной регистрацией в GenBank.
    (check this in PDF content)

  70. Start
    26851
    Prefix
    Для идентификации пред\n ставителей порядка Burkholderiales использовали ге\n ны gltB, gyrB, проводя амплификацию и секвениро\n вание ДНК с праймерами, предложенными для MLST Bcc [50] по методике с нашими модификаци\n ями
    Exact
    [44]
    Suffix
    . Последовательности гена gltBиспользова\n ли в определении генотипов Achromobacter spp. [46], которые нумеровали в порядке выявления, с обяза\n тельной регистрацией в GenBank. MLST Achromobacter spp.выполняли по протоколу T.
    (check this in PDF content)

  71. Start
    26951
    Prefix
    Для идентификации пред\n ставителей порядка Burkholderiales использовали ге\n ны gltB, gyrB, проводя амплификацию и секвениро\n вание ДНК с праймерами, предложенными для MLST Bcc [50] по методике с нашими модификаци\n ями [44]. Последовательности гена gltBиспользова\n ли в определении генотипов Achromobacter spp.
    Exact
    [46]
    Suffix
    , которые нумеровали в порядке выявления, с обяза\n тельной регистрацией в GenBank. MLST Achromobacter spp.выполняли по протоколу T.Spilker et al.[18], что позволяло определить генотип согласно международной схеме, а также вид на осно\n ве секвенирования гена nrdA.
    (check this in PDF content)

  72. Start
    27106
    Prefix
    Последовательности гена gltBиспользова\n ли в определении генотипов Achromobacter spp. [46], которые нумеровали в порядке выявления, с обяза\n тельной регистрацией в GenBank. MLST Achromobacter spp.выполняли по протоколу T.Spilker et al.
    Exact
    [18]
    Suffix
    , что позволяло определить генотип согласно международной схеме, а также вид на осно\n ве секвенирования гена nrdA. Выявление гена оксациллиназы bla@OXAпроводили с помощью амплификации ДНК образца с прай\n мерами, предложенными Y.
    (check this in PDF content)

  73. Start
    27358
    Prefix
    MLST Achromobacter spp.выполняли по протоколу T.Spilker et al.[18], что позволяло определить генотип согласно международной схеме, а также вид на осно\n ве секвенирования гена nrdA. Выявление гена оксациллиназы bla@OXAпроводили с помощью амплификации ДНК образца с прай\n мерами, предложенными Y.Doi et al.
    Exact
    [43]
    Suffix
    и J.Turton et al. [51]. Аллельный вариант гена bla-OXAиденти\n фицировали посредством сравнения полученной нуклеотидной последовательности с данными базы CBMAR (Comprehensive Beta-lactamase Molecular Annotation Resource) [52].
    (check this in PDF content)

  74. Start
    27382
    Prefix
    MLST Achromobacter spp.выполняли по протоколу T.Spilker et al.[18], что позволяло определить генотип согласно международной схеме, а также вид на осно\n ве секвенирования гена nrdA. Выявление гена оксациллиназы bla@OXAпроводили с помощью амплификации ДНК образца с прай\n мерами, предложенными Y.Doi et al.[43] и J.Turton et al.
    Exact
    [51]
    Suffix
    . Аллельный вариант гена bla-OXAиденти\n фицировали посредством сравнения полученной нуклеотидной последовательности с данными базы CBMAR (Comprehensive Beta-lactamase Molecular Annotation Resource) [52].
    (check this in PDF content)

  75. Start
    27598
    Prefix
    Аллельный вариант гена bla-OXAиденти\n фицировали посредством сравнения полученной нуклеотидной последовательности с данными базы CBMAR (Comprehensive Beta-lactamase Molecular Annotation Resource)
    Exact
    [52]
    Suffix
    . Секвенирование продуктов ПЦРвыполняли соглас\n но протоколу к набору BigDye Terminator 3.1 Cycle Sequencing kit на геномном анализаторе Genetic Analyzer 3130 (Applied Biosystems / Hitachi, США).
    (check this in PDF content)

  76. Start
    28025
    Prefix
    Электрофоретическое разделение продуктов реак\n ции проводили в капиллярах длиной 50 см с исполь\n зованием полимера POP7. Анализ последовательностей и выравниваниевыполня\n ли с помощью программы CLUSTALW2
    Exact
    [53]
    Suffix
    . Иден\n тификацию последовательностей генов 16S rDNA иtufмикроорганизмов проводили с применением геномной и программной базы BLAST. Для опреде\n ления аллельного профиля Achromobacter spp. ис\n пользовали программную базу сайта [54].
    (check this in PDF content)

  77. Start
    28276
    Prefix
    Иден\n тификацию последовательностей генов 16S rDNA иtufмикроорганизмов проводили с применением геномной и программной базы BLAST. Для опреде\n ления аллельного профиля Achromobacter spp. ис\n пользовали программную базу сайта
    Exact
    [54]
    Suffix
    . Новые аллели, генотипы (ST), типированные штаммы на\n правляли для контроля и регистрации куратору Achromobacter MLST Databases T.Spilker(Мичиган\n ский университет, США). Результаты и обсуждение Начало изучению разнообразия бактерий порядка Burkholderiales, инфицирующих дыхательные пути российских больных МВ, положило исследование Bcc с помощью MLST [44].
    (check this in PDF content)

  78. Start
    28651
    Prefix
    Новые аллели, генотипы (ST), типированные штаммы на\n правляли для контроля и регистрации куратору Achromobacter MLST Databases T.Spilker(Мичиган\n ский университет, США). Результаты и обсуждение Начало изучению разнообразия бактерий порядка Burkholderiales, инфицирующих дыхательные пути российских больных МВ, положило исследование Bcc с помощью MLST
    Exact
    [44]
    Suffix
    . В ряду выявленных B. cenocepacia, B. multivorans, B. contaminans, B. vietnamiensis, Pandoraea pnomenusa, Variovorax paradoxus, Lautropia mirabilis [46] Achromobacter spp. занимает особое место после Bcc.
    (check this in PDF content)

  79. Start
    28809
    Prefix
    Результаты и обсуждение Начало изучению разнообразия бактерий порядка Burkholderiales, инфицирующих дыхательные пути российских больных МВ, положило исследование Bcc с помощью MLST [44]. В ряду выявленных B. cenocepacia, B. multivorans, B. contaminans, B. vietnamiensis, Pandoraea pnomenusa, Variovorax paradoxus, Lautropia mirabilis
    Exact
    [46]
    Suffix
    Achromobacter spp. занимает особое место после Bcc. Прежде всего, как показал анализ расширенной выборки пациентов, регулярно госпи\n тализируемых в силу тяжести течения заболевания, 25 % из них инфицированы Achromobacter spp.
    (check this in PDF content)

  80. Start
    30754
    Prefix
    Аллели 1 и 2 гена gltBвстречались чаще всего. АнализAchromobacter spp.с помощью MLST подтвердил генетическое разнообразие мик\n роорганизмов и позволил обозначить генотипы в со\n ответствии со значениями международной базы дан\n ных
    Exact
    [54]
    Suffix
    (см. таблицу). Преимущество использования MLSTв исследовании Achromobacter spp.заключается в возможности ви\n довой идентификации микроорганизмов этого рода, которая не достигается ни при использовании MALDI, ни при секвенировании гена 16S rDNA вси\n лу высокого сходства видов.
    (check this in PDF content)

  81. Start
    31999
    Prefix
    Из известных ранее были вы\n делены ST8 и ST211 от больных МВ в США и Бель\n гии соответственно. Штаммы с ST20 обнаруживали как у больных МВ в Испании, так и у пациентов с не\nМВ в Японии. ST36, 54 и 182 ранее были отме\n чены только у больных с не\nМВ
    Exact
    [54]
    Suffix
    . Эти данные служат свидетельством возможного нозокомиально\n го источника для штаммов Achromobacter spp.опреде\n ленных генотипов. О внутривидовом разнообразии генотипов Achromobac@ ter spp. в рассматриваемой выборке можно говорить в отношении 3 видов: A. ruhlandii, A. xylosoxidans, A. marplatensis, посколькуA. dolens и A. pulmonisпред\n ставлены только единичными генотипами.
    (check this in PDF content)

  82. Start
    39629
    Prefix
    В отношении A. xylosoxidansбыло отмечено коин\n фицирование пациента детского возраста штаммами 2 генотипов: 211 и 266. Коколонизацию больного МВ штаммами Achromobacter spp.разных генотипов отмечали также L.Amoureux et al.
    Exact
    [55]
    Suffix
    . Лекарственная устойчивость Achromobacter spp. Несмотря на МЛУ Achromobacter spp.в целом, анти\n биотикограммы разных видов могут несколько отличаться, что послужило основой для поиска до\n полнительной мишени в видовой идентификации.
    (check this in PDF content)

  83. Start
    44391
    Prefix
    Пять генотипов многочисленного вида A. ruhlandii привлекают особое внимание. ST263 специфи\n чен для пациентов Дальневосточного федерального округа. Ранее дальневосточные генотипы были выявлены и для Bcc
    Exact
    [56]
    Suffix
    . ST261 и 36 – самые много\n численные, ими инфицированы пациенты всех фе\n деральных округов. Хронологический анализ позво\n ляет предположить смену генотипа 261 генотипом 36 в конце 1990\nх гг., поскольку ST261 преимуществен\n но инфицированы пациенты более старшей возраст\n ной группы, а последний случай заражения штам\n мом этого генотипа связан с пациентом 2003 г. р.
    (check this in PDF content)