The 24 reference contexts in paper Natalia Vostrikova L., Наталья Вострикова Леонидовна (2017) “ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ИНСТРУМЕНТОВ ДЕНСИТОМЕТРИИ ПРИ КОЛИЧЕСТВЕННЫХ ОБСЧЕТАХ БЕЛКОВЫХ ФРАКЦИЙ // THE USE OF TOOLS DENSITOMETRY IN THE QUANTITATIVE COMPUTATIONS OF PROTEIN FRACTIONS” / spz:neicon:meat:y:2017:i:3:p:49-65

  1. Start
    5697
    Prefix
    Кроме того, техника 2 ДЕ набирает популярность благодаря возможности связывания ее с многочисленными аналитическими приемами и методами биоинформатики. Так как, конечной целью протеомики является генерация белковых профилей, их сравнение и выявление различия между ними
    Exact
    [1]
    Suffix
    , изучение протеома может быть достаточно успешным, благодаря применению различного аналитического оборудования высокого разрешения и методов биоинформатики. Биоинформатика, как новая формирующаяся дисциплина, сочетает математику, информатику и биологию и помогает ответить на различные вопросы.
    (check this in PDF content)

  2. Start
    7448
    Prefix
    Данные электрофоретического анализа содержатся в базах данных (хранилищах), наиболее распространенным из которых является -World-2DPAGE Repository. Идентификация специфических белков осуществляется методом точечного анализа желаемого белка
    Exact
    [2, 3]
    Suffix
    . Эффективный поиск по базе данных требует эффективных алгоритмов в компьютерных программах. Самыми популярными на Западе являются программы Mascot, Sequest, Tandem, MS-Blast и Peak. Интерпретация анализируемых белков очень трудоемка.
    (check this in PDF content)

  3. Start
    8352
    Prefix
    In addition, 2DE technique is gaining popularity due to the possibility of linking it with numerous analytical techniques and methods in bioinformatics. Since the ultimate goal of proteomics is generation, comparison and identification of differences between protein profiles
    Exact
    [1]
    Suffix
    , the proteome studies can be quite successful due to the use of various high-resolution analytical equipment and bioinformatics methods. Bioinformatics, as a new emerging discipline, combines mathematics, computer science, and biology and helps to answer various questions.
    (check this in PDF content)

  4. Start
    9988
    Prefix
    The data of the electrophoretic analysis are contained in databases; the most common one is World-2DPAGE Repository. Identification of specific proteins is carried out by point-counter analysis of the desired protein
    Exact
    [2, 3]
    Suffix
    . Effective database search requires efficient algorithms in computer software. In the West, the most populars oftware programs are Mascot, Sequest, Tandem, MS-Blast and Peak. Interpretation of analyzed proteins is very labour-consuming.
    (check this in PDF content)

  5. Start
    10508
    Prefix
    In a complex matrix, such as animal muscle tissue, шечная ткань животного, находится: смесь сотен белков и тысячи масс-спектров, проанализировать такое достаточно длительный и трудоемкий процесс
    Exact
    [4]
    Suffix
    . Биотехнологические базы данных содержат дополнительную информацию о белках, например краткое описание их функций (если известно), заметки об отдельных характеристик аминокислотной последовательности (например, возможность модификации), ожидаемые вторичная и третичная структура и ссылки [5].
    (check this in PDF content)

  6. Start
    10839
    Prefix
    Биотехнологические базы данных содержат дополнительную информацию о белках, например краткое описание их функций (если известно), заметки об отдельных характеристик аминокислотной последовательности (например, возможность модификации), ожидаемые вторичная и третичная структура и ссылки
    Exact
    [5]
    Suffix
    . Детальный анализ образцов биологического происхождения, таких как белки, требует использования тщательно подобранной технологии. Развитие современной науки немыслимо без использования информационных технологий (ИТ).
    (check this in PDF content)

  7. Start
    13009
    Prefix
    На основании опыта многих авторов по применению данной группы методов в повседневной практике, были внесены некоторые предложения по использованию ИТ в спектроскопии, которые, несомненно, будут полезны исследователям
    Exact
    [6]
    Suffix
    . there is a mixture of hundreds of proteins and thousands of mass spectra, which analysis is long and labour-consuming process [4]. Biotechnology databases contain additional information about proteins, for example a brief description of their functions (if known), notes about individual characteristics of the amino acid sequence (e.g. the possibility of modification), the
    (check this in PDF content)

  8. Start
    13147
    Prefix
    На основании опыта многих авторов по применению данной группы методов в повседневной практике, были внесены некоторые предложения по использованию ИТ в спектроскопии, которые, несомненно, будут полезны исследователям [6]. there is a mixture of hundreds of proteins and thousands of mass spectra, which analysis is long and labour-consuming process
    Exact
    [4]
    Suffix
    . Biotechnology databases contain additional information about proteins, for example a brief description of their functions (if known), notes about individual characteristics of the amino acid sequence (e.g. the possibility of modification), the expected secondary and tertiary structure, and references [5].
    (check this in PDF content)

  9. Start
    13472
    Prefix
    Biotechnology databases contain additional information about proteins, for example a brief description of their functions (if known), notes about individual characteristics of the amino acid sequence (e.g. the possibility of modification), the expected secondary and tertiary structure, and references
    Exact
    [5]
    Suffix
    . A detailed analysis of biological samples, such as proteins, requires the use of properly selected technology. The development of modern science is impossible without the use of information technology (IT).
    (check this in PDF content)

  10. Start
    15493
    Prefix
    Based on the experience of many authors concerning the application of this group of methods in everyday practice, some suggestions were made on the use of IT in spectroscopy, which will be useful for researchers
    Exact
    [6]
    Suffix
    . Компьютерное моделирование молекулярно-генетических и биохимических процессов является самым молодым и перспективным направлением в развитии биомедицинских наук. В данной области знаний продолжается дифференциация наук по предмету и объекту исследований.
    (check this in PDF content)

  11. Start
    16520
    Prefix
    Такой высокий уровень дифференциации наук связан с колоссальной сложностью и огромным объемом молекулярно-генетических данных. Например, работа с последовательностью ДНК даже простейших эукариот — дрожжей S. cerevisiae — не была бы возможна без использования компьютерных методов, не говоря уже о геноме человека
    Exact
    [7]
    Suffix
    . В качестве примера, в Табл. 1 представлены задачи, решаемые биоинформатикой. Знание пространственной организации белковых молекул является ключом не только к пониманию их функций и механизма работы, но и основой для разработки эффективных и безопасных лекарственных средств.
    (check this in PDF content)

  12. Start
    19257
    Prefix
    Such a high level of science differentiation is associated with high complexity and huge volume of molecular-genetic data. For example, work with the DNA sequence of the simplest eukaryote, S. cerevisiae yeast, would not have been possible without the use of computer methods, let alone the human genome
    Exact
    [7]
    Suffix
    . As an example, Table 1 represents the tasks solved by bioinformatics. Information on the spatial organization of protein molecules is the key to understanding their functions and mechanisms, and basis for the development of effective and safe medicines.
    (check this in PDF content)

  13. Start
    21995
    Prefix
    Хотя молекула в водном и в солевом растворах меняется, но эти программы позволяют показать даже такие процессы. Для построения этих молекул используются данные рентгеноструктурного анализа. А для машинного эксперимента можно использовать MS Excel, либо другие программы
    Exact
    [6, 8]
    Suffix
    . There is Atom, Protein-3D software, which was developed in the Saint Petersburg Electrotechnical University «LETI», and several similar ones. Such software allows to represent a three-dimensional model of protein, rotate it, simulate changes in the structure of protein, and see how the molecule changes.
    (check this in PDF content)

  14. Start
    22839
    Prefix
    The molecule varies in aqueous and in salt solutions, but this software can show even such changes. To build up these molecules, X-ray diffraction data are used. And for computer experiment, MS Excel or other software may be used
    Exact
    [6, 8]
    Suffix
    . Table 1. Tasks in bioinformatics | Таблица 1. Задачи биоинформатики Data source | Источник данныхData volume | Объем данныхTasks | Задачи Sequenced DNA | Секвенированные последовательности ДНК ~ 40 million sequences, 1012 base pairs | ~40 млн последовательностей, 1012 пар оснований Functional annotation (determination of the nucleotide sequence of DNA fragment) | Функциональная аннотация(оп
    (check this in PDF content)

  15. Start
    27006
    Prefix
    Выполнение работ в данном направлении позволит значительно расширить подходы к идентификации и количественному определению белковых маркеров качества, функциональности и безопасности продовольственного сырья и готового продукта в целом
    Exact
    [9, 10]
    Suffix
    . Материалы и методы Для более полного понимания применения ресурсов биоинформатики, а конкретно использование метода компьютерной денситометрии (обработки) для интерпретации полученного результата, рассмотрим общие подходы на примере исследования протеомного профиля белков мяса.
    (check this in PDF content)

  16. Start
    28523
    Prefix
    В качестве раствора стандартов использовали маркер, состоящий из 11 препаратов — стандартов с молекулярной массой 250, 150, 100, 70, 50, 40, 30, 20, 15, 10 и 5 кДа (фирмы «Thremo», США), более детально приведено в
    Exact
    [11]
    Suffix
    . Также использовали электрофореграммы 2 ДЕ. Для экстракции белков брали по 300 мг тонко измельченной свинины смешивали с 4 мл экстракциThus, in a large choice of software interpretation of the results obtained by the researcher, more visualizable representation of the experimental data is needed (desirable).
    (check this in PDF content)

  17. Start
    29709
    Prefix
    The work in this direction will significantly expand the methods of identification and quantitative determination of protein markers related to quality, functionality and safety of food raw materials and finished products
    Exact
    [9, 10]
    Suffix
    . Materials and methods For more complete understanding of the application of bioinformatics resources, in particular the use of the computerized densitometry (processing) method for interpreting the result, we will consider the general approaches by the example of the protein profile of meat proteins.
    (check this in PDF content)

  18. Start
    31108
    Prefix
    A marker consisting of 11 preparations, i.e. standards with molecular weight of 250, 150, 100, 70, 50, 40, 30, 20, 15, 10, and 5 kDa (Thremo, USA), was used as the standard solution; more details are given in
    Exact
    [11]
    Suffix
    . 2DE electrophoretograms were used also. To extract the proteins, 300 mg of finely minced pork were mixed with 4 ml of extraction buffer (0.3 M KCl, 0.15 онного буферного раствора (0,3 моль KCl, 0,15 моль KH2PO4 и 0,15 моль KH2PO4, pH 6,5) и хранили два часа при комнатной температуре при постоянном перемешивании путем встряхивания.
    (check this in PDF content)

  19. Start
    32791
    Prefix
    В качестве основных протеомных технологий применяли двумерный электрофорез по O`Farrell с изоэлектрофокусированием в амфолиновом (IEF-PAGE) или иммобилиновом (IPG-PAGE) градиентах pH; последующую детекцию белков проводили окрашиванием Кумасси R-250 и азотнокислым серебром, методология получения которых подробно расписана в
    Exact
    [12, 13]
    Suffix
    . В качестве методов обработки полученных электрофореграмм, используют различные программы, интерпретирующие полученные результаты. Хочется сразу оговориться, что их разнообразное количество, от программ для построения белковых молекул до каких-либо прогностических моделей.
    (check this in PDF content)

  20. Start
    35542
    Prefix
    Two-dimensional O’Farrell electrophoresis with isoelectrofocusing in ampholin (IEF-PAGE) or immobilin (IPG-PAGE) pH gradients was used as the main proteomic technology; the subsequent detection of proteins was carried out by Coomassie R-250 and silver nitrate staining; the methodology for preparation of these stains is detailed in
    Exact
    [12, 13]
    Suffix
    . Different software for interpretation of the results was used as the methods for processing of received electrophoretograms. It should be noted that there are a variety of them, from programs for constructing protein molecules to prognostic models.
    (check this in PDF content)

  21. Start
    38236
    Prefix
    Итоговые трехмерные модели представляют собой наборы пиков, при этом, чем больше интенсивность, тем выше пик, и тем больше концентрация белка в данной фракции. Высота пика берется из расчета 75 % от интенсивности пятна. Более детальные манипуляции по работе с данным программным обеспечением представлены в
    Exact
    [9]
    Suffix
    . Ниже на Рис. 1 представлена последовательность обработки результатов разделения белков свинины методом двумерного электрофореза. Несмотря на проведенную предварительную обработку изображений, программа иногда в отдельных участках изображения дает не совсем точные очертания пятна.
    (check this in PDF content)

  22. Start
    40753
    Prefix
    The resulting three-dimensional models are sets of peaks; the higher the intensity, the greater the peak and the higher the protein concentration in this fraction. Peak height sets as 75 % of the spot intensity. More detailed information for work with this software are presented in
    Exact
    [9]
    Suffix
    . Figure 1 shows the sequence for processing of the results of pork protein separation by the method of two-dimensional electrophoresis. Despite pre-processing of images, in some image sections software sometimes gives not quite accurate outlines of the spot.
    (check this in PDF content)

  23. Start
    69202
    Prefix
    Все описанные выше расчеты выполняются компьютером в автоматическом режиме на основе обсчета изображения хроматограммы. Заключение Для развития биохимии белков в начале ХХI века принципиальное значение приобрело широкое применение протеомных биоинформационных технологий
    Exact
    [14, 15, 16]
    Suffix
    . Накапливающиеся результаты, представляющие собой совокупности взаимосвязанных сведений, подлежащих совместной обработке, рассматриваются как соответствующие информационные массивы, на основе которых формируются различные общие и специализированные базы данных, размещаемые в сети Интернет [17].
    (check this in PDF content)

  24. Start
    71903
    Prefix
    Conclusion For the development of protein biochemistry in the beginning of the 21st century, the widespread use of proteomic bioinformatics technologies has become of fundamental importance
    Exact
    [14, 15, 16]
    Suffix
    . The results are accumulated, i.e. aggregates of interrelated information subject to joint processing, that are considered the information arrays, on the basis of which various general and specialized Internet databases are formed [17].
    (check this in PDF content)