The 20 reference contexts in paper Mihail Minaev Yu., Anzhelika Makhova A., М. Минаев Ю., А. Махова А. (2018) “ИЗУЧЕНИЕ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ У ПРОКАРИОТ // THE STUDY OF PROKARYOTIC GENE EXPRESSION” / spz:neicon:meat:y:2018:i:2:p:40-52

  1. Start
    6670
    Prefix
    времени (qPCR), применяется для анализа уровня экспрессии нескольких генов; сравнительная геномная гибридизация на чипах (CGH), позволяет видеть количественные изменения экспрессии генов прямо на хромосомах; микрочипы, с их помощью можно получать данные по уровню экспрессии большого количества генов; высокопроизводительное параллельное секвенирование РНК (NGS)
    Exact
    [1]
    Suffix
    . Методы гибридизации и высокопроизводительного секвенирования являются «золотыми стандартами« оценки экспрессии генов, однако предусматривают наличие объемного и дорогостоящего оборудования, закупку которых могут позволить далеко не все рядовые лаборатории, а лишь специализированные медико-генетические центры.
    (check this in PDF content)

  2. Start
    7552
    Prefix
    В этих случаях методы, основанные на ПЦР, становятся незаменимыми, поскольку ПЦР включает этап амплификации, что делает его более чувствительным. Дополнительное преимущество ПЦР в реальном времени — относительная простота и удобство использования по сравнению с вышеперечисленными методами
    Exact
    [2]
    Suffix
    . Основные этапы протокола количественного анализа экспрессии генов методом ПЦР в реальном времени: 1. Планирование эксперимента. 2. Выделение и оценка нуклеиновых кислот. 3. Проведение обратной транскрипции (ОТ). 4.
    (check this in PDF content)

  3. Start
    8153
    Prefix
    Относительная количественная оценка. Этапы выделения и очистки нуклеиновых кислот и реакция обратной транскрипции сопровождаются рядом трудностей в исполнении и получении объективных результатов
    Exact
    [3,4,5]
    Suffix
    . Так, например, эффективность синтеза кДНК напрямую зависит от качества очистки РНК [6]. Сегодня на рынке присутствуют множество наборов реагентов для очистки РНК, но методика классической фенольной экстракции остается одним из наиболее стандартных подходов [7].
    (check this in PDF content)

  4. Start
    8250
    Prefix
    Этапы выделения и очистки нуклеиновых кислот и реакция обратной транскрипции сопровождаются рядом трудностей в исполнении и получении объективных результатов [3,4,5]. Так, например, эффективность синтеза кДНК напрямую зависит от качества очистки РНК
    Exact
    [6]
    Suffix
    . Сегодня на рынке присутствуют множество наборов реагентов для очистки РНК, но методика классической фенольной экстракции остается одним из наиболее стандартных подходов [7]. Данная методика не исключает содержания примесей ДНК в выделенном образце РНК, и, наоборот, остаточных количеств РНК в выделенном образце ДНК.
    (check this in PDF content)

  5. Start
    8428
    Prefix
    Так, например, эффективность синтеза кДНК напрямую зависит от качества очистки РНК [6]. Сегодня на рынке присутствуют множество наборов реагентов для очистки РНК, но методика классической фенольной экстракции остается одним из наиболее стандартных подходов
    Exact
    [7]
    Suffix
    . Данная методика не исключает содержания примесей ДНК в выделенном образце РНК, и, наоборот, остаточных количеств РНК в выделенном образце ДНК. Это вызывает трудность при оценке низкоэкспрессионных генов.
    (check this in PDF content)

  6. Start
    11226
    Prefix
    Полиаденилирование мРНК катализирует поли (А) — полимераза, которая осуществляет независимое от матрицы последовательное присоединение остатков аденилата к 3’-OH-концам молекул РНК. Некоторые учебные пособия рекомендуют использовать случайные или ген-специфические праймеры для бактериальных РНК
    Exact
    [2]
    Suffix
    . Однако, ген-специфические праймеры, используемые в ПЦР в реальном времени имеют температуру плавления выше 50 оС, что делает невозможным использование их с классической MMLV ревертазой, имеющий температурный максимум в 42 оС.
    (check this in PDF content)

  7. Start
    11765
    Prefix
    Существующие методики и протоколы заточены на работу с эукариотическими клетками. Интерес к изучению молекулярных механизмов экспрессии генов и ее оценки в прокариотической клетке обусловлен недостатком исследований по данному вопросу и рядом методологических проблем
    Exact
    [8]
    Suffix
    . В ряде биологических задач исследование транскриптома бактерий может быть крайне информативным. Так, было показано, что бактерии Helicobacter pylori из разных участков одного и того же пораженного желудка не отличаются генетически, но сильно отличаются по уровню экспрессии генов (т.е. бактерии находятся в разных функциональных состояниях).
    (check this in PDF content)

  8. Start
    12260
    Prefix
    Так, было показано, что бактерии Helicobacter pylori из разных участков одного и того же пораженного желудка не отличаются генетически, но сильно отличаются по уровню экспрессии генов (т.е. бактерии находятся в разных функциональных состояниях). При этом профиль экспрессии может значительно отличаться — до сотни генов с существенно разным уровнем экспрессии
    Exact
    [9]
    Suffix
    . Изучая экспрессию генов, связанных с клеточным циклом у дрожжей, ученые обнаружили, что доминирующие режимы экспрессии могут быть связаны с различными биологическими функциями, такими как фазы клеточного цикла [10].
    (check this in PDF content)

  9. Start
    12497
    Prefix
    Изучая экспрессию генов, связанных с клеточным циклом у дрожжей, ученые обнаружили, что доминирующие режимы экспрессии могут быть связаны с различными биологическими функциями, такими как фазы клеточного цикла
    Exact
    [10]
    Suffix
    . Целью данной работы являлось изучение механизма экспрессии генов у прокариот на примере генов гиразы Б и коллагеназы Aeromonas salmonicida AS1. Объекты и методы Объекты исследования: штамм Aeromonas salmonicida AS1 из лабораторной коллекции: — Aeromonas salmonicida, оживленная культура на TSB-бульоне с глюкозой; — Aeromonas salmonicida на агаризованной среде
    (check this in PDF content)

  10. Start
    17908
    Prefix
    К таким генам относится, например, ген коллагеназы A. salmonicida, уровень экспрессии которого зависит от питательных свойств среды культивирования и присутствия индукторов синтеза в условиях оптимальной для развития температуры и значения рН.
    Exact
    [11]
    Suffix
    . Для решения проблемы высокого фонового содержания ДНК в пробах РНК нами было принято решение «пришить« к получаемой кДНК праймерный адаптер с негомологичной бактериальной ДНК последовательностью.
    (check this in PDF content)

  11. Start
    27297
    Prefix
    real-time PCR (qPCR) used to analyze the expression level of several genes; comparative genomic hybridization on chips (CGH) that allows to register quantitative changes in gene expression directly on chromosomes; microchips that help to obtain data on the expression level of large number of genes; next-generation parallel sequencing of RNA (NGS)
    Exact
    [1]
    Suffix
    . Hybridization and next-generation sequencing methods are the gold standards for gene expression evaluation, but they require the availability of large and expensive equipment. Only specialized medical genetic centers can purchase such equipment, but not all the standard laboratories.
    (check this in PDF content)

  12. Start
    28044
    Prefix
    In these cases, methods based on PCR become irreplaceable, since the PCR includes an amplification step, which makes it more sensitive. An additional advantage of real-time PCR is relative simplicity and ease of use in comparison to the above methods
    Exact
    [2]
    Suffix
    . The main stages of the quantitative analysis protocol of gene expression by the real-time PCR method are: 1. Design of experiment. 2. Isolation and evaluation of nucleic acids. 3. Performing of reverse transcription (RT). 4.
    (check this in PDF content)

  13. Start
    28626
    Prefix
    Relative quantitative evaluation. The stages of nucleic acid isolation and purification and the reverse transcription are accompanied by a number of difficulties in performing and obtaining objective results
    Exact
    [3,4,5]
    Suffix
    . For example, the efficiency of cDNA synthesis depends directly on the quality of RNA purification [6]. Nowadays, there are many kits of RNA purification reagents on the market, but the classical phenol extraction technique remains one of the most common approaches [7].
    (check this in PDF content)

  14. Start
    28732
    Prefix
    The stages of nucleic acid isolation and purification and the reverse transcription are accompanied by a number of difficulties in performing and obtaining objective results [3,4,5]. For example, the efficiency of cDNA synthesis depends directly on the quality of RNA purification
    Exact
    [6]
    Suffix
    . Nowadays, there are many kits of RNA purification reagents on the market, but the classical phenol extraction technique remains one of the most common approaches [7]. This technique does not exclude the content of DNA impurities in the isolated RNA sample and, conversely, the residual amounts of RNA in the isolated DNA sample.
    (check this in PDF content)

  15. Start
    28968
    Prefix
    For example, the efficiency of cDNA synthesis depends directly on the quality of RNA purification [6]. Nowadays, there are many kits of RNA purification reagents on the market, but the classical phenol extraction technique remains one of the most common approaches
    Exact
    [7]
    Suffix
    . This technique does not exclude the content of DNA impurities in the isolated RNA sample and, conversely, the residual amounts of RNA in the isolated DNA sample. This is problem for evaluating low-expression genes.
    (check this in PDF content)

  16. Start
    31632
    Prefix
    Polyadenylation of mRNA is catalyzed by poly (A)-polymerase, which performs matrix-independent sequential attachment of adenylate residues to 3’-OHtermini of RNA molecules. Some textbooks recommend using random or genespecific primers for bacterial RNA
    Exact
    [2]
    Suffix
    . However, gene-specific primers used in real-time PCR have a melting point above 50 °C, which makes it impossible to use them with the classical MMLV revertase acting maximum at 42 °C. Existing methods and protocols are customized to work with eukaryotic cells.
    (check this in PDF content)

  17. Start
    32095
    Prefix
    Existing methods and protocols are customized to work with eukaryotic cells. Interest in studying the molecular mechanisms of gene expression and its evaluation in prokaryotes is due to the lack of research and a number of methodological problems
    Exact
    [8]
    Suffix
    . In a number of biological researches, the study of bacterial transcriptome may be very informative. Thus, it was shown that Helicobacter pylori from different parts of the same affected stomach do not differ genetically, but greatly differ in the level of gene expression (i.e. the bacteria are in different functional states).
    (check this in PDF content)

  18. Start
    32604
    Prefix
    was shown that Helicobacter pylori from different parts of the same affected stomach do not differ genetically, but greatly differ in the level of gene expression (i.e. the bacteria are in different functional states). At the same time, the expression profile may significantly differ, so up to hundreds of genes may have significantly different levels of expression
    Exact
    [9]
    Suffix
    . In studies of the expression of genes associated with cell cycle in yeast, scientists have found that dominant expression modes may be associated with various biological functions, such as cell cycle phases [10].
    (check this in PDF content)

  19. Start
    32818
    Prefix
    In studies of the expression of genes associated with cell cycle in yeast, scientists have found that dominant expression modes may be associated with various biological functions, such as cell cycle phases
    Exact
    [10]
    Suffix
    . The aim of this work was to study the gene expression mechanism in prokaryotes evidence from Aeromonas salmonicida AS1 gyrase B and collagenase genes. Materials and methods Materials: Aeromonas salmonicida AS1 strain from the laboratory collection: — Aeromonas salmonicida, live culture in TSB broth with glucose; — Aeromonas salmonicida on PCA agar medium; — Aeromonas salmonicida in TSB broth
    (check this in PDF content)

  20. Start
    37559
    Prefix
    Such genes include, for example, A. salmonicida collagenase gene, the level of expression of which depends on the nutritional properties of culture medium and the presence of inducers under conditions of temperature and pH optimal for the development
    Exact
    [11]
    Suffix
    . To solve the problem of high background DNA content in RNA samples, we decided to «attach» the primer adapter with non-homologous bacterial DNA sequence to Figure 1. Amplification curves for cDNA obtained as a result of reverse transcription with Random primer to gyrase B gene the cDNA obtained.
    (check this in PDF content)