The 26 references with contexts in paper A. Grazhdantseva A., G. Sivolobova F., M. Major , E. Chub V., A. Shvalov N., P. Yudin V., S. Netesov V., V. Loktev B., G. Kochneva V., А. Гражданцева А., Г. Сиволобова Ф., M. Major, Е. Чуб В., А. Швалов Н., П. Юдин В., С. Нетесов В., В. Локтев Б., Г. Кочнева В. (2014) “ПОЛНОРАЗМЕРНЫЙ ПЕПТИДНЫЙ АНАЛИЗ АНТИГЕННОГО ПРОФИЛЯ ПОВЕРХНОСТНЫХ БЕЛКОВ СИБИРСКИХ ИЗОЛЯТОВ ВИРУСА ГЕПАТИТА C // FULL-LENGTH PEPTIDE ASSAY OF ANTIGENIC PROFILE OF ENVELOPE PROTEINS FROM SIBERIAN ISOLATES OF HEPATITIS C VIRUS” / spz:neicon:mimmun:y:2010:i:2:p:115-124

1
Шустов А.В., Кочнева Г.В., Сиволобова Г.Ф., Гражданцева А.А., Гаврилова И.В., Нестеров А.Е., Стрельцова М.А., Пальцев А.И., Локтев А.В., Максютов А.З., Акинфеева Л.А., Торшин В.П., West T.E., Ryder R.W., Онищенко Г.Г. Частота встречаемости маркеров гепатита С и факторы риска у персонала больниц Новосибирской области // Журн. микробиол. эпидемиол. и иммунобиологии (ЖМЭИ). – 2002. – T. 2. – C. 26-32.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=7465
    Prefix
    Указ Президента РФ от 24.12.1993 N 2288, Федеральные законы от 02.03.1998 No 30-ФЗ, от 20.12.1999 No 214-ФЗ). Забор крови проводили только после получения письменного информированного согласия пациента, как описано ранее
    Exact
    [1]
    Suffix
    . Исследование одобрено этическим комитетом ФГУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора. Диагностика антител к ВГС. Наличие антител к ВГС класса G в сыворотке крови определяли с использованием коммерческих тест-систем «D-0751 РекомбиБест анти-ВГС» и «D-0756 РекомбиБест анти-ВГС подтверждающий тест» (ЗАО «Вектор-Бест», г.

  2. In-text reference with the coordinate start=8464
    Prefix
    Москва) в соответствии с инструкцией производителя. Генотипирование изолятов ВГС. Генотип ВГС определяли на основе анализа фрагмента 5’UTR-области генома вируса. Для этого проводили амплификацию указанного района генома, как описано в работе
    Exact
    [1]
    Suffix
    , с последующим секвенированием полученного фрагмента. Секвенирование проводили по методу CEQ Dye Terminator Cycle Sequencing на автоматическом секвенаторе CEQ2000XL DNA Analysis System (Beckman Coulter Inc.

2
Bowen D.G., Walker C.M. Adaptive immune responses in acute and chronic hepatitis C virus infection // Nature. – 2005. – Vol. 436. – P. 946-952.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=4046
    Prefix
    Характерной особенностью гепатита С является развитие хронических форм заболевания в 7580% случаев и чрезвычайно высокая вариабельность вируса [6, 17]. Постоянное образование новых антигенных вариантов ВГС в организме инфицированного человека позволяет вирусу ускользать от защитного ответа иммунной системы
    Exact
    [2]
    Suffix
    . Показано, что в организме хронически инфицированного ВГС человека образуется большое количество противовирусных антител как к структурным белкам С, Е1 и Е2, так и неструктурным NS2, NS3, NS4 и NS5 [4, 7, 9, 19].

3
Bukh J., Miller R.H., Purcell R.H. Genetic heterogeneity of hepatitis C virus: quasispecies and genotypes // Semin Liver Dis. – 1995. – Vol. 15. – P. 41-63.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=5514
    Prefix
    В настоящее время описано 6 основных генотипов ВГС с уровнем гомологии 65,7-68,9%, более 100 субтипов с уровнем гомологии 76,9-80,1 и миллионы постоянно образующихся внутри каждого инфицированного организма квазивидов с уровнем гомологии 90,8-99%
    Exact
    [3, 20]
    Suffix
    . Наиболее интенсивно мутациям подвергаются поверхностные гликопротеины Е1 и Е2 [22], поэтому для создания универсальной вакцины, мониторинга инфекции, диагностики и лечения принципиально важно выявить общие закономерности антигенной структуры и уровень антигенной вариабельности основных иммуногенных доменов поверхностных гликопротеинов ВГС.

4
Carlos M.P., Yamamura Y., Vu Q., Conzen K., Anderson D.E., Torres J.V. Humoral immunity to immunodominant epitopes of Hepatitis C virus in individuals infected with genotypes 1a or 1b // Clin. Immunol. – 2004. – Vol. 111. – P. 22-27.
Total in-text references: 5
  1. In-text reference with the coordinate start=4250
    Prefix
    Показано, что в организме хронически инфицированного ВГС человека образуется большое количество противовирусных антител как к структурным белкам С, Е1 и Е2, так и неструктурным NS2, NS3, NS4 и NS5
    Exact
    [4, 7, 9, 19]
    Suffix
    . Роль антител в патогенезе ВГС инфекции не ясна, однако ряд антител к поверхностным белкам ВГС обладает вируснейтрализующей активностью [11, 25], что свидетельствует о важности изучения иммуногенных свойств данных белков для создания средств профилактического и терапевтического контроля инфекции.

  2. In-text reference with the coordinate start=4686
    Prefix
    ВГС инфекции не ясна, однако ряд антител к поверхностным белкам ВГС обладает вируснейтрализующей активностью [11, 25], что свидетельствует о важности изучения иммуногенных свойств данных белков для создания средств профилактического и терапевтического контроля инфекции. Неравнозначность участков поверхностных белков Е1 и Е2 ВГС в индукции иммунного ответа была отмечена в целом ряде работ
    Exact
    [4, 10, 15]
    Suffix
    . Кроме того, эти белки образуют на поверхности вириона гетеродимер и формируют составные антигенные детерминанты, часть которых представлена фрагментом белка Е1, а часть – белка Е2 [14]. Наиболее антигенно значимым участком белка Е1 является район, включающий 192-211 ак N-концевой части молекулы, и участок 313-327 ак, прилегающий к гидрофобному домену на С-конце белка Е1 [8, 11].

  3. In-text reference with the coordinate start=20398
    Prefix
    Как следует из представленных на рисунке 3 данных, в белках Е1 и Е2 исследованных нами сибирских изолятов ВГС генотипов 1b, 2а/2с и 3а выявляется значительное количество общих иммуногенных районов, что согласуется с ранее опубликованными данными по изолятам ВГС из разных регионов мира
    Exact
    [4, 12, 15, 16, 22, 24]
    Suffix
    . Важно также учесть, что пептиды синтезированы ТАблИцА 1. СТРукТуРА СИНТЕТИчЕСкИх ПЕПТИдоВ, ПЕРЕкРыВАющИх ПолНую ПоСлЕдоВАТЕльНоСТь Е1- И Е2-бЕлкоВ ВГС (шТАмм H77, ГЕНоТИП 1а) No Позиция акПоследовательность аминокислотNo Позиция акПоследовательность аминокислот A1192-211Y*QVRNSSGLYHVTNDCPNSSGSGG5496-515SGSGIVPAKSVCGPVYCFTPSPVV В1200-219SGSGLYHVTNDCPNSSIVYEAADAH5504-523SGSGGPVYCFTPSPVVVGTT

  4. In-text reference with the coordinate start=27822
    Prefix
    В исследуемой группе сывороток нам не удалось выявить антитела ко второму гипервариабельному району Е2-белка в позиции 470-480 ак, хотя в литературе показано наличие иммуногенных эпитопов в данном районе Е2-белка 1а и 1b суб типов ВГС
    Exact
    [4]
    Suffix
    . Возможно, это объясняется наиболее высокой вариабельностью изолятов 1 генотипа ВГС по сравнению с другими генотипами и, соответственно, отличием группы изолятов, исследованных в нашей работе, от изученных в работе [4].

  5. In-text reference with the coordinate start=28044
    Prefix
    Возможно, это объясняется наиболее высокой вариабельностью изолятов 1 генотипа ВГС по сравнению с другими генотипами и, соответственно, отличием группы изолятов, исследованных в нашей работе, от изученных в работе
    Exact
    [4]
    Suffix
    . Выявленные нами межгенотиповые различия антигенного профиля поверхностных белков ВГС свидетельствуют о необходимости генотипирования изолятов при изучении свойств поверхностных белков Е1 и Е2 и некорректности в ряде случаев распространения данных, полученных для отдельного генотипа, на вирус гепатита С в целом (как следует из рис. 3, среднее).

5
Farci P., Shimoda A., Wong D., Cabezon T., De Gioannis D., Strazzera A., Shimizu Y., Shapiro M., Alter H., Purcell R. Prevention of hepatitis C virus infection in chimpanzees by hyperimmune serum against the hypervariable region 1 of the envelope 2 protein // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 1996. – Vol. 93. – P. 15394-15399.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=5255
    Prefix
    Наиболее антигенно значимым участком белка Е1 является район, включающий 192-211 ак N-концевой части молекулы, и участок 313-327 ак, прилегающий к гидрофобному домену на С-конце белка Е1 [8, 11]. В составе белка Е2 обнаружены два гипервариабельных района HRV1 (384-410 ак) и HRV2 (474-482 ак), антитела к которым обладают выраженной вируснейтрализующей активностью
    Exact
    [5, 18]
    Suffix
    . В настоящее время описано 6 основных генотипов ВГС с уровнем гомологии 65,7-68,9%, более 100 субтипов с уровнем гомологии 76,9-80,1 и миллионы постоянно образующихся внутри каждого инфицированного организма квазивидов с уровнем гомологии 90,8-99% [3, 20].

6
Gotto J., Dusheiko G.M. Hepatitis C and treatment with pegylated interferon and ribavirin // Int. J. Biochem. Cell Biol. – 2004. – Vol. 36, N 10. – P. 1874-1877.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=3880
    Prefix
    Введение Вирус гепатита С (ВГС) является строго антропонозным агентом и вызывает у человека тяжелый вирусный гепатит c возможным прогрессированием в цирроз или первичный рак печени. Характерной особенностью гепатита С является развитие хронических форм заболевания в 7580% случаев и чрезвычайно высокая вариабельность вируса
    Exact
    [6, 17]
    Suffix
    . Постоянное образование новых антигенных вариантов ВГС в организме инфицированного человека позволяет вирусу ускользать от защитного ответа иммунной системы [2]. Показано, что в организме хронически инфицированного ВГС человека образуется большое количество противовирусных антител как к структурным белкам С, Е1 и Е2, так и неструктурным NS2, NS3, NS4 и NS5 [4, 7, 9, 19].

7
Ishida C., Matsumoto K., Fukada K., Matsushita K., Shiraki H., Maeda Y. Detection of antibodies to hepatitis C virus (HCV) structural proteins in anti-HCV-positive sera by an enzymelinked immunosorbent assay using synthetic peptides as antigens // J. Clin. Microbiol. – 1993. – Vol. 31. – P. 936-940.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=4250
    Prefix
    Показано, что в организме хронически инфицированного ВГС человека образуется большое количество противовирусных антител как к структурным белкам С, Е1 и Е2, так и неструктурным NS2, NS3, NS4 и NS5
    Exact
    [4, 7, 9, 19]
    Suffix
    . Роль антител в патогенезе ВГС инфекции не ясна, однако ряд антител к поверхностным белкам ВГС обладает вируснейтрализующей активностью [11, 25], что свидетельствует о важности изучения иммуногенных свойств данных белков для создания средств профилактического и терапевтического контроля инфекции.

  2. In-text reference with the coordinate start=27231
    Prefix
    Авторы высказали предположение, что низкая иммуногенность данного района связана с присутствующим в позиции 417 ак сайтом гликозилирования белка Е2. В ряде работ было показано, что в N-концевой (192-202 ак) области белка Е1 расположен высокоиммуногенный эпитоп, обладающий вируснейтрализующей активностью
    Exact
    [7, 8]
    Suffix
    . Нам не удалось выявить в этом районе значимых иммуногенных эпитопов ни для одного из исследованных генотипов ВГС. В опубликованных работах не приведены генотипы тестированных изолятов ВГС, поэтому различия, возможно, связаны с присутствием антигенных детерминант в структуре N-концевой части Е1-белка других, отличных от наших субтипов ВГС.

8
Keck Z-Y., Sung V.M.H., Perkins S., Rowe J., Paul S., Liang T.J., Lai M.M.C., Foung S.K.H. Human monoclonal antibody to hepatitis C Virus E1 glycoprotein that blocks virus attachment and viral infectivity // J. Virol. – 2004. – Vol. 78, N 13. – P. 7257-7263.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=5076
    Prefix
    Кроме того, эти белки образуют на поверхности вириона гетеродимер и формируют составные антигенные детерминанты, часть которых представлена фрагментом белка Е1, а часть – белка Е2 [14]. Наиболее антигенно значимым участком белка Е1 является район, включающий 192-211 ак N-концевой части молекулы, и участок 313-327 ак, прилегающий к гидрофобному домену на С-конце белка Е1
    Exact
    [8, 11]
    Suffix
    . В составе белка Е2 обнаружены два гипервариабельных района HRV1 (384-410 ак) и HRV2 (474-482 ак), антитела к которым обладают выраженной вируснейтрализующей активностью [5, 18]. В настоящее время описано 6 основных генотипов ВГС с уровнем гомологии 65,7-68,9%, более 100 субтипов с уровнем гомологии 76,9-80,1 и миллионы постоянно образующихся внутри каждого инфицированного организма квазиви

  2. In-text reference with the coordinate start=27231
    Prefix
    Авторы высказали предположение, что низкая иммуногенность данного района связана с присутствующим в позиции 417 ак сайтом гликозилирования белка Е2. В ряде работ было показано, что в N-концевой (192-202 ак) области белка Е1 расположен высокоиммуногенный эпитоп, обладающий вируснейтрализующей активностью
    Exact
    [7, 8]
    Suffix
    . Нам не удалось выявить в этом районе значимых иммуногенных эпитопов ни для одного из исследованных генотипов ВГС. В опубликованных работах не приведены генотипы тестированных изолятов ВГС, поэтому различия, возможно, связаны с присутствием антигенных детерминант в структуре N-концевой части Е1-белка других, отличных от наших субтипов ВГС.

9
Lecnmann M., Ihlenfeldt H.G., Braunschweiger I., Gierls G., Jung G., Matz B., Kaiser R., Sauberbruch T., Spengler U. T and B Cell responses to different hepatitis C virus antigens in patients with chronic hepatitis C infection and in healthy anti-hepatitis C virus-positive blood donors without viremia // Hepatology. – 1996. – Vol. 24, N 4. – P. 790-795.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=4250
    Prefix
    Показано, что в организме хронически инфицированного ВГС человека образуется большое количество противовирусных антител как к структурным белкам С, Е1 и Е2, так и неструктурным NS2, NS3, NS4 и NS5
    Exact
    [4, 7, 9, 19]
    Suffix
    . Роль антител в патогенезе ВГС инфекции не ясна, однако ряд антител к поверхностным белкам ВГС обладает вируснейтрализующей активностью [11, 25], что свидетельствует о важности изучения иммуногенных свойств данных белков для создания средств профилактического и терапевтического контроля инфекции.

10
Martinez-Donato G., Duenas-Carrera S., Alvarez-Lajonchere L., Morales J., AcostaRivero N., Martínez E., Viña A., Guerra I., Prez A., Musacchio A., García J., Reyes O., Garay H.E., González L.J., Alvarez J.C., Soria Y. Antigenicity and immunogenecity of the hepatitis C virus envelope E2 protein // Biotecnologia Aplicada. – 2006. – Vol. 23, N 1. – P. 60-63.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=4686
    Prefix
    ВГС инфекции не ясна, однако ряд антител к поверхностным белкам ВГС обладает вируснейтрализующей активностью [11, 25], что свидетельствует о важности изучения иммуногенных свойств данных белков для создания средств профилактического и терапевтического контроля инфекции. Неравнозначность участков поверхностных белков Е1 и Е2 ВГС в индукции иммунного ответа была отмечена в целом ряде работ
    Exact
    [4, 10, 15]
    Suffix
    . Кроме того, эти белки образуют на поверхности вириона гетеродимер и формируют составные антигенные детерминанты, часть которых представлена фрагментом белка Е1, а часть – белка Е2 [14]. Наиболее антигенно значимым участком белка Е1 является район, включающий 192-211 ак N-концевой части молекулы, и участок 313-327 ак, прилегающий к гидрофобному домену на С-конце белка Е1 [8, 11].

11
Meunier J.C., Russell R.S., Goossens V., Priem S., Walter H., Depla E., Union A., Faulk K.N., Bukh J., Emerson S.U., Purcell R.H. Isolation and characterization of broadly neutralizing human monoclonal antibodies to the E1 glycoprotein of hepatitis C virus // J. Virol. – 2008. – Vol. 82, N 2. – P. 966-973.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=4401
    Prefix
    Показано, что в организме хронически инфицированного ВГС человека образуется большое количество противовирусных антител как к структурным белкам С, Е1 и Е2, так и неструктурным NS2, NS3, NS4 и NS5 [4, 7, 9, 19]. Роль антител в патогенезе ВГС инфекции не ясна, однако ряд антител к поверхностным белкам ВГС обладает вируснейтрализующей активностью
    Exact
    [11, 25]
    Suffix
    , что свидетельствует о важности изучения иммуногенных свойств данных белков для создания средств профилактического и терапевтического контроля инфекции. Неравнозначность участков поверхностных белков Е1 и Е2 ВГС в индукции иммунного ответа была отмечена в целом ряде работ [4, 10, 15].

  2. In-text reference with the coordinate start=5076
    Prefix
    Кроме того, эти белки образуют на поверхности вириона гетеродимер и формируют составные антигенные детерминанты, часть которых представлена фрагментом белка Е1, а часть – белка Е2 [14]. Наиболее антигенно значимым участком белка Е1 является район, включающий 192-211 ак N-концевой части молекулы, и участок 313-327 ак, прилегающий к гидрофобному домену на С-конце белка Е1
    Exact
    [8, 11]
    Suffix
    . В составе белка Е2 обнаружены два гипервариабельных района HRV1 (384-410 ак) и HRV2 (474-482 ак), антитела к которым обладают выраженной вируснейтрализующей активностью [5, 18]. В настоящее время описано 6 основных генотипов ВГС с уровнем гомологии 65,7-68,9%, более 100 субтипов с уровнем гомологии 76,9-80,1 и миллионы постоянно образующихся внутри каждого инфицированного организма квазиви

12
Olenina L.V., Nikolaeva L.I., Sobolev B.N., Blokhina N.P., Archakov A.I., Kolesanova E.F. Mapping and characterization of B cell linear epitopes in the conservative regions of hepatitis C virus envelope glycoproteins // J. Viral. Hepat. – 2002. – Vol. 9. – P. 174-182.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=20398
    Prefix
    Как следует из представленных на рисунке 3 данных, в белках Е1 и Е2 исследованных нами сибирских изолятов ВГС генотипов 1b, 2а/2с и 3а выявляется значительное количество общих иммуногенных районов, что согласуется с ранее опубликованными данными по изолятам ВГС из разных регионов мира
    Exact
    [4, 12, 15, 16, 22, 24]
    Suffix
    . Важно также учесть, что пептиды синтезированы ТАблИцА 1. СТРукТуРА СИНТЕТИчЕСкИх ПЕПТИдоВ, ПЕРЕкРыВАющИх ПолНую ПоСлЕдоВАТЕльНоСТь Е1- И Е2-бЕлкоВ ВГС (шТАмм H77, ГЕНоТИП 1а) No Позиция акПоследовательность аминокислотNo Позиция акПоследовательность аминокислот A1192-211Y*QVRNSSGLYHVTNDCPNSSGSGG5496-515SGSGIVPAKSVCGPVYCFTPSPVV В1200-219SGSGLYHVTNDCPNSSIVYEAADAH5504-523SGSGGPVYCFTPSPVVVGTT

13
Perotti M., Mancini N., Diotti R.A., Tarr A.W., Ball J.K., Owsianka A., Adair R., Patel A.H., Clementi M., Burioni R. Identification of a broadly cross-reacting and neutralizing human monoclonal antibody directed against the hepatitis C virus E2 protein // J. Virol. – 2008. – Vol. 82, N 2. – P. 1047-1052.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=26239
    Prefix
    Интересно отметить, что детерминанта 412-426 ак, проявляющая межгенотиповые вируснейтрализующие свойства in vitro [21, 25], и эпитопы конформационной детерминаты 412-423+528-535 ак белка Е2, описанные в
    Exact
    [13]
    Suffix
    , выявлены нами также только в случае 2а/2с субтипа ВГС. Однако расположенная рядом блокирующая вируснейтрализацию детерминанта 434-446 ак [25] является высокоиммуногенной во всех исследованных генотипах ВГС.

14
Petit M.-A., Jolivet-Reynaud C., Peronnet E., Michal Y., Tre'po C. Mapping of a conformational epitope shared between E1 and E2 on the serumderived human hepatitis C virus envelope // J. Biol. Chem. – 2003. – Vol. 278, N 45. – P. 44385-44392.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=4882
    Prefix
    Неравнозначность участков поверхностных белков Е1 и Е2 ВГС в индукции иммунного ответа была отмечена в целом ряде работ [4, 10, 15]. Кроме того, эти белки образуют на поверхности вириона гетеродимер и формируют составные антигенные детерминанты, часть которых представлена фрагментом белка Е1, а часть – белка Е2
    Exact
    [14]
    Suffix
    . Наиболее антигенно значимым участком белка Е1 является район, включающий 192-211 ак N-концевой части молекулы, и участок 313-327 ак, прилегающий к гидрофобному домену на С-конце белка Е1 [8, 11].

15
Petrik J., Alexander G.J.M., Pearson G., Allain J.P. Reactivity of synthetic peptides representing selected sections of hepatitis C virus Core and envelope proteins with a panel of hepatitis C virus-seropositive human plasma // J. Med. Virol. – 1997. – Vol. 51. – P. 67-79.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=4686
    Prefix
    ВГС инфекции не ясна, однако ряд антител к поверхностным белкам ВГС обладает вируснейтрализующей активностью [11, 25], что свидетельствует о важности изучения иммуногенных свойств данных белков для создания средств профилактического и терапевтического контроля инфекции. Неравнозначность участков поверхностных белков Е1 и Е2 ВГС в индукции иммунного ответа была отмечена в целом ряде работ
    Exact
    [4, 10, 15]
    Suffix
    . Кроме того, эти белки образуют на поверхности вириона гетеродимер и формируют составные антигенные детерминанты, часть которых представлена фрагментом белка Е1, а часть – белка Е2 [14]. Наиболее антигенно значимым участком белка Е1 является район, включающий 192-211 ак N-концевой части молекулы, и участок 313-327 ак, прилегающий к гидрофобному домену на С-конце белка Е1 [8, 11].

  2. In-text reference with the coordinate start=20398
    Prefix
    Как следует из представленных на рисунке 3 данных, в белках Е1 и Е2 исследованных нами сибирских изолятов ВГС генотипов 1b, 2а/2с и 3а выявляется значительное количество общих иммуногенных районов, что согласуется с ранее опубликованными данными по изолятам ВГС из разных регионов мира
    Exact
    [4, 12, 15, 16, 22, 24]
    Suffix
    . Важно также учесть, что пептиды синтезированы ТАблИцА 1. СТРукТуРА СИНТЕТИчЕСкИх ПЕПТИдоВ, ПЕРЕкРыВАющИх ПолНую ПоСлЕдоВАТЕльНоСТь Е1- И Е2-бЕлкоВ ВГС (шТАмм H77, ГЕНоТИП 1а) No Позиция акПоследовательность аминокислотNo Позиция акПоследовательность аминокислот A1192-211Y*QVRNSSGLYHVTNDCPNSSGSGG5496-515SGSGIVPAKSVCGPVYCFTPSPVV В1200-219SGSGLYHVTNDCPNSSIVYEAADAH5504-523SGSGGPVYCFTPSPVVVGTT

16
Sallberg M., Ruden U., Wahren B., Magnius L.O. Antigenic regions within the hepatitis C virus envelope 1 and structural proteins: identification of an IgG3-restricted recognition site within the envelope 1 protein // Clin. Exp. Imunol. – 1993. – Vol. 91. – P. 489-494.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=13966
    Prefix
    Определение генотипа исследуемых изолятов ВГС проводили при помощи филогенетического анализа последовательности 5’UTR-области генома ВГС (рис. 1). Данная область, несмотря на высокий уровень консервативности, является достаточно информативной для дифференциации генотипов и большинства субтипов ВГС
    Exact
    [16, 17]
    Suffix
    . По результатам анализа в коллекцию сывороток, использованную далее в нашей работе, были отобраны образцы, содержащие ВГС трех генотипов – 1b, 2a/2c (использованный метод не позволяет дифференцировать эти два субтипа) и 3a, которые наиболее широко распространены на территории России, и в частности в г.

  2. In-text reference with the coordinate start=20398
    Prefix
    Как следует из представленных на рисунке 3 данных, в белках Е1 и Е2 исследованных нами сибирских изолятов ВГС генотипов 1b, 2а/2с и 3а выявляется значительное количество общих иммуногенных районов, что согласуется с ранее опубликованными данными по изолятам ВГС из разных регионов мира
    Exact
    [4, 12, 15, 16, 22, 24]
    Suffix
    . Важно также учесть, что пептиды синтезированы ТАблИцА 1. СТРукТуРА СИНТЕТИчЕСкИх ПЕПТИдоВ, ПЕРЕкРыВАющИх ПолНую ПоСлЕдоВАТЕльНоСТь Е1- И Е2-бЕлкоВ ВГС (шТАмм H77, ГЕНоТИП 1а) No Позиция акПоследовательность аминокислотNo Позиция акПоследовательность аминокислот A1192-211Y*QVRNSSGLYHVTNDCPNSSGSGG5496-515SGSGIVPAKSVCGPVYCFTPSPVV В1200-219SGSGLYHVTNDCPNSSIVYEAADAH5504-523SGSGGPVYCFTPSPVVVGTT

17
Seeff L.B. Natural history of chronic hepatitis C // Hepatology. – 2002. – Vol. 36, N 5. – P. 35-46.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=3880
    Prefix
    Введение Вирус гепатита С (ВГС) является строго антропонозным агентом и вызывает у человека тяжелый вирусный гепатит c возможным прогрессированием в цирроз или первичный рак печени. Характерной особенностью гепатита С является развитие хронических форм заболевания в 7580% случаев и чрезвычайно высокая вариабельность вируса
    Exact
    [6, 17]
    Suffix
    . Постоянное образование новых антигенных вариантов ВГС в организме инфицированного человека позволяет вирусу ускользать от защитного ответа иммунной системы [2]. Показано, что в организме хронически инфицированного ВГС человека образуется большое количество противовирусных антител как к структурным белкам С, Е1 и Е2, так и неструктурным NS2, NS3, NS4 и NS5 [4, 7, 9, 19].

  2. In-text reference with the coordinate start=13966
    Prefix
    Определение генотипа исследуемых изолятов ВГС проводили при помощи филогенетического анализа последовательности 5’UTR-области генома ВГС (рис. 1). Данная область, несмотря на высокий уровень консервативности, является достаточно информативной для дифференциации генотипов и большинства субтипов ВГС
    Exact
    [16, 17]
    Suffix
    . По результатам анализа в коллекцию сывороток, использованную далее в нашей работе, были отобраны образцы, содержащие ВГС трех генотипов – 1b, 2a/2c (использованный метод не позволяет дифференцировать эти два субтипа) и 3a, которые наиболее широко распространены на территории России, и в частности в г.

18
Shimizu Y.K., Igarashi H., Kiyohara T. A hyperimmune constructs against a synthetic peptide corresponding to the hypervariable region 1 of hepatitis C virus can prevent viral infection in cell cultures // Virol. – 1996. – Vol. 223. – P. 409-412.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=5255
    Prefix
    Наиболее антигенно значимым участком белка Е1 является район, включающий 192-211 ак N-концевой части молекулы, и участок 313-327 ак, прилегающий к гидрофобному домену на С-конце белка Е1 [8, 11]. В составе белка Е2 обнаружены два гипервариабельных района HRV1 (384-410 ак) и HRV2 (474-482 ак), антитела к которым обладают выраженной вируснейтрализующей активностью
    Exact
    [5, 18]
    Suffix
    . В настоящее время описано 6 основных генотипов ВГС с уровнем гомологии 65,7-68,9%, более 100 субтипов с уровнем гомологии 76,9-80,1 и миллионы постоянно образующихся внутри каждого инфицированного организма квазивидов с уровнем гомологии 90,8-99% [3, 20].

19
Simmonds P., Rose K.A., Graham S., Chan S.W., McOmish F., Dow B.C., Follet E.A., Yap P.L., Marsden H. Mapping of serotype-specific, immunodominant epitopes in the NS-4 region of hepatitis C virus (HCV): use of type-specific peptides to serologically differentiate infections with HCV types 1, 2, and 3 // J. Clin. Microbiol. – 1993. – Vol. 31. – P. 1493-1503.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=4250
    Prefix
    Показано, что в организме хронически инфицированного ВГС человека образуется большое количество противовирусных антител как к структурным белкам С, Е1 и Е2, так и неструктурным NS2, NS3, NS4 и NS5
    Exact
    [4, 7, 9, 19]
    Suffix
    . Роль антител в патогенезе ВГС инфекции не ясна, однако ряд антител к поверхностным белкам ВГС обладает вируснейтрализующей активностью [11, 25], что свидетельствует о важности изучения иммуногенных свойств данных белков для создания средств профилактического и терапевтического контроля инфекции.

20
Simmonds P. The origin and evolution of hepatitis viruses in humans // J. Gen. Virol. – 2001. – Vol. 82. – P. 693-712.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=5514
    Prefix
    В настоящее время описано 6 основных генотипов ВГС с уровнем гомологии 65,7-68,9%, более 100 субтипов с уровнем гомологии 76,9-80,1 и миллионы постоянно образующихся внутри каждого инфицированного организма квазивидов с уровнем гомологии 90,8-99%
    Exact
    [3, 20]
    Suffix
    . Наиболее интенсивно мутациям подвергаются поверхностные гликопротеины Е1 и Е2 [22], поэтому для создания универсальной вакцины, мониторинга инфекции, диагностики и лечения принципиально важно выявить общие закономерности антигенной структуры и уровень антигенной вариабельности основных иммуногенных доменов поверхностных гликопротеинов ВГС.

21
Tarr A.W., Owsianka A.M., Timms J.M., Patrick McClure C., Brown R.J.P., Hickling T.P., Pietschmann T., Bartenschlager R., Patel A.H., Ball J.K. Characterization of the hepatitis C virus E2 epitope defined by the broadly neutralizing monoclonal antibody AP33 // Hepatology. – 2006. – Vol. 43, N 3. – P. 592-601.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=26148
    Prefix
    Так, в частности, в районе 280-290 ак белка Е1 нами выявлена ранее не описанная в литературе антигенная детерминанта, характерная только для 2а/2с субтипа ВГС выделенных нами сибирских изолятов. Интересно отметить, что детерминанта 412-426 ак, проявляющая межгенотиповые вируснейтрализующие свойства in vitro
    Exact
    [21, 25]
    Suffix
    , и эпитопы конформационной детерминаты 412-423+528-535 ак белка Е2, описанные в [13], выявлены нами также только в случае 2а/2с субтипа ВГС. Однако расположенная рядом блокирующая вируснейтрализацию детерминанта 434-446 ак [25] является высокоиммуногенной во всех исследованных генотипах ВГС.

22
Tarr A.W., Owsianka A.M., Szwejk A., Ball J.K., Patel A.H. Cloning, expression and functional analysis of patient-derived hepatitis C virus glycoproteins // Methods Mol. Biol. – 2007. – Vol. 379. – P. 177-197.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=5603
    Prefix
    В настоящее время описано 6 основных генотипов ВГС с уровнем гомологии 65,7-68,9%, более 100 субтипов с уровнем гомологии 76,9-80,1 и миллионы постоянно образующихся внутри каждого инфицированного организма квазивидов с уровнем гомологии 90,8-99% [3, 20]. Наиболее интенсивно мутациям подвергаются поверхностные гликопротеины Е1 и Е2
    Exact
    [22]
    Suffix
    , поэтому для создания универсальной вакцины, мониторинга инфекции, диагностики и лечения принципиально важно выявить общие закономерности антигенной структуры и уровень антигенной вариабельности основных иммуногенных доменов поверхностных гликопротеинов ВГС.

  2. In-text reference with the coordinate start=20398
    Prefix
    Как следует из представленных на рисунке 3 данных, в белках Е1 и Е2 исследованных нами сибирских изолятов ВГС генотипов 1b, 2а/2с и 3а выявляется значительное количество общих иммуногенных районов, что согласуется с ранее опубликованными данными по изолятам ВГС из разных регионов мира
    Exact
    [4, 12, 15, 16, 22, 24]
    Suffix
    . Важно также учесть, что пептиды синтезированы ТАблИцА 1. СТРукТуРА СИНТЕТИчЕСкИх ПЕПТИдоВ, ПЕРЕкРыВАющИх ПолНую ПоСлЕдоВАТЕльНоСТь Е1- И Е2-бЕлкоВ ВГС (шТАмм H77, ГЕНоТИП 1а) No Позиция акПоследовательность аминокислотNo Позиция акПоследовательность аминокислот A1192-211Y*QVRNSSGLYHVTNDCPNSSGSGG5496-515SGSGIVPAKSVCGPVYCFTPSPVV В1200-219SGSGLYHVTNDCPNSSIVYEAADAH5504-523SGSGGPVYCFTPSPVVVGTT

23
Tarr A.W., Owsianka A.M., Jayaraj D., Brown R.J.P., Hickling T.P., Irving W.L., Patel A.H., Ball J.K. Determination of the human antibody response to the epitope defined by the hepatitis C virus-neutralizing monoclonal antibody AP33 // J. Gen. Virol. – 2007. – Vol. 88. – Р. 2991-3001.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=26742
    Prefix
    Это согласуется с данными, представленными в [26], где из 9 тестированных ВГС - позитивных сывороток человека антитела к блокирующему эпитопу 434-446 ак были выявлены в четырех образцах, а к нейтрализующему 412 - 426 ак только в двух, причем в существенно более низком титре. В статье
    Exact
    [23]
    Suffix
    было также показано, что антитела к узнающему эпитопу 412 - 423 ак вируснейтрализующего моноклонального антитела AP33 выявляются лишь в 2,5% случаев природной инфекции ВГС. Авторы высказали предположение, что низкая иммуногенность данного района связана с присутствующим в позиции 417 ак сайтом гликозилирования белка Е2.

24
Zhang Z.-X., Sonnerborg A., Sallberg M. Antigenic structure of the hepatitis C virus envelope 2 protein // Clin. Exp. Immunol. – 1994. – Vol. 98. – P. 382-387.
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=20398
    Prefix
    Как следует из представленных на рисунке 3 данных, в белках Е1 и Е2 исследованных нами сибирских изолятов ВГС генотипов 1b, 2а/2с и 3а выявляется значительное количество общих иммуногенных районов, что согласуется с ранее опубликованными данными по изолятам ВГС из разных регионов мира
    Exact
    [4, 12, 15, 16, 22, 24]
    Suffix
    . Важно также учесть, что пептиды синтезированы ТАблИцА 1. СТРукТуРА СИНТЕТИчЕСкИх ПЕПТИдоВ, ПЕРЕкРыВАющИх ПолНую ПоСлЕдоВАТЕльНоСТь Е1- И Е2-бЕлкоВ ВГС (шТАмм H77, ГЕНоТИП 1а) No Позиция акПоследовательность аминокислотNo Позиция акПоследовательность аминокислот A1192-211Y*QVRNSSGLYHVTNDCPNSSGSGG5496-515SGSGIVPAKSVCGPVYCFTPSPVV В1200-219SGSGLYHVTNDCPNSSIVYEAADAH5504-523SGSGGPVYCFTPSPVVVGTT

25
Zang P., Wu C.G., Mihalik K., VirataTheimer M.L., Yu M.W., Alter H.J., Feinstone S.M. Hepatitis C virus epitope-specific neutralizing antibodies in Igs prepared from human plasma // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 2007. – Vol. 104, N 20. – P. 8449-8454.
Total in-text references: 3
  1. In-text reference with the coordinate start=4401
    Prefix
    Показано, что в организме хронически инфицированного ВГС человека образуется большое количество противовирусных антител как к структурным белкам С, Е1 и Е2, так и неструктурным NS2, NS3, NS4 и NS5 [4, 7, 9, 19]. Роль антител в патогенезе ВГС инфекции не ясна, однако ряд антител к поверхностным белкам ВГС обладает вируснейтрализующей активностью
    Exact
    [11, 25]
    Suffix
    , что свидетельствует о важности изучения иммуногенных свойств данных белков для создания средств профилактического и терапевтического контроля инфекции. Неравнозначность участков поверхностных белков Е1 и Е2 ВГС в индукции иммунного ответа была отмечена в целом ряде работ [4, 10, 15].

  2. In-text reference with the coordinate start=26148
    Prefix
    Так, в частности, в районе 280-290 ак белка Е1 нами выявлена ранее не описанная в литературе антигенная детерминанта, характерная только для 2а/2с субтипа ВГС выделенных нами сибирских изолятов. Интересно отметить, что детерминанта 412-426 ак, проявляющая межгенотиповые вируснейтрализующие свойства in vitro
    Exact
    [21, 25]
    Suffix
    , и эпитопы конформационной детерминаты 412-423+528-535 ак белка Е2, описанные в [13], выявлены нами также только в случае 2а/2с субтипа ВГС. Однако расположенная рядом блокирующая вируснейтрализацию детерминанта 434-446 ак [25] является высокоиммуногенной во всех исследованных генотипах ВГС.

  3. In-text reference with the coordinate start=26384
    Prefix
    Интересно отметить, что детерминанта 412-426 ак, проявляющая межгенотиповые вируснейтрализующие свойства in vitro [21, 25], и эпитопы конформационной детерминаты 412-423+528-535 ак белка Е2, описанные в [13], выявлены нами также только в случае 2а/2с субтипа ВГС. Однако расположенная рядом блокирующая вируснейтрализацию детерминанта 434-446 ак
    Exact
    [25]
    Suffix
    является высокоиммуногенной во всех исследованных генотипах ВГС. Это согласуется с данными, представленными в [26], где из 9 тестированных ВГС - позитивных сывороток человека антитела к блокирующему эпитопу 434-446 ак были выявлены в четырех образцах, а к нейтрализующему 412 - 426 ак только в двух, причем в существенно более низком титре.

26
Zhang P., Zhong L., Struble E. B., Watanabe H., Kachko A., Mihalik K., Virata-Theimer M.L., Alter H.J., Feinstone S., Major M. Depletion of interfering antibodies in chronic hepatitis C patients and vaccinated chimpanzees reveals broad cross-
Total in-text references: 1
  1. In-text reference with the coordinate start=26500
    Prefix
    Однако расположенная рядом блокирующая вируснейтрализацию детерминанта 434-446 ак [25] является высокоиммуногенной во всех исследованных генотипах ВГС. Это согласуется с данными, представленными в
    Exact
    [26]
    Suffix
    , где из 9 тестированных ВГС - позитивных сывороток человека антитела к блокирующему эпитопу 434-446 ак были выявлены в четырех образцах, а к нейтрализующему 412 - 426 ак только в двух, причем в существенно более низком титре.