The 13 references with contexts in paper N. Vostrikova L., I. Chernukha M., Н. Вострикова Л., И. Чернуха М. (2017) “БИОИНФОРМАТИКА — ИНСТРУМЕНТ ИНТЕРПРЕТАЦИИ ПРОТЕОМНЫХ ПРОФИЛЕЙ БЕЛКОВ МЯСА // BIOINFORMATICS — INSTRUMENT INTERPRETATION PROTEOMIC PROFILES OF MEAT PROTEIN” / spz:neicon:meat:y:2017:i:1:p:4-17

1
Электронный ресурс. URL:http://web.expasy.org/docs/ swiss-prot_guideline.html/ UniProtKB/Swiss-Prot/SIB Швейцарский Институт биоинформатики. (дата обращения:
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=5506
    Prefix
    An example of such database ется SwissProt-TrEMBL (Швейцария–Германия), в которой на сегодняшний день содержатся структуры почти 200 000 белков, установленные аналитическими методами, и еще почти 2 млн структур, которые определены в результате трансляции с нуклеотидных последовательностей
    Exact
    [1]
    Suffix
    . В глобальном протеоме особое место занимают небольшие очень подвижные молекулы, содержащие не более 50 аминокислотных остатков и обладающие специфическим спектром функциональной активности.

  2. In-text reference with the coordinate start=8294
    Prefix
    Ее основной метод — определение совокупности белков в каких-то образцах и одновременно сравis SwissProt-TrEMBL (Switzerland –Germany), which currently contains the structures of almost 200,000 proteins detected by the analytical methods and about 2 million structures, which were determined as a result of nucleotide sequence translation.
    Exact
    [1]
    Suffix
    . A special place in the global proteome is occupied by very mobile small molecules that contain no more than 50 amino acid residues and have specific spectra of functional activity.

2
10.2016). 2. Замятнин, А.А. Фрагменты пищевых белков — регуляторные олигопептиды / А.А. Замятнин, О.Л. Воронина // Биохимия. — 2012. –Т. 77. — No 5. — С. 622–632.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=6120
    Prefix
    Это название представляет собой аббревиатуру от термина Endogenous Regulatory Oligo Peptides (эндогенные регуляторные олигопептиды), и указывает на то, что банк создан и базируется в столице нашей страны
    Exact
    [2]
    Suffix
    . На сегодняшний день расшифрована структура почти 6000 олигопептидов, выделенных из представителей всех царств живого. Однако следует отметить, что, ввиду огромного структурного и функционального разнообразия, как белков, так и пептидов, для них до сих пор не создано строгой классификации.

  2. In-text reference with the coordinate start=8812
    Prefix
    For them, i.e., for the global peptidome, a specific data bank EROP-Moscow was created. This name is an abbreviation of the term Endogenous Regulatory OligoPeptides and indicates that the bank was created and is located in the capital of our country
    Exact
    [2]
    Suffix
    . Up to date, the structure of approximately 6000 oligopeptides isolated from representatives of all biological kingdoms has been deciphered. However, it is necessary to note that due to the huge structural and functional variability of both proteins and peptides, their strict classification has not been developed to the present day.

3
Замятнин, А.А. Блистающий мир белков и пептидов / А.А. Замятнин // Биология. — 2002. — No 25. — С. 8–13.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=6731
    Prefix
    Таким образом, в данном случае задачами биоинформатики являются накопление информации о физико-химических и биологических свойствах белков, анализ этой информации, каталогизация и подготовка информационной базы и вычислительных средств для выявления механизмов их функционирования
    Exact
    [3]
    Suffix
    . Протеомика — последовала за геномикой. Когда был частично расшифрован геном человека, возникли, так называемые постгеномные технологии. Они так называются потому, что основываются на информации, обнаруженной в геноме.

  2. In-text reference with the coordinate start=9500
    Prefix
    Therefore, in this case, the objectives of bioinformatics are accumulation of knowledge about physico-chemical and biological properties of proteins, analysis of this information, cataloguing and preparation of an information base and computation tools to establish the mechanisms of their function
    Exact
    [3]
    Suffix
    . Proteomics followed the genomics. When the human genome was partly deciphered, the socalled post-genomic technologies emerged. They were given this term because they are based on information revealed in the genome.

4
Протеомика — шаг, следующий за геномикой / Антон Иванов, STRF.ru Электронный ресурс.URL: http://old.strf. ru/material.aspx?CatalogId=352&d_no=11979#.WFln3lOLTIU (дата обращения: 26.10.2016)
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=11466
    Prefix
    Вот эту загадку — почему во всех клетках геном плюс-минус одинаковый, а клетки все разные — и необходимо разрешить с помощью постгеномных технологий. Основными задачами и геномики, и протеомики является технологическое составление базы данных
    Exact
    [4]
    Suffix
    . Биоинформатика — наука, занимающаяся изучением биологической информации с помощью математических, статистических и компьютерных методов с использование вычислительной техники, математики и информационной теории для анализа и моделирования молекулярно-биологических систем, в особенности систем, состоящих из генов, РНК, белков и метаболитов и др.

  2. In-text reference with the coordinate start=14305
    Prefix
    This puzzle — why the genome is similar in all cells and cells are different — is necessary to solve using postgenomic technologies. The main tasks of both genomics and proteomics are technological development of data- bases
    Exact
    [4]
    Suffix
    . Bioinformatics is a science that study the biological information by the mathematical, statistical and computer methods using computational apparatus, mathematics and information theory for analysis and modeling of molecular-biological systems, in particular, systems consisting of genes, RNA, proteins, metabolites and so on.

5
Sun, H. Proteomic and bioinformatic analysis of differentially expressed proteins in denervated skeletal muscle / H. Sun, J. Qiu, Y. Chen et al. // Int. J. Mol. Med. — 2014. — V. 33. — No 6. — P. 1586–1596.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=11981
    Prefix
    и компьютерных методов с использование вычислительной техники, математики и информационной теории для анализа и моделирования молекулярно-биологических систем, в особенности систем, состоящих из генов, РНК, белков и метаболитов и др. Но прежде, чем подробнее остановиться на информационных ресурсах биоинформатики немного познакомимся с практической протеомикой
    Exact
    [5]
    Suffix
    . Итак, главной задачей протеомики является выявление механизма взаимодействия огромного числа белков и пептидов в одном организме. Какова же практическая значимость этой грандиозной и дорогостоящей работы?

  2. In-text reference with the coordinate start=14798
    Prefix
    statistical and computer methods using computational apparatus, mathematics and information theory for analysis and modeling of molecular-biological systems, in particular, systems consisting of genes, RNA, proteins, metabolites and so on. However, before discussing the information resources of bioinformatics in more detail, let’s get acquainted, to some extent, with practical proteomics
    Exact
    [5]
    Suffix
    . The main task of proteomics is detecting a mechanism of a relationship of multiple proteins and peptides in a single organism. What is the practical significance of this tremendous and expensive work?

6
Weckwerth, W. Metabolomics: an integral technique in systems biology // Bioanalysis. — 2010. — V. 2. — Р. 829–836.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=18076
    Prefix
    протеомов опухолевых и нормальных клеток, клеток до и после воздействия определенных факторов (например, физических или химических), использование биологических жидкостей в диагностических целях — все это представляет огромный интерес и открывает совершенно новые перспективы для медицины, ветеринарии, фармакологии, пищевой промышленности и других прикладных областей
    Exact
    [6, 7]
    Suffix
    . Применение протеомных технологий в лабораторной практике пищевых направлений нашло свое место сравнительно недавно. Поэтому впереди предстоит огромная и интересная работа. Материалы и методы Для более полного понимания применения ресурсов биоинформатики рассмотрим общий алгоритм исследования протеомного профиля белков мяса.

  2. In-text reference with the coordinate start=20440
    Prefix
    A similar comparison of proteomes of malignant and normal cells, cells before and after exposure to specific factors (for instance, physical or chemical) and the use of biological fluids with the diagnostic purposes are of utmost interest and open completely new prospects for medicine, veterinary medicine, pharmacology, food industry and other applied fields
    Exact
    [6, 7]
    Suffix
    . The application of proteomic technologies in the laboratory practice of food directions has found its place comparatively recently. Thus, a tremendous and interesting work is ahead.

7
Venter, C.J. The Sequence of the Human Genome / C.J. Venter, M.D. Adams, E.W. Myers et al. // Science. — 2001. — V.291. — P. 1304–1351.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=18076
    Prefix
    протеомов опухолевых и нормальных клеток, клеток до и после воздействия определенных факторов (например, физических или химических), использование биологических жидкостей в диагностических целях — все это представляет огромный интерес и открывает совершенно новые перспективы для медицины, ветеринарии, фармакологии, пищевой промышленности и других прикладных областей
    Exact
    [6, 7]
    Suffix
    . Применение протеомных технологий в лабораторной практике пищевых направлений нашло свое место сравнительно недавно. Поэтому впереди предстоит огромная и интересная работа. Материалы и методы Для более полного понимания применения ресурсов биоинформатики рассмотрим общий алгоритм исследования протеомного профиля белков мяса.

  2. In-text reference with the coordinate start=20440
    Prefix
    A similar comparison of proteomes of malignant and normal cells, cells before and after exposure to specific factors (for instance, physical or chemical) and the use of biological fluids with the diagnostic purposes are of utmost interest and open completely new prospects for medicine, veterinary medicine, pharmacology, food industry and other applied fields
    Exact
    [6, 7]
    Suffix
    . The application of proteomic technologies in the laboratory practice of food directions has found its place comparatively recently. Thus, a tremendous and interesting work is ahead.

8
Ковалев, Л.И. Протеомное изучение белков в образцах свинины и выработанных из нее мясных продуктах/Ковалев Л.И., Шишкин С.С., Ковалева М.А., Иванов А.В., Вострикова Н.Л., Чернуха И.М.// Всё о мясе. — 2013. — No3. — С. 32–34.
Total in-text references: 4
  1. In-text reference with the coordinate start=23030
    Prefix
    В качестве основных протеомных технологий применяют двумерный электрофорез (2-D) по O`Farrell с изоэлектрофокусированием в амфолиновом (IEFPAGE) или иммобилиновом (IPG-PAGE) градиентах pH; последующую детекцию белков проводят окрашиванием Кумасси R-250 и азотнокислым серебром
    Exact
    [8, 12]
    Suffix
    . Схематично это можно представить следующим образом (Рисунок 1). Идентификацию белковых фракций на двумерных электрофореграммах (ДЭ) осуществляют после трипсинолиза методами MALDI-TOF MS и MS/MS масс-спектрометрии на MALDI- времяпролетном масс-спектрометре с УФ-лазером (336 нм) в режиме положительных ионов в диапазоне масс 500–1000 Да с кали

  2. In-text reference with the coordinate start=25574
    Prefix
    coverage of amino acid sequence of a protein by peptides etc.) The two-dimensional electrophoresis (2DE) by O`Farrell with isoelectrofocusing in ampholine (IEFPAGE) or immobiline (IPG-PAGE) pH gradients is used as the main proteomic technology; the following protein detection is carried out by staining with Coomassie R-250 and silver nitrate
    Exact
    [8, 12]
    Suffix
    . This can be presented schematically as follows (Fig. 1): Identification of protein fractions on two-dimensional electrophoregrams (2DE) is performed after tryptic proteolysis by MALDI-TOF MS and MS/MS mass-spectrometry using MALDI- TOF mass-spectrometer with UV-laser (336 nm) in the positive ion mode and a mass range of 500–1000 Da with their calibration according to the kno

  3. In-text reference with the coordinate start=28787
    Prefix
    Longissimus dorsi лошади (Equus caballus) Различные виды скелетных мышц имеют определенные особенности в белковом составе. Наиболее полно исследования, затрагивающие данный аспект, представлены по тканям человека, а что касаемо тканей с/х животных, информации явно недостаточно
    Exact
    [8]
    Suffix
    . С целью поиска данных особенностей, было проведено сравнение белкового состава трехглавой мышцы плеча (m. Triceps brachii) и двуглавой мышцы бедра (m. Biceps femoris) домашней лошади. В результате найден ряд количественных отличий (Рисунок 5).

  4. In-text reference with the coordinate start=29417
    Prefix
    Результаты идентификации показали (Табл. 1), что основные различия наблюдались по таким белковым Different types of skeletal muscles have specific characteristics of the protein composition. The most comprehensive investigations concerning this aspect are presented for human tissues; as for the tissues of farm animals, the information is clearly insufficient
    Exact
    [8]
    Suffix
    . To establish these specific characteristics, the protein composition of the triceps brachii muscle (m. Triceps brachii) and biceps femoris muscle (m. Biceps femoris) of domestic horses was compared.

9
Novel markers for tying-up in horses by proteomics analysis of equine muscle biopsies / F.G. Bouwman, M.M van Ginneken, J.H. van der Kolk, E.C. Mariman // Comp BiochemPhysiol Part D Genomics Proteomics. — 2010. — V. 5 — No 2. — Р. 178–183. DOI:
Total in-text references: 4
  1. In-text reference with the coordinate start=46735
    Prefix
    протеомных исследований мышц сельскохозяйственных животных, открыли путь к созданию высокочувствительных технологий контроля качества мясных продуктов питания на основе анализов видоспецифических изоформ ряда мышечных белков. Для развития биохимии белков в начале 21-го века принципиальное значение приобрело широкое применение протеомных биоинформационных технологий
    Exact
    [9, 10]
    Suffix
    . Накапливающиеся результаты, представляющие собой совокупности взаимосвязанных сведений, подлежащих совместной обработке, рассматриваются как соответствующие информационные массивы, на основе которых формируются различные общие и специализированные базы данных, размещаемые в сети Интернет.

  2. In-text reference with the coordinate start=48158
    Prefix
    белкового полиморфизма и других фундаментальных проблем биохимии белков мышечных органов протеомные технологии находят все более широкое применение в разработках биомедицинских проблем, ориентированных на решение многих прикладных задач — от выявления потенциальных диагностических белковых биомаркеров, мишеней фармакологических воздействий
    Exact
    [9]
    Suffix
    до создания методов контроля за качеством различных пищевых продуктов, изготавливаемых из мышечных тканей животных [13]. При исследовании протеомных профилей белков, многие ученые останавливаются на этапе получения двумерных электрофореграмм, не имея порой даже представления о дальнейших перспективах использования современных инструментальных и биоинформационных ресурсов

  3. In-text reference with the coordinate start=49459
    Prefix
    results of the performed proteomic studies of muscles from farm animals opened a way to creation of highly sensitive technologies for quality control of meat products based on the species-specific isoforms of several meat proteins. A wide use of proteomic bioinformation technologies took on great significance for development of protein biochemistry at the beginning of the 21st century
    Exact
    [9, 10]
    Suffix
    . The accumulated results, which present a complex of interrelated data subjected to integrated processing, are regarded as corresponding information arrays, on which basis various general and specialized databases are formed and placed on the Internet.

  4. In-text reference with the coordinate start=50854
    Prefix
    of the protein polymorphism and other fundamental problems of protein biochemistry of muscular organs, the proteomic technologies are finding ever-widening application in developments in the field of biomedical problems directed at solving many applied tasks from revealing potential diagnostic protein biomarkers, targets for pharmacological interventions
    Exact
    [9]
    Suffix
    to developing methods of quality control for various food products produced from animal muscle tissues [13]. When studying protein proteomic profiles, many scientists stop at the stage of obtaining two-dimensional electrophoregrams without any consideration of the following prospects of using modern instrumental and bioinformation resources that make it possible to confi

10
1016/j.cbd.2010.03.009. 10. Shibata, M. Differetional expression of the skeletal muscle proteome in grazed cattle / M. Shibata, K. Matsumoto, M. Oe et al. // J. anim. Sci. — 2009. — V. 87. — No 8. — P. 2700–2708.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=46735
    Prefix
    протеомных исследований мышц сельскохозяйственных животных, открыли путь к созданию высокочувствительных технологий контроля качества мясных продуктов питания на основе анализов видоспецифических изоформ ряда мышечных белков. Для развития биохимии белков в начале 21-го века принципиальное значение приобрело широкое применение протеомных биоинформационных технологий
    Exact
    [9, 10]
    Suffix
    . Накапливающиеся результаты, представляющие собой совокупности взаимосвязанных сведений, подлежащих совместной обработке, рассматриваются как соответствующие информационные массивы, на основе которых формируются различные общие и специализированные базы данных, размещаемые в сети Интернет.

  2. In-text reference with the coordinate start=49459
    Prefix
    results of the performed proteomic studies of muscles from farm animals opened a way to creation of highly sensitive technologies for quality control of meat products based on the species-specific isoforms of several meat proteins. A wide use of proteomic bioinformation technologies took on great significance for development of protein biochemistry at the beginning of the 21st century
    Exact
    [9, 10]
    Suffix
    . The accumulated results, which present a complex of interrelated data subjected to integrated processing, are regarded as corresponding information arrays, on which basis various general and specialized databases are formed and placed on the Internet.

11
The human plasma proteome: a nonredundant list developed by combination of four separate sources / N.L. Anderson, M. Polanski, R. Pieper, et al. // Mol. Cell Proteomics. — 2004. — V. 3. — No 4. — P. 311–326.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=47724
    Prefix
    Таким образом, очевидно, что большая часть (64,8%) созданных аннотаций нуждается в дополнительных экспериментальных материалах, при получении которых решающую роль могут сыграть протеомные технологии и дальнейшее развитие информационных ресурсов, что свидетельствует о высокой актуальности подобных исследований
    Exact
    [11]
    Suffix
    . Наряду с изучением разных аспектов белкового полиморфизма и других фундаментальных проблем биохимии белков мышечных органов протеомные технологии находят все более широкое применение в разработках биомедицинских проблем, ориентированных на решение многих прикладных задач — от выявления потенциальных диагностических белковых биомаркеров, мишеней

  2. In-text reference with the coordinate start=50411
    Prefix
    Therefore, it is evident that the majority (64.8%) of the developed summaries require additional experimental data; with that, the proteomic technologies and further development of information resources can play an important role in acquisition of these data suggesting high topicality of such studies
    Exact
    [11]
    Suffix
    . In addition to studying different aspects of the protein polymorphism and other fundamental problems of protein biochemistry of muscular organs, the proteomic technologies are finding ever-widening application in developments in the field of biomedical problems directed at solving many applied tasks from revealing potential diagnostic protein biomarkers, targe

12
Применение протеомных технологий для анализа мышечных белков сельскохозяйственных животных, используемых в мясной промышленности (обзор) / С.С. Шишкин, Л.И. Ковалев, М.А. Ковалева и др. // Прикладная биохимия и микробиология. — 2014. — No 5. — С. 453–465.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=23030
    Prefix
    В качестве основных протеомных технологий применяют двумерный электрофорез (2-D) по O`Farrell с изоэлектрофокусированием в амфолиновом (IEFPAGE) или иммобилиновом (IPG-PAGE) градиентах pH; последующую детекцию белков проводят окрашиванием Кумасси R-250 и азотнокислым серебром
    Exact
    [8, 12]
    Suffix
    . Схематично это можно представить следующим образом (Рисунок 1). Идентификацию белковых фракций на двумерных электрофореграммах (ДЭ) осуществляют после трипсинолиза методами MALDI-TOF MS и MS/MS масс-спектрометрии на MALDI- времяпролетном масс-спектрометре с УФ-лазером (336 нм) в режиме положительных ионов в диапазоне масс 500–1000 Да с кали

  2. In-text reference with the coordinate start=25574
    Prefix
    coverage of amino acid sequence of a protein by peptides etc.) The two-dimensional electrophoresis (2DE) by O`Farrell with isoelectrofocusing in ampholine (IEFPAGE) or immobiline (IPG-PAGE) pH gradients is used as the main proteomic technology; the following protein detection is carried out by staining with Coomassie R-250 and silver nitrate
    Exact
    [8, 12]
    Suffix
    . This can be presented schematically as follows (Fig. 1): Identification of protein fractions on two-dimensional electrophoregrams (2DE) is performed after tryptic proteolysis by MALDI-TOF MS and MS/MS mass-spectrometry using MALDI- TOF mass-spectrometer with UV-laser (336 nm) in the positive ion mode and a mass range of 500–1000 Da with their calibration according to the kno

13
Shishkin S.S., Kovaleva M.A., Eryomina L.S., Lisitskaya K.V., Kovalev LI. Proteomic Approaches for the Study of Transgelins as Tumor-associated Proteins and Potential Biomarkers. // Current Proteomics. — 2013. — V. 10. — No 2. — Р. 165–178.
Total in-text references: 2
  1. In-text reference with the coordinate start=48278
    Prefix
    технологии находят все более широкое применение в разработках биомедицинских проблем, ориентированных на решение многих прикладных задач — от выявления потенциальных диагностических белковых биомаркеров, мишеней фармакологических воздействий [9] до создания методов контроля за качеством различных пищевых продуктов, изготавливаемых из мышечных тканей животных
    Exact
    [13]
    Suffix
    . При исследовании протеомных профилей белков, многие ученые останавливаются на этапе получения двумерных электрофореграмм, не имея порой даже представления о дальнейших перспективах использования современных инструментальных и биоинформационных ресурсов, позволяющих подтвердить или опровергнуть их гипотезы, а порой просто идентифицировать.

  2. In-text reference with the coordinate start=50969
    Prefix
    organs, the proteomic technologies are finding ever-widening application in developments in the field of biomedical problems directed at solving many applied tasks from revealing potential diagnostic protein biomarkers, targets for pharmacological interventions [9] to developing methods of quality control for various food products produced from animal muscle tissues
    Exact
    [13]
    Suffix
    . When studying protein proteomic profiles, many scientists stop at the stage of obtaining two-dimensional electrophoregrams without any consideration of the following prospects of using modern instrumental and bioinformation resources that make it possible to confirm or refute their hypotheses and sometimes just identify.